疾病媒介や人体に対して有害な害虫類 (昆虫類、 ダニ類等) の分類、 生態、 生理機能、 病原体の伝播機構、防除等に関する基礎的研究、 調査研究、 これらの害虫類に対する殺虫剤の効力検査等の業務を行っている。
第一室（分類・生態室）
疾病に関連する衛生害虫の分類学、生態学、蚊媒介性疾患を中心とした疫学に関する研究並びに野外調査を行っている。衛生昆虫類の国際データベース・ネットワークに関して、我国におけるセンター的役割を果たしており、分類・同定検査の依頼にも対応している。
第二室（生理機能室）
衛生害虫によるウイルス・原虫・細菌等病原体の伝播機構に関する生理・生化学的研究を行っている。また、衛生害虫の保有する病原体の分離・同定・性状解析に関する情報提供も行っている。
第三室（殺虫・殺そ剤室）
衛生害虫の総合的防除法や殺虫剤抵抗性機構に関する研究を行っている。さらに、衛生昆虫類の系統維持とその分与、並びに殺虫剤等の効力検査を担当している。