国立感染症研究所

 

感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株について (第16報)

国立感染症研究所

2022年4月28日9:00時点

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変異株の概況

  •   新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株は、第15報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株(オミクロン株)が支配的な状況が継続している。世界でも過去 30 日間にゲノム解析され GISAID 登録されたウイルス株の 99.5%をオミクロン株が占め、B.1.617.2系統の変異株(デルタ株)が 0.1%以下という状況が継続している(WHO 2022)。国内でも全てオミクロン株に置き換わった状況にある。
  •   B.1.1.529系統については、各国での流行拡大に伴い変異が進み、亜系統の分類が進められている。また、2022年4月11日に報告した通り(オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp))、オミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関(WHO)はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称している。
  •   BA.1系統やBA.2系統を除き、亜系統や組換え体のほとんどは形質がまだ明らかではない。

 

オミクロン株の亜系統について
 
(BA.1系統について)

  •   BA.1系統はさらに亜系統に分類され、BA.1.1系統からBA.1.21.1系統まで分類されている。国内では、割合が多い順にBA.1.1.2、BA.1.1、BA.1.1.1、BA.1.15、BA.1、BA.1.17.2、BA.1.18、BA.1.1.7、BA.1.17、BA.1.1.13、BA.1.1.15、BA.1.16、BA.1.19、BA.1.13.1、BA.1.1.14、BA.1.1.10 系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は明らかではない。

 

 (BA.2系統について)

  • BA.2系統はさらに亜系統に分類され、BA.2.1系統からBA.2.16系統まで分類されている。国内では、割合が多い順にBA.2、BA.2.3、BA.2.3.1、BA.2.10、BA.2.10.1、BA.2.3.2、BA.2.5、BA.2.4、BA.2.9系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は明らかではない。
  •   国外では、BA.2系統の下位分類の中では、BA.2.12.1系統が3月中旬以降ニューヨーク州など東海岸を中心に米国内での検出割合の増加が報告されており(CDC 2022)、感染者増加の優位性が示唆されている。ニューヨーク州においては、症例数の増加に伴い入院者数の増加がみられているが、既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない(New York State 2022)     
  •   BA.2.12.1系統は、GISAIDに14カ国から3,760件が登録されており(2022年4月25日時点)、その大半が米国からである
  • BA.2.12.1系統はL452Q変異を有している。L452はベータ株やデルタ株が有していたスパイクタンパク質の変異箇所であるが、この点変異による影響は現時点では明らかではない。ECDCは、BA.2系統にL452に変異が入ったもの(L452X)を「監視下の変異株(VUM)」に位置付けている。今後の米国など諸外国の状況、知見の収集、ゲノムサーベイランスでの監視を継続する必要がある。

 

(BA.4/BA.5系統について) 

  • BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカから検出された。BA.4系統、BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統は69/70欠失、L452R, F486V変異を有していることである。
  • 2022年4月25日までに、BA.4系統は9カ国から204件、BA.5系統は7カ国から79件が報告されている。共に、南アフリカからの報告が最多である。
  • WHOは4月12日にBA.4、BA.5系統を他のオミクロン株と同様に「懸念される変異株(VOC)」に含めている(WHO 2022)。英・健康保護庁(HSA)はオミクロン株を系統ごとに分類しており、BA.4系統、BA.5系統はvariantに分類している(UK HSA 2022)。ECDCも2022年4月7日よりオミクロン株を系統別に監視しており、BA.4系統、BA.5系統は共に「注目すべき変異株(VOI)」としている(ECDC 2022)。
  • 感染性についての評価は十分把握されている状況ではない。しかし南アフリカではBA.4系統は ハウテン州、BA.5系統はクワズール・ナタール州で初検出以降、全体に占める割合が増加している(outbreak.info)。それまで優勢であったBA.2系統からの置き換わりが進んでおり、BA.2系統に比べて感染者増加の優位性が指摘されている。2022年17週には感染者数が増加に転じているが、置き換わりとの関連は不明である(NICD South Africa 2022)。
  • 重症度についても十分な情報は無いが、南アフリカの一部の週では入院者数が前週より増加しているが、BA.4系統、BA.5系統が増加していることとの関連は不明である(NICD South Africa 2022)。
  • 現時点で、BA.4系統、BA.5系統は共に既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性がある可能性がある。しかし限られた地域での所見であり、世界全体で検出数が少ないため引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。重症度に関しても、現時点で明らかな上昇に繋がる証拠はみられず、監視を継続していく必要がある。
  • BA.4、BA.5系統共に4月25日時点で日本国内、検疫での検出は確認されていない。

