SARS-CoV-2検出法（感染研法）の現状と変異ウイルス（variant of concern, VOC）への対応力

(IASR Vol. 42 p143-145: 2021年7月号)

　重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）の検出はリアルタイムRT-PCR法を用いることが主流である。現在, 国立感染症研究所のSARS-CoV-2遺伝子検出・ウイルス分離マニュアル（Ver.1.1）として, N2セットおよびS2セットによる検出法がウェブサイトで公開されている（https://www.niid.go.jp/niid/ja/lab-manual-m/10032-sars-cov-ref2.html）。リアルタイムRT-PCR法による検出法の性能を維持するためには, 用いているプライマー／プローブ配列におけるミスマッチの発生状況を調べ, ミスマッチが生じている場合は, それの検出感度への影響を評価することが重要である。SARS-CoV-2の遺伝子配列情報は公的データベースであるGISAID（Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data, https://www.gisaid.org）に集約されている。我々はGISAIDに登録済みのデータを利用してミスマッチ検索を行っている^1）。GISAIDは各国の研究者から任意に配列情報が登録される。従って, 各国の解析レベルの差が登録数に反映され, 登録数とその由来国に著しい偏りがある。そのため登録データにおけるミスマッチ存在比率が, そのまま世界における存在比率を示しているわけではないことに注意が必要である。配列を検索する際は, 高品質な配列を得るため「complete」, 「high coverage」, 「low coverage ecxl」のチェックボックスをチェックし, 宿主が「Human」の配列を集めることにしている。得られた配列は, オンラインソフトのMAFFT（version 7, https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/add_fragments.html?frommanual）^2）を用いてWuhan-Hu-1（GenBank: MN908947）の配列とアライメントを作成し, SEQUENCHERソフトウェア（Gene Codes, Ann Arbor, MI）を用いてミスマッチを分析している。