国立感染症研究所
2022 年 9月8日 9:00 時点
PDF
変異株の概況
- 現在、流行する新型コロナウイルス（SARS-CoV-2)変異株は、第19報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルスのほぼ全てをオミクロン株が占め、その他の系統はほとんど検出されていない。オミクロン株の中では多くの亜系統が発生しており、BA.5系統が78.2%(亜系統を含む)、BA.2系統が2.7%(亜系統を含む)と、全世界的にBA.5系統が主流となっている（WHO, 2022a）。国内でも、2022年2月頃に全国的にデルタ株からオミクロン株の亜系統であるBA.1系統、その後BA.2系統へと置き換わりがみられ、現在はBA.5系統とその亜系統へ置き換わった。また、国内外でオミクロン株の亜系統間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関（WHO）は、これらのB.1.1.529系統とその亜系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称する一方、いくつかの亜系統(BA.4、BA.5、BA.2.12.1、BA.2.75系統)を「監視下のオミクロン株の亜系統（Omicron subvariants under monitoring）」としている。
- BA.5系統はBA.2系統と比較して感染者増加の優位性や免疫逃避が指摘されている。BA.5系統の重症度に関しては、現段階で一致した見解は得られておらず、さらなる知見の収集が必要である。
- 2022年５月に米国で初めて報告されたBA.4.6系統(BA.4系統の亜系統)、および6月にインドで初めて報告されたBA.2.75系統(BA.2系統の亜系統)にスパイクタンパク質の変異がみられ、ワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆されている。ただし、いずれも一部の国からの検出に限られることに注意が必要である。
- 一部の国で割合が増加している系統が報告されているが、世界的なBA.5系統からの置き換わりを示す兆候は見られていない。引き続き国内外での動向を注視するとともに、国内でのゲノムサーベイランスを継続していく必要がある。
- オミクロン株の組換え体は、BA.5系統への置き換わりとともに世界的に検出数が減少しているが、ほとんどの組換え体の形質は評価されておらず、分類法も含めて今後の国内外の動向を注視する。
- B.1.1.7 系統（アルファ株）およびB.1.617.2系統（デルタ株）については、世界的に検出数は継続して減少している。国内外ではわずかに検出が見られるものの、国内ではGISAID データベース上では最終検出日が、それぞれ、2021年10月1日、 2022 年5月13日と3カ月以上にわたって検出が報告されていない。そのため、「監視下の変異株(VUM)」の位置付けから除外する。
オミクロン株の亜系統について
BA.4系統、BA.5系統について
- BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカ共和国で検出された。BA.4/BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統はスパイクタンパク質に69/70欠失、L452R、F486V変異を有していることである。また、BA.4系統の亜系統としてBA.4.1～4.8系統があり、BA.5系統の亜系統としてBA.5.1～5.10系統およびBA.5.2.1系統の亜系統であるBF.x系統、BA.5.3.1系統の亜系統であるBE.x系統がある(Cov-lineages.org, 2022)。
- BA.5系統は世界的に検出数が増加し、2022年33週（8月14日～20日）時点で BA.5系統とその亜系統が全世界で検出された株の78.2%を占め、BA.2系統から置き換わりが進んでいる(WHO, 2022a)。一方、BA.4系統は2022年28週に12%を占めたのをピークに減少に転じている(covSPECTRUM, 2022)。
- 米国疾病管理予防センター(CDC)、欧州疾病予防管理センター(ECDC)は、BA.4/BA.5系統をオミクロン株の他の亜系統と同様にVOCに含めている(CDC. 2022、ECDC, 2022b)。WHOはオミクロン株全体をVOCに分類しつつ、特にBA.４/BA.5系統をOmicron subvariants under monitoringに分類している(WHO, 2022c）。英国健康安全保障庁(UKHSA)は、2022年5月20日にBA.4/BA.5系統をともにvariantsからVOCへ分類を変更している(UKHSA, 2022a)。
- BA.5系統流行初期の南アフリカ共和国およびポルトガルにおける、BA.2系統からの置き換わりの状況から、BA.5系統はBA.2系統に比較して12～13%の成長率の上昇が指摘され(ECDC, 2022a)、その後、全世界的にBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進んだが、感染者数の増加については国によって差が見られる。ただし、各国で検査方針の変更等が行われており、各国の感染者数と死亡者数の変化の解釈には注意を要する。
