発生動向調査年別報告数一覧（全数把握）
新型インフルエンザ等感染症および指定感染症 （全数）１．2016年は2017年10月28日現在報告数。
２．対象感染症の類型および名称は2016年12月31日現在。「感染症法における感染症の分類」
３．1999年の報告数は1999年4月からの報告数である。
４．■ 部分の数値は2006年6月12日からの報告数である。
５．■ 部分の数値は2008年5月12日からの報告数である。
６．■ 部分の数値は2013年5月6日からの報告数である。
７．■ 部分の数値は2014年7月26日からの報告数である。
８．年の区切りについては報告週対応表2016年を参照。
９．2017年は年報集計前につき、病型別になっていないがIDWR 2017年第51・52合併号に掲載している第52週のデータ
≪https://www0.niid.go.jp/niid/idsc/idwr/IDWR2017/idwr2017-51-52.pdf≫を参照 （2018年1月5日現在報告数）。
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新型インフルエンザ等感染症＊
| 西暦 | 元 号 | 新型インフルエンザ** | 再興型インフルエンザ |
| 08 | 平成20 | 0 | 0 |
| 09 | 21 | 12,654 | 0 |
| 10 | 22 | 0 | 0 |
| 11 | 23 | 0 | 0 |
| 12 | 24 | 0 | 0 |
| 13 | 25 | 0 | 0 |
| 14 | 26 | 0 | 0 |
| 15 | 27 | 0 | 0 |
| 16 | 28 | 0 | 0 |
*2008年5月12日より、新型インフルエンザ等感染症が追加された。
**2009年8月25日より、新型インフルエンザ（A/H1N1)は定点把握疾患のインフルエンザに変更された。
指定感染症
| 西暦 | 元号 | インフルエンザ（H5N1）＊ |
| 06 | 平成18 | 0 |
| 07 | 19 | 0 |
| 08 | 20 | 0 |
*2006年6月12日より、インフルエンザ(H5N1)は指定感染症になり、2008年5月12日より、ニ類感染症の鳥インフルエンザ(H5N1)に変更された。
| 西暦 | 元号 | 鳥インフルエンザ（H7N9）＊ |
| 13 | 平成25 | 0 |
| 14 | 26 | 0 |
| 15 | 27 | 0 |
*2013年5月6日より、鳥インフルエンザ（H7N9）は指定感染症になり、2015年1月21日より、二類感染症に変更された。
| 西暦 | 元号 | 中東呼吸器症候群＊ |
| 14 | 平成26 | 0 |
| 15 | 27 | 0 |
*2014年7月26日より、中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。）は指定感染症になり、2015年1月21日より、二類感染症に変更された。