国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ

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新型コロナウイルスSARS-CoV-2 Spikeタンパク質 E484K変異を有するB.1.1.316系統の国内流入(2021年2月2日現在)

(速報掲載日 2021/2/19)(IASR Vol. 42 p79-81: 2021年4月号)
 
(PANGO lineages での ID が B.1.1.316→ R.1 に変更となった)
 
新型コロナウイルス変異株が有するSpikeタンパク質E484K変異

 自治体の積極的疫学調査を支援すべく、SARS-CoV-2(一本鎖プラス鎖RNAウイルス、全長29.9 kb)のゲノム配列を確定してGISAID*1へ配列登録し、感染クラスターに特有な遺伝子情報およびクラスター間の共通性を解析中である。これまでに4回にわたって中間報告として国内伝播の状況を概説してきた(2020年4月27日1)、2020年8月6日2)、2020年12月11日3)、2021年1月14日4))。2020年3~4月に欧州系統(Pangolin*2系統B.1.1.114)の流入が認められたものの、第2、3波の主流はこの欧州系統から派生したB.1.1.284とB.1.1.214による国内の感染拡大であることが判明した(2021年1月14日報告4))。さらに、英国で発生した新規変異株VOC-202012/01 の流入が懸念されており、空港検疫検査のみならず、市中感染の疑いを示す事例が公表されている。

2021年2月18日
国立感染症研究所感染症疫学センター

 

令和2年3月6日の結核感染症課事務連絡「『新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の陰性が確認され退院される患者の方々へ』の配布について」では、退院後の経過観察期間を4週間設け、再陽性化等に備えた症状の経過観察や感染管理などを求めていたが、現行の退院基準のうち、退院時に検査を実施しない場合の基準(発症日から10日間かつ症状軽快後72時間経過)との齟齬が生じているとの指摘もあり、発症からの感染可能期間についてのエビデンスや再陽性症例における感染性や二次感染リスクに関するエビデンスをまとめた。

なお、本文書においては、発症初日を発症0日目として、発症翌日を発症1日目と定義している。

 

国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に対するワクチンは、国内での製造販売承認を 経て、2021 年 2 月中旬から接種が始まろうとしています。国内での接種開始にあたり、現在 得られている知見を概要として下記にまとめました。今後の情報をもとに、随時更新していく予定です。

 新型コロナワクチンについて 第 1 版 (2021 年 2 月 12 日現在)

国立感染症研究所
2021年2月12日18:00時点

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要約

ウイルスのヒトへの感染性・伝播のしやすさや、すでに感染した者・ワクチン接種者が獲得した免疫の効果に影響を与える可能性のある遺伝子変異を有する複数の新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の新規変異株として、特にVOC-202012/01, 501Y.V2, 501Y.V3の流行が懸念されている。いずれも感染性・伝播のしやすさに影響があるとされるN501Y遺伝子を有するが、特にVOC-202012/01については、2次感染率の増加や、死亡リスクの増加の可能性が疫学データから示唆されている。501Y.V2と501Y.V3については、さらに抗原性に影響を与える可能性があるE484K変異も有する。特に501Y.V2については、過去の感染によって得られた免疫や承認されているワクチンによって得られた免疫を回避する可能性が指摘されており、暫定結果ではあるが数社のワクチンでは有効性の低下を認めている。さらには、VOC-202012/01にE484K変異が加わった株も報告されている。これらの変異株の感染者が世界各地から報告され、いくつかの国では変異株がかなりの割合を占めつつある。

国内においても、渡航歴のない者や渡航歴のある者との疫学的関連のないVOC-202012/01の感染者が各地で報告されつつある。流行国ではこれから変異株の占める割合が上昇することが見込まれている。これらの変異株はウイルスの感染・伝播性が増加している可能性があることから、まん延した場合には、従来と同様の対策では、これまで以上の患者数や重症者数の増加につながり、医療・公衆衛生体制を急速に圧迫するおそれがある。国内でのまん延拡大防止のためには、入国者数の制限や検疫により、渡航者による変異株の国内持ち込みを極力抑制する必要がある。加えて、国内対策を強化し、変異株感染者の早期検知と、特に変異株クラスターの迅速な封じ込め及び社会での接触機会の抑制を推奨する。

掲載日:2021年2月9日

第22回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和3年2月1日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第22回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版はこちら

直近の感染状況等

全国の新規感染者数は、報告日ベースでは、1月11日には、直近一週間では10万人あたり約36人に達したが、1月中旬以降減少傾向となっており、直近の1週間では10万人あたり約19人となっている。(発症日ベースでは、1月上旬以降減少傾向)

実効再生産数:
全国的には1を上回る水準が続いている (12月27日時点)。東京等首都圏、大阪、福岡などで1週間平均で1を超える水準となっている(12月27日時点)。

入院者数は減少がみられるが、重症者数、死亡者数は引き続き過去最多の水準。新規感染者数の減少が入院者数、重症者数の減少につながるには一定の期間が見込まれ、対応を続けている保健所や医療機関の職員はすでに相当疲弊し、業務への影響が懸念される。多数の感染者数の発生が続く中、新型コロナの診療と通常の医療との両立が困難な状況が続いており、救急対応への影響が見られる事例などが生じているほか、病床の逼迫により入院・療養等調整中となる事例も依然として多数見られている。また、高齢者施設でのクラスター発生事例も増加。