- BA.4系統、BA.5系統はL452R変異をはじめとするスパイクタンパク質の変異を有しており、中和抗体の結合に影響を与える可能性が示唆されている。L452の変異により免疫逃避の可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022b)ほか、ワクチン接種者およびオミクロン株感染者の血清を用いた抗原性評価では、BA.4/BA.5系統に対する抗体価はBA.1系統と比較して2.9倍から3.3倍、BA.2系統と比較して1.6倍から4.3倍の中和活性の低下が指摘されているが、査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である(Hachmann NP. et al., 2022)。また、抗体医薬のうちsotrovimab、bamlanivimab、casirivimab、etesevimab、imdevimab、tixagevimabの中和活性の低下、cilgavimabへの抵抗性の上昇が示唆されている (WHO, 2022b)
- 国内におけるBA.1/BA.2系統流行時期とBA.5系統流行時期における新型コロナワクチンの有効性を検討した暫定報告では、3回接種により、2回接種後に経時的に低下した発症予防効果が回復することから、当該報告では３回目接種後の有効性の持続期間は明らかでないものの、BA.5系統に対する発症予防効果についての3回目接種の有効性が示唆されている(国立感染症研究所, 2022b)。
- BA.2系統ウイルス株にオミクロン株の亜系統のスパイクタンパク質の遺伝子を置換した遺伝子組換えキメラウイルスを用いたハムスター感染実験の結果、BA.4/BA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がBA.2系統のスパイクを持つウイルスよりも高くなったこと、および培養細胞を用いた実験で、BA.4/BA.5系統のスパイクを持つウイルスがBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも効率的にヒト肺胞上皮細胞で複製されることが報告されている(Kimura I et al., 2022)。また、ハムスターの肺組織での炎症反応がBA.1/BA.2系統と比較して強いことを示した報告(Tamura T et al., 2022) 、ハムスターの肺組織におけるBA.4/BA.5系統の病原性はBA.2系統と同等であることを示した報告(Kawaoka Y et al., 2022)がある。ただし、いずれも動物、培養細胞を用いた実験での観察であり、ヒトで臨床的に観察されたものではないこと、査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である。
- 国内では2022年6月以降、BA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進行した。BA.5系統は2022年第17週(4月18日～24日)に日本から初めてGISAIDに登録され、第27週(7月4日～10日)に50%を、第28週(7月11日～17日)に75%を超えた(covSPECTRUM, 2022)。国内民間検査機関2社に集められた週800検体のゲノム解析結果を用いたゲノムサーベイランスでも、2022年22週(5月23日～29日)に初めて検出されたのち、第27週に50%を、第28週に75%を超えた (国立感染症研究所, 2022a)。
BA.2系統の亜系統について
- BA.2系統はさらに亜系統のBA.2.1系統からBA.2.82系統まで分類されている(Cov-lineages.org, 2022)が、これらのBA.2系統の亜系統間での形質の差異は、BA.2.12.1系統、BA.2.75系統を除き、明らかではない。なお、2022年8月時点で全世界的にBA.2系統からBA.5系統への置き換わっており、BA.2.75系統では感染者数増加の優位性、免疫逃避が懸念されているが、それ以外のBA.2系統の亜系統の検出数が減少している。
- BA.2系統の亜系統であるBA.2.75系統が2022年6月にインドから報告された。 9月1日時点で、28か国からGISAIDに3,321件(BA.2.75系統の亜系統を含む)が登録されており、このうち2,321件はインドからの登録である(Outbreak.info, 2022)。WHOはBA.2.75系統を、VOCの中で伝播性の増加の兆候や他の「懸念される変異株（VOC）」と比較して優位性を疑うアミノ酸変異を有するものとして、「監視下のオミクロン株の亜系統（Omicron subvariants under monitoring）」に分類しており(WHO, 2022c）、ECDCは「注目すべき変異株（VOI）」に分類している(ECDC, 2022b)。なお、GISAIDの登録情報では、日本から9月5日時点で検疫で70件、国内で65検体のBA.2.75系統が登録されている。国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない(GISAID, 2022)
