MRSAの遺伝学的分類法で主に用いられるのは, multi-locus sequence typing(MLST), staphylococcal cassette chromosome mec(SCCmec)typingおよびspa typingである。これらに病原因子や薬剤耐性因子を加えて菌株の遺伝学的特徴を表現する。SCCmecは現時点で15種類が国際ワーキンググループ(IWG-SCC)により認められている1)。日本の臨床検体から検出されるMRSAはSCCmecⅠ-Ⅴまでがほとんどである。