細菌第一部においては、 以下に挙げるような細菌の分類及び同定に関する研究、 迅速診断法及び分子疫学的手法の開発研究、並びにそれらを用いての細菌感染症の流行解析を行っている。また、分子遺伝学的及び細胞生物学的手法を用い、 細菌感染症の病原性の分子レベルの研究を行い、その成果を病原体診断・検査、治療、及び予防法の開発に応用させている。
第一室（腸管系細菌I室）
- 腸内細菌 (腸管出血性大腸菌、サルモネラ等) の疫学的・病因学的研究
- DNA 疫学マーカーの検索と開発
- 腸内細菌と宿主細胞との相互作用の分子レベルの解析
- サルモネラ並びに腸管出血性大腸菌のファージタイピング
第二室（腸管系細菌II室）
- ビブリオ科の分類学的研究、同定、血清型別及び病原性の研究
- 赤痢菌の血清型別及び病原性の研究
- チフス菌及びパラチフス A 菌のファージ型別、薬剤感受性試験及び病原性の研究
第三室（新興細菌感染室）
- レジオネラ感染の分子機構の研究
- 肺炎球菌の疫学及び薬剤耐性の研究
- 劇症型レンサ球菌感染症の病原性の研究
第四室（全身性感染細菌室）
- ライム病、 レプトスピラ感染症、 髄膜炎菌性髄膜炎
- ペストの診断・予防法の開発
- ボレリア、 レプトスピラ、髄膜炎菌の病原性の研究
第五室（泌尿生殖器系細菌室）
- 梅毒の体外診断薬の開発及び品質管理
- 泌尿生殖器系細菌の病原性及び薬剤耐性の分子機作及び鑑別についての研究
第六室（口腔細菌感染症室）
- 口腔細菌感染症の診断、予防方法の開発
- 口腔細菌の病原性機構の研究