- BA.2.75系統は、BA.2系統と比較して、スパイクタンパク質にK147E、W152R、F157L、I210V、G257S、G339H、G446S、N460Kの各変異を有しており、BA.1系統、BA.2系統などで見られたQ493R変異は有さない (Outbreak info, 2022)。これらスパイクタンパク質の変異は抗体結合部位の構造に影響している可能性が高く、例えばG446S変異はBA.1系統と共通する変異で、ワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆される。ヒト血清を用いた抗原性の評価では、BA.2.75系統の中和抗体からの逃避は、BA.2.12.1系統より強く、BA.4/BA.5系統に比べて弱いことが示唆されている(Cao Y. et al., 2022a)。また、臨床分離株を用いたハムスター感染実験の結果、BA.2.75系統とBA.5系統の病原性は同等で、BA.2系統よりも高いことを示した報告(Saito A et al., 2022)、BA.2.75系統のハムスターの肺組織での複製能がBA.2系統、BA.5系統より高く、限局性ウイルス性肺炎が観察されたとの報告がある(Uraki R et al., 2022)。ただし、いずれも動物を用いた実験での観察であり、ヒトで臨床的に観察されたものではないこと、査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である。
- インドではBA.2系統とその亜系統が主流であったが、2022年5月以降BA.5系統の割合が上昇しつつあった。そのような傾向の中で、６月以降BA.2.75系統の割合が上昇し、2022年第34週(8月15日～21日)にはGISAIDに登録された検体の約76%を占めている。インド以外ではシンガポールで報告数の増加が見られているが、BA.5系統が主流となったのちにBA.2.75系統への置き換わりが進んでいる国は見られない(covSPECTRUM, 2022)が、BA.5系統に対するBA.2.75系統の感染者増加の優位性の有無を注視している。インドの感染者数は6月から7月にかけて微増したが、8月以降減少に転じ、死者数も6月以降微増にとどまっている。他の系統と比較した感染伝播性、重症度に関する知見はまだ十分ではないが、インドでの実効再生産数はBA.5系統に比較して1.2倍程度と感染伝播性が高い可能性が示唆されている(Saito A. et al., 2022)。ただし、査読を受けていないプレプリントの論文であることに注意が必要である。疫学的な評価については、引き続き各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。
- 2022年3月に米国で初めて報告されたBA.2.12.1系統は、その後米国内での検出割合が上昇し、6月上旬に米国全体で検出された株の約60%を占める状態となったが、7月にはBA.5系統に置き換わった (CDC, 2022)。また、米国以外での検出割合の増加はみられず、世界的にも報告は減少している。
- 検疫において、2022年8月下旬に日本に到着した入国者3名の陽性検体からBA.2.3.2系統(BA.2系統の亜系統)が起源と考えられるが、これまでに報告のない変異を有するウイルスが検出された。当該3名の陽性者の行動歴にはいずれもベトナムへの渡航があったが到着日および到着空港は異なっており、明らかな疫学リンクは確認できない。 BA.2.3.2系統は国内では2022年第5週(1月24日～30日)に初めて検出され、9月5日時点で555件が日本からGISAIDに登録されている。国外では、全世界で2,318件の登録があり、ベトナムからが618件と最も多いが、2022年７月以降ベトナムからの登録は減少している。 今回検出されたウイルスは、BA.2.3.2系統の有する変異に加え、スパイクタンパク質に3つのアミノ酸の挿入、Y144欠失、R346T、L452R、N460R、G476S、R493Q (reversion)およびS640Fの特異的変異を有している。これらスパイクタンパク質の変異による抗体結合部位への構造の影響に伴い、中和抗体からの逃避が示唆される。またORF6においては、27266〜27300欠失によるフレームシフトが認められることから、自然免疫応答への影響が示唆される。ただし、この3検体を除き報告がないことから、感染者増加の優位性、重症度についての知見はなく、今後の国内、国外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。
BA.4.6系統について
- BA.4系統の亜系統であるBA.4.6系統が2022年5月に米国から報告された。 9月1日時点で、60か国からGISAIDに12,298件が登録されており、このうち米国からの登録が7,242件ともっとも多くを占める (Outbreak.info, 2022)。米国ではBA.2.12.1系統からBA.5系統への置き換わりが進行しており、BA.5系統が主流となっているが、その中でBA.4.6系統は微増し、9月3日時点で8.4%を占めると推定されている(CDC, 2022)。 なお、GISAIDの登録情報では、日本からは9月5日時点で、検疫で6件、国内で60件のBA.4.6系統が登録されている。国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない(GISAID, 2022)。
