感染病理部は、寄生虫、細菌、ウイルス、プリオン等による感染症の発症病理及び宿主応答に関する研究を行っている。感染症の病態解明はおもに宿主側から解析し、その結果が診断や治療に役立つものをめざしている。国内外から集められたヒト感染症例の生検・手術・剖検材料、そしてマウスやサルを用いた実験感染材料での発症病理の解析を病理組織学、免疫組織化学、in situ hybridization、超微形態、分子生物学的方法を用いて総合的に解析している。また宿主の感染免疫応答、ワクチンの安全性と効果、宿主及び微生物遺伝子の機能解析、そして新しいワクチン開発を行っている。生ワクチンの神経毒力試験や新興再興感染症の病理検査、たとえばウシ海綿状脳症の免疫組織化学による確認検査も行っている。

第一室（診断病理室）

感染症その他の特定疾病に関する感染病理学的診断研究とこれらに関するレファレンス業務を行っている。

第二室（感染病理室）

感染症その他の特定疾病に関する動物モデルを用いた感染病理学的研究とこれらに関するレファレンス業務を行っている。生ワクチンの神経毒力試験を行っている。

第三室（実験病理室）

病因あるいは予防治療法が明らかでない疾病並びに病原体が関与する悪性腫瘍に関する実験病理学的研究とこれらに関するレファレンス業務を行っている。

第四室（分子病理室）

感染症その他の特定疾病の診断、治療、予防に関する分子病理学的研究とこれらに関するレファレンス業務を行っている。