 

BA.2系統に関する分子疫学調査について

ゲノム解析による分子疫学は、十分に流行が抑制され、積極的疫学調査が詳細に行われていた状況にあっては、クラスター調査などの疫学調査の情報と組み合わせることにより、クラスターの追跡を含め感染拡大の背景を推測するのに役立ってきた(オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp))。一方、流行が大幅に拡大した状況では、ゲノム解析される検体が全体に占める割合は少数(1%程度)となり、また、積極的疫学調査の実施も限定的となっている。こうした状況下では、クラスターの追跡はもとより、詳細な背景情報を伴う事例も限定的となり、ゲノム解析による情報と疫学調査の情報とを十分に組み合わせることが出来なくなっている。このような状況下では、ゲノムネットワーク図による分析で感染拡大の背景を説明することは一層困難となってきている。よって、分析のもととなるデータが限定的であり解釈には慎重さが必要であるとの前提のうえで、現時点でわかることを以下に記述する。

  •   国立感染症研究所および地方衛生研究所等において、2022年4月11日までに登録されたゲノム情報を分析した。全ゲノム解析により確認されたB.1.1.529系統の変異株(オミクロン株)のうちBA.2系統は国内2,698例(検疫を含まない)であった。なお、ネットワーク分析に用いるウイルスゲノムは、全配列を完全に解読できたもの(complete事例)に限られるが、全配列を解読できたゲノムの割合は少ない。また、ウイルスの全ゲノム確定数・ゲノム解析の実施割合等が地域によって異なるため、必ずしも地域での真の流行状況を反映していないことに留意が必要である。
  •   国内で流行するオミクロン株(BA.2系統)の系譜について国立感染症研究所で分子疫学調査を行った。2022年2月中旬から国内で顕在化したオミクロン株は複数の系譜の存在が示唆され、海外から流入した系譜から、各地へ波及したことが示唆された(図:2022年4月11日までに登録されたオミクロン株(BA.2系統)2,698件のゲノム情報に基づく分析)。
  •   BA.2系統について、2022年1月上旬から関東・関西地方を中心に検出された系譜(図中の①)から全国へ波及し、それぞれの地域に特徴的な分布に発展している様子が示唆された。主に欧州で検出され大流行となった上流の系譜に近縁であり、BA.2系統が出現した初期のゲノム配列との相同性がある。
  •            BA.2.3系統(図中の②)について、①からさらに2塩基の変異があり、主に関東地方で広く検出され、感染伝播している様子が示唆された。主に欧米で検出された系譜と相同性が高い。
  •            BA.2.3系統(図中の③)について、②の感染伝播から変異が派生し、関西・九州地方で大きく拡大し、当該地域を中心に感染伝播している様子も示唆された。主に欧米で検出された系譜と相同性が高いが、③は②から5塩基変異(およそ2ヶ月半の時間差)を示す離れた系譜であることから、国内で②から③へ発展した以外にも、個別の流入事例から発展した可能性も考えられる。
  •            以上のように、由来がそれぞれ異なる可能性があるBA.2系統の系譜がいくつか存在し、それらは複数の系譜から拡散した可能性がある。海外で発生し流行した複数のBA.2系統の流入が起点となっていたと考えられる。そして、それぞれの系譜ごとに、地域に特徴的な分布に発展し、必ずしも全国均一に拡大していないことが示唆された。
  •     なお、欧州などで検出されているものと相同性が高いものも認められるが、その流入の由来について、相同性が高いことのみを理由に結論付けることはできない。それぞれの起点となる系統が、ある国で多く検出される系統と近縁ということは言えても、それが実際にその国から流入したかどうかは、流行拡大期は疫学調査が十分に実施されておらず、疫学調査の情報との突合が十分に実施できておらず判別できない。その国の渡航者から得られた検体であること、また、その国の渡航者との濃厚接触のあった者の検体であること等がわかっていれば、その系統についてはその国から持ち込まれた蓋然性が高いと言えるが、そうした疫学調査の情報の突合が十分ではない。