- BA.4.6系統は、BA.4系統と比較して、スパイクタンパク質にR346T変異を有しており、スパイクタンパク質の変異による抗体結合部位の構造への影響に伴いワクチン接種による中和抗体からの逃避が示唆される。ヒト血清を用いた抗原性の評価では、BA.4.6系統の中和活性はBA.4/BA.5系統に比べて2.4～2.6倍低下することが示唆されている(Jian F. et al., 2022)。ただし、査読を受けていないプレプリントの論文であることに注意が必要である。
- 米国では2022年5月以降、感染者数、死亡者数ともに横這いとなっており、BA.4.6系統の増加の感染者数や死亡者数への影響は現時点では不明である。その他、他の系統と比較した感染性、伝播性、重症度に関する明らかな知見はなく、疫学的な評価については、今後の各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。
組換え体について
- SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え（ 2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること）が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
- これまで、アルファ株(B.1.1.7系統）とB.1.177系統の組換え体(XA系統）、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統）、アルファ株(B.1.1.7系統）とデルタ(AY.29系統）の組換え体（XC系統）、デルタ株とオミクロン株の組換え体（XD系統等）、オミクロン株の亜系統同士の組換え体（XE系統等)にPANGO系統が付与されてきている(Cov-lineages.org, 2022)。ただし、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、PANGO系統がまだ付与されていない、組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体が、日本を含め世界各地から報告されている。
- 組換え体のうち、XE系統はBA.2系統と比較して12.6%の成長率の上昇が示唆されており、UKHSAはXE系統をvariantに指定している(UKHSA, 2022b)が、2022年4月以降世界的にBA.5系統への置き換わりが進む中で、XE系統を含む組換え体のGISAIDへの登録数は減少している(Outbreak.info, 2022)。また、これ以外に感染拡大の懸念がある組換え体は報告されていない。世界全体で組換え体の検出数が少ないため、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する。
参考 主な変異株の各国における位置付け（2022 年 9月 5日時点）
|
系統名
|
感染研
|
WHO*
|
ECDC
|
UKHSA
|
CDC
|
|
B.1.1.529 系統
（オミクロン株）
|
VOC
|
currently circulating VOC
※BA.4, BA.5, BA.2.12.1, BA.2.75: Omicron subvariants under monitoring
|
VOC
※BA.2, BA.4, BA.5: VOC
BA.2+L452X, BA.2.75: VOI
XAK, BA.4+R346X, BA.5+R346X: VUM
BA.1, BA.3: VOM
|
VOC
※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5: VOC
BA2.12.1, BA.2.75: Variants
BA.3: signals in monitoring
|
VOC
|
VOC: variant of concern（懸念される変異株）、Omicron subvariants under monitoring（監視下のオミクロン株の亜系統）、VUM: variant under monitoring（監視下の変異株）、VOI: variant of interest (注目すべき変異株)、VBM: variant being monitored（監視中の変異株）、de-escalated variants（警戒解除した変異株）、currently circulating(現在流行中）、previously circulating（かつて流行していた）、signals in monitoring (監視中のシグナル)
引用文献
- Cao Y. et al.. 2022. Neutralizing antibody evasion and receptor binding features of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75. bioRxiv.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.18.500332v1. (preprint) 2022a.
