エイズ研究センターは HIV/AIDS に関する研究を強化することを主目的として1988年 4 月に設置された。同センターは 2 グループ 3 室から成り、HIV の属するレトロウイルスに起因する感染症を対象として、特に HIV 感染症制圧に向けた研究を推進している。業務内容は、国内及びアジア・アフリカ地域の HIV 感染動向把握・疫学的解析、HIV・HTLV 臨床診断・検査技術の整備・向上及び国内薬剤耐性 HIV 変異モニタリングに加え、HIV とその関連ウイルスの増殖機序に関する研究、動物実験モデルの確立、HIV 感染免疫動態及び発症機構の解析等である。さらに、エイズワクチン開発並びに新規治療法開発に向けた研究が進展中である。国内外の研究機関との連携を進めるとともに、HIV 流行地域であるアジア・アフリカ等を対象とし、その診断検査技術向上を目的として、JICAの要請による HIV 感染診断・モニタリング技術に関する国際研修を年一回開催している。
第一研究グループ（予防研究室）
HIV 感染拡大阻止に結びつけることを目指して、感染免疫学的研究を進め、優れたエイズモデルを用いた HIV 持続感染防御免疫機序に関する研究及びエイズワクチン開発研究を推進している。開発推進中のセンダイウイルスベクターを用いたワクチンは、国際共同臨床試験プロジェクトに発展している。
第二研究グループ（治療研究室）
HIV 感染者の QOL の向上及び新規治療法開発を目指し、エイズ発症機序に関する研究を推進するとともに、薬剤耐性 HIV 変異のモニタリング並びに薬剤耐性機構の研究を進めている。
第一室（疫学研究室）
国内外の HIV (及びその他のレトロウイルス) 感染拡大状況の把握を目的とし、感染動向の調査、 各地域におけるウイルス多様性の解析 (分子疫学的解析)、ウイルスゲノム進化に関する研究の推進を目指している。
第二室（検査研究室）
HIV (及びその他のレトロウイルス) 感染診断技術の評価試験を行うとともに、ウイルスの多様性に対応できる高度な診断技術確立に向けた基盤整備に取組み、診断検査技術の向上・精度管理に貢献している。
第三室（分子ウイルス学研究室）
分子生物学、ウイルス学、病理学的解析技術を駆使し、HIV (及びその他のレトロウイルス) のゲノム・蛋白の構造と機能に関する研究、及びウイルス複製・病態の機序と関連する宿主因子に関する研究を推進し、感染病態基盤の解明を介して、疾病制圧への貢献を目指している。