IDWRchumoku 注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。

◆直近の新型コロナウイルス感染症およびインフルエンザの状況(2021年1月29日現在)

 

新型コロナウイルス感染症:

 2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認され、2020年1月30日、世界保健機関(WHO)により「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)」を宣言され、3月11日にはパンデミック(世界的な大流行)の状態にあると表明された新型コロナウイルス感染症(COVID-19)は、2021年1月29日15時現在、感染者数(死亡者数)は、世界で101,452,470例(2,191,027例)、194カ国・地域(集計方法変更:海外領土を本国分に計上)に広がった(https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_16444.html)。

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新型コロナウイルスSARS-CoV-2ゲノム情報による分子疫学調査(2021年1月14日現在)

(速報掲載日 2021/1/29) (IASR Vol. 42 p61-64: 2021年3月号)
 
新型コロナウイルス・ゲノム疫学解析によるクラスター対策

 2019年末の中国・武漢市で初めて確認された新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は、2020年1月に国内で初めて感染者が確認された。その後、現在まで地域的な感染クラスター(集団)とその集合体による複数回の感染ピークを生じている。自治体の積極的疫学調査を支援すべく、SARS-CoV-2(一本鎖プラス鎖RNAウイルス、全長29.9 kb)のゲノム配列を確定し、感染クラスターに特有な遺伝子情報およびクラスター間の共通性を解析している。これまでに3回にわたってゲノム情報が示す国内伝播の状況を概説してきた(2020年4月27日1)、2020年8月6日2)、2020年12月11日3))。また、日本国内4,5)、ダイヤモンド・プリセンス号の乗員乗客6)、空港検疫所の陽性検体7)より確定されたSARS-CoV-2ゲノム配列の解析については学術誌にて参照可能である。

 

 

国立感染症研究所では分離されたSARS-CoV-2英国変異株(VOC-202012/01)について分与を行ってきました。この度、英国変異株に追加してブラジル変異株(501Y.V3, P.1)を試験研究に利用する研究機関等へ分与することといたしました。

 

分与は、感染研病原体等安全管理規程による「病原体等の分与等に関する取扱要領」に書かれた手続きに 従って行います(https://www.niid.go.jp/niid/ja/lab/481-biosafe/7155-bunyo-shogai17.html)。

 

注)本ウイルスは四種病原体です。本ウイルスの取扱いについてはBSL3/ABSL3施設が必要となります。

 

【病原体分与手続きについて】

下記病原体の分与担当研究者にメールもしくはお電話にてお問い合わせください。

 

【病原体の分与担当研究者】

ウイルス第一部 部長 西條政幸

 

問合せ担当:

ウイルス第一部第三室 伊藤睦代

電話:03-5285-1111(内線2531)

メール:This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

 

【事務担当】

総務部調整課研究支援係

電話:03-5285-1111(内線2040,2052)

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検体中のSARS-CoV-2ウイルスコピー数とウイルス力価に係る考察

(IASR Vol.42 p22-24: 2021年1月号)

 
はじめに

 仙台市における最初の新型コロナウイルス感染症(COVID-19)感染者は2020年2月29日に確認され, それ以降9月30日までに261名の新規患者が確認されている。そこで, 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の遺伝子が検出された検体について, ウイルス分離を試み, ウイルスコピー数との相関性を考察した。

国立感染症研究所
2021年1月25日18:00時点

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要約

ウイルスのヒトへの感染性・伝播のしやすさや、すでに感染した者・ワクチン接種者が獲得した免疫の効果に影響を与える可能性のある遺伝子変異を有する複数の新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の新規変異株が世界各地から報告されている。特に、VOC-202012/01と501Y.V2については、最初に報告された英国、南アフリカのみならず、日本を含む世界各地で検出されている。また、日本は検疫において、ブラジルからの渡航者から新たな変異株501Y.V3を検出した。この変異株は、VOC-202012/01と501Y.V2と共通の遺伝子変異を一部で認める。ブラジル・アマゾナス州で検出されているほか、いくつかの国でブラジルからの渡航者から検出されている。VOC-202012/01と501Y.V2は、ウイルスの感染性が増加している可能性があることから、まん延した場合には、従来と同様の対策では、これまで以上の患者数や重症者数の増加につながり、医療・公衆衛生体制を急速に圧迫するおそれがある。501Y.V2と501Y.V3は、感染・伝播性が増加している可能性と抗原性が変化している可能性が遺伝子配列情報から示唆されている。なお、感染・伝播性や抗原性との関連が懸念されるスパイクタンパクのいくつかの部位の変異は、世界各地で別々に生じており、海外で発生した変異株が国内に持ち込まれることのみならず、国内の流行株においてもこのような部位に変異を生じた株が発生する可能性もある。感染性の増加や抗原性の変化が懸念される変異株の国内での感染拡大との関連性が認められる国・地域へ渡航歴のある者等の管理体制を強化するとともに、変異株の監視と情報収集を強化・継続することを推奨する。

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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