- Cao Y. et al.. 2022. BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection. bioRxiv.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.04.30.489997v1. (preprint) 2022b.
- CDC. COVID Data Tracker as of 29 August 2022. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions
- Cov-lineages.org. https://cov-lineages.org/index.html
- covSPECTRUM. https://cov-spectrum.org/explore/World/AllSamples/Past6M
- Davis MA. et al. Outcomes of laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection during resurgence driven by Omicron lineages BA.4 and BA.5 compared with previous waves in the Western Cape Province, South Africa. medRxiv. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.06.28.22276983v2. (preprint)
- European Centre for Disease Prevention and Control. Epidemiological update: SARS-CoV-2 Omicron sub-lineages BA.4 and BA.5.
https://www.ecdc.europa.eu/en/news-events/epidemiological-update-sars-cov-2-omicron-sub-lineages-ba4-and-ba5.v2022a
- European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 15 July 2022. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern. 2022b.
- GISAID. https://gisaid.org/.
- Hachmann NP. et al..2022. “Neutralization Escape by the SARS-CoV-2 Omicron Variants BA.2.12.1 and BA.4/BA.5.” MedRxiv.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.05.16.22275151v1. (preprint)
- Hansen CH. et al.. Risk of Reinfection, Vaccine Protection, and Severity of Infection with the BA.5 Omicron Subvariant: A Danish Nation-Wide Population-Based Study. Available at SSRN.
https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=4165630. (preprint)
- Jian F. et al.. 2022. “Further humoral immunity evasion of emerging SARS-CoV-2 BA.4 and BA.5 subvariants.” bioRxiv. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.503384v1. (preprint)
- Kawaoka Y. et al.. 2022 “Characterization of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 and BA.5 clinical isolates.” Research Square. https://www.researchsquare.com/article/rs-1820048/v1. (preprint)
- Kimura, I. et al.. 2022. “Virological Characteristics of the Novel SARS-CoV-2 Omicron Variants Including BA.2.12.1, BA.4 and BA.5.” bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2022.05.26.493539. (preprint)
- Outbreak. info. https://outbreak.info/
- Saito A. et al.. 2022. “Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75.” bioRxiv. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.07.503115v1. (preprint)
- Tamura T. et al.. 2022. “Comparative pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron subvariants including BA.1, BA.2, and BA.5.” bioRxiv. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.05.502758v1. (preprint)
- Uraki R. et al.. 2022. “Characterization of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 clinical isolates.” bioRxiv. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.26.505450v1. (preprint)
- UKHSA. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 44. 22 July 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1093275/covid-technical-briefing-44-22-july-2022.pdf.2022a.
- UKHSA. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 40. 8 April 2022.
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1067672/Technical-Briefing-40-8April2022.pdf. 2022b.
- WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 107, published 31 August 2022. https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---31-august-2022. 2022a.
- WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 101, published 20 July 2022.
https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---20-july-2022. 2022a.
- WHO. Tracking SARS-CoV-2 variants. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants. 2022b.
- 国立感染症研究所. 民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスによるBA.5検出の推定. https://www.niid.go.jp/niid/images/cepr/covid-19/220826_dominant_variant.pdf. 2022a
- 国立感染症研究所. 新型コロナワクチンの有効性を検討した症例対照研究の暫定報告（第四報）：オミクロン株（BA.1/BA.2およびBA.5）流行期における有効性. https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2484-idsc/11405-covid19-999.html. 2022b.
注意事項
- 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。
更新履歴
第 20 報 2022/09/08 9:00時点
第 19 報 2022/07/27 9:00時点
第 18 報 2022/07/01 9:00時点
第 17 報 2022/06/03 9:00時点
第 16 報 2022/04/26 9:00時点
第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
第 ９報 2021/06/11 10:00 時点
第 ８報 2021/04/06 17:00 時点
第 ７報 2021/03/03 14:00 時点
第 ６報 2021/02/12 18:00 時点
第 ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
第 ４報 2021/01/02 15:00 時点
第 ３報 2020/12/28 14:00 時点
第 ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」