国内で分離された腸管出血性大腸菌の全ゲノム配列データベース化と食中毒事例の解析

(IASR Vol. 42 p97-98: 2021年5月号)

　腸管出血性大腸菌（enterohemorrhagic Escherichia coli:EHEC）の国内サーベイランスでは, 反復配列多型解析（MLVA）法やパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）法といった分子型別手法を用いた菌株間の比較が行われている。近年, 高速シークエンサーの実用化により, 集団感染等の調査に全ゲノム配列を用いた解析が利用可能となっている。EnteroBase（http://enterobase.warwick.ac.uk/）等の公共データベースでは, 15万件以上の大腸菌ゲノム配列が登録され, 国内外の株との比較解析が可能である。そこで, 公共データベースや自製データベースに存在する大腸菌ゲノム配列との比較を容易にするために, core genome single nucleotide polymorphism（cgSNP）およびcore genome multilocus sequence typing（cgMLST）解析環境の構築と, 国内EHECゲノムのデータベース化を行った。さらに同環境を利用し, 2020年に発生した食中毒事例について解析を行った。