 

  no16 f 1

 

組換え体について

  •   新型コロナウイルスBA.1系統・BA.2系統の組換え体について、前回の記事(オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp))に記載のとおり検疫でXEを含む3件の組換え体を把握している。
  •         組換え体についてはオミクロン株以外でも2021年10月に検出を報告(アルファ株とデルタ株の組換え体とみられるウイルスの検出について(niid.go.jp))しているが、特に最近オミクロン株を中心に検出され報告されており、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、組換え体の分類の在り方が確立しているとは言い難い。よってこれまで把握されている3件の組換え体についても、XEのほかは、組換え体であることは判断できても系統の分類については決定していない。
  •        これまでの検疫検体から、BA.1系統とBA.2系統の組換え体である可能性のあるものを探索したところ、2022年4月21日現在、上記3件のほか6件が把握されたが、上記のとおり、系統の分類についてはいずれも決定していない。また、国内でも、組換え体を1件把握しているが、系統の分類はできていない。これまでのところ当該者の接触者等、周囲からのさらなる検出はない。
  •            組換え体については現在までのところ、感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。

 

参考 主な変異株の各国における位置付け(2022年4月25日時点)

no16 t1

  VOC: Variant of Concern(懸念される変異株)、VOI: Variant of Interest(注目すべき変異株)、VUI:Variant under Investigation(調査中の変異株)、VUM: Variant under Monitoring(監視下の変異株)、VBM: Variant being Monitored(監視中の変異株)、De-escalated variant(警戒解除した変異株)、currently circulating(現在流行中)、previously circulating(かつて流行していた)、Signals in monitoring (監視中のシグナル)

 

引用文献

 

注意事項

  •   迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

 

更新履歴

第 16 報 2022/4/26 9:00時点
第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注)タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
第 9報 2021/06/11 10:00 時点
第 8報 2021/04/06 17:00 時点
第 7報 2021/03/03 14:00 時点
第 6報 2021/02/12 18:00 時点
第 5報 2021/01/25 18:00 時点 注)タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
第 4報 2021/01/02 15:00 時点
第 3報 2020/12/28 14:00 時点
第 2報 2020/12/25 20:00 時点 注)第1報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
第 1報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株(VUI-202012/01)の検出について」

国立感染症研究所
(掲載日:2022年4月27日)

【背景・目的】

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)感染による新型コロナウイルス感染症(COVID-19)においては、無症状病原体保有者の存在などから全ての感染者が診断されないため、これまでに診断された症例の累積報告数よりも実際の累積感染者数が多い可能性が指摘されている。また、2021年2 月降、我が国においても新型コロナワクチンの接種が開始され広く普及しているが、一般人口においてワクチン接種により誘導された抗体の保有状況は調査されていない。

そこで、厚生労働省と国立感染症研究所では、我が国における新型コロナウイルス感染症の疾病負荷の把握と新型コロナワクチン接種で誘導された抗体の保有状況を検討することを目的として、5 都府県をおいて大規模な血清疫学調査を実施している。ワクチン接種が開始される以前の2020年6月および2020年12 月に実施された第1回・第2 回の血清疫学調査では、いずれの都府県においても極めて低い抗体保有割合に留まり、これらの調査時点では、諸外国と比較して我が国においては新型コロナウイルス感染症の疾病負荷が低いことが示唆された。本報告書では、2021年12月および2022年2 月に実施された第3回・第4 回の血清疫学調査の結果を示す。

  続きを読む: 2021 年度新型コロナウイルス感染症に対する血清疫学調査報告
 

掲載日:2022年4月28日

第82回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年4月27日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第82回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、今週先週比が0.91となり、直近の1週間では10万人あたり約226人と減少が継続している。大都市圏を中心に減少が続く一方、北海道や沖縄県など増加が続く地域もある。年代別の新規感染者数は全ての年代で減少傾向が続いており、20代の減少が顕著である一方、10代以下では減少幅が小さい。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

