国立感染症研究所

感染研に送付された腸管出血性大腸菌2018年分離株は3,078（同時期前年比6％増;2018年6月29日付の厚生労働省事務連絡に基づいて送付されたMLVAデータ94株分を含む）であり, このうち2,877株（93％）をMLVA法で解析した。各血清群における解析株数, 検出型数およびSimpson’s Diversity Index*（SDI） は, O157が1,760株, 704型, 0.994（0.972）, O26が648株, 222型, 0.979（0.985）, O111が86株, 54型, 0.980（0.918）, O103が139株, 48型, 0.833（0.909）, O121が156株, 46型, 0.913（0.955）, O145が49株, 24型, 0.912（0.859）, O165が4株, 4型, 1.00（1.00）, O91が35株, 31型, 0.993（0.988） であった（カッコ内は昨年同時期のSDI）。株数の同時期前年比は, O157:8.7％増, O26:6.9％減, O111:33％減, O103: 3.5％減, O121:108％増, O145:14％増, O165: 50％減, O91:15％減であった。

表1に血清群O157, O26, O111のうち検出された菌株数が多かったMLVA型およびその各遺伝子座のリピート数を示す。

MLVAでは, リピート数が1遺伝子座において異なるsingle locus variant（SLV）など, 関連性が推測される型をコンプレックスとしてまとめる様式をとっている。2018年は95のコンプレックスが同定された。

MLVA法によって試験した菌株に関し, 地方衛生研究所（地衛研）等（機関）の数に基づいて広域株の検索を行った。5以上の機関で検出された広域コンプレックスは32種類, コンプレックスに含まれないが5機関以上で検出された広域型は10種類であった。計1,002株が広域コンプレックス/型に含まれた。上位の当該コンプレックス/型および分離地域（ブロック）は表2に示すとおりである。

2018年に発生した集団事例のうち, 広域に感染者が検出された事例が複数件あった。表2中, 18c002（特集関連資料2:事例5, 本号4ページの事例を含む）, 18c034（特集関連資料2:事例19を含む）, 18c035（特集関連資料2:事例17を含む）, 18m5019（本号8ページの事例を含む）などにその関連株が含まれた。当該コンプレックス/型は6～9月において, それぞれ2～3週の間に集中して検出された。当該コンプレックス/型に含まれる菌株の分離地域およびMLVAに基づくminimum spanning treeを図に示す。18c002, 18c034など特定の地域に集中的に検出されたものもあれば, 18c035のように広範に検出されたものもあった。

MLVA法により迅速な菌株解析が可能となったことで, 集団事例および家族内事例における菌株の同一性, 散発例も含めた事例間の関連性および広域性の有無などの情報がよりリアルタイムに還元できるようになってきている。MLVA法の結果に基づいて実施された自治体からの疫学情報の共有などから事例間の繋がりが明らかにされるなど, 事例対応に有益であったことも少なからずあった。

2018年6月29日付の事務連絡によって, 血清群O157, O26, O111について地衛研で実施したMLVAデータから直接MLVA型を付与し, 当該型の一覧をMLVAリストとして共有することが開始された。今後も迅速な菌株解析ならびに情報共有に努めていくので, 引き続き関係機関のご理解とご協力をお願いしたい。

*多様性を表す指数の一つ。0-1の範囲で1に近いほど多様性が高く, 0に近いほど多様性が低いことを示す。