実効再生産数:
全国的には、直近(4/10)で0.97と1を下回る水準となっており、首都圏では0.94、関西圏では0.97となっている。

IASR-logo

SARS-CoV-2 B.1.1.529系統(オミクロン株)による院内クラスター対策と事例解析における発症日とCt値および抗原定量値との関連―山口県―

(速報掲載日 2022/4/27) (IASR Vol. 43 p1139-141: 2022年6月号)
 
背 景

 わが国で新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の初発例が報告されたのは2020年1月であり、その後約2年間にわたって、それぞれ異なる変異株を主流とする計6回の流行がみられた。2021年末に沖縄県や山口県など複数県から始まった第6波は、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2) B.1.1.529系統(オミクロン株)が主流であり、ゲノム解析の結果、当時米国で多数検出されていた系統に近縁もしくは同一配列であるとされている1)。また、同時期の山口県内のSARS-CoV-2新規感染者全体に占めるオミクロン株の割合は急速に増加し、2022年1月に実施された山口県内の516検体のゲノム解析の結果、1月4日発症の患者の検体以降に検査を実施した497検体すべてがオミクロン株であり2)、そのほとんどが米軍岩国基地関連のクラスターのオミクロン株と同一ゲノムもしくは1-2塩基置換であった。

侵襲性髄膜炎菌感染症発生時 対応ガイドライン〔第一版〕

令和4年3月31日
国立感染症研究所
(掲載日:2022年4月27日)

侵襲性髄膜炎菌感染症発生時対応ガイドライン〔第一版〕 発行にあたり

1999年4月施行の感染症法において「髄膜炎菌性髄膜炎」 が全数把握の4類感染症となり (2003 年 11 月に 5 類感染症に変更)、 さらに、 2013年4月に髄膜炎菌による髄膜炎及び敗血症は 「侵襲性髄膜炎菌感染症」 として全数把握の 5 類感染症 (2015 年 5 月 21 日より , 届出方法が診断後 「7 日以内」から 「直ちに」、 さらに 2016 年 11 月 21 日以降 , 血液 , 髄液以外に 「その他無菌部位」 から病原体が検出された症例も届出対象へ変更) となった。 国内の侵襲性髄膜炎菌感染症のより正確な疫学が把握できるようになり、 その後、毎年 30-40 例の患者報告が認められてきた。 侵襲性髄膜炎菌感染症の患者集積は稀ではあるものの、 症状の進行の早さとその重篤度から患者が 1 例でも出たら 「アウトブレイク」 と捉え、 「即対応」 が原則となる。 本ガイドラインは侵襲性髄膜炎菌感染症が発生した場合に、 迅速かつ効率的に情報収集を実施することにより、 濃厚接触者の把握や 2 次感染予防のための対策 (予防投薬や緊急ワクチン接種) 実施の対象や範囲を決定する一助として作成したものである。また、侵襲性髄膜炎菌感染症は、特に国際的なマスギャザリング (第 8 項を参照)における患者発生のリスクの高さが指摘されていることから、 マスギャザリングに関連した患者発生時の対応も意識した構成となっている。 なお、 髄膜炎菌に関しては不明な点が多く、 今後新しい知見 (エビデンス) が得られた場合など、ガイドラインの適宜改訂が必要である。 侵襲性髄膜炎菌感染症の現場対応時の参考になれば幸いである。

2022 年 3 月 31 日
筆者一同

侵襲性髄膜炎菌感染症発生時 対応ガイドライン〔第一版〕

鳥インフルエンザA(H7N9)ウイルスによる感染事例に関するリスクアセスメントと対応

令和4年4月22日現在
国立感染症研究所

 

背景

 A型インフルエンザウイルス(H7N9亜型)(以下、H7N9ウイルス)は、家禽や野鳥で流行していた少なくとも3種類の異なるA型インフルエンザウイルスの遺伝子再集合体であると考えられ (Liu WJ, 2021)、ヒトに感染すると重篤な症状を来し得ることが報告されている(CDC, 2017)。中国における2018-2019年シーズン以降のH7N9ウイルスの感染者数は1例のみであった。2018-2019年シーズン以降の状況について疫学情報及びリスクアセスメントをアップデートする。

 

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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