感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異株について（第23報）

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国立感染症研究所

2022年 12月16日 9:00 時点

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変異株の概況

  • 　　現在、流行している新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株は、第22報時点と同様に、B.1.1.529系統とその亜系統(オミクロン)が支配的な状況が世界的に継続している。2022年11月5日～12月5日、世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルスの87.8%をオミクロンが占め、残る12.2%も配列が割り当てられていないもののオミクロンに該当すると推定され、その他の系統はほとんど検出されていない(WHO, 2022a)。オミクロンの中では多くの亜系統が発生しているが、BA.5系統が70.1%、BA.2系統が10.5%、 BA.4系統が2.0%、(いずれも亜系統を含む)と、引き続き世界的にBA.5系統が流行の主流となっており(WHO, 2022a)、日本国内でも2022年7月頃にBA.2系統からBA.5系統に置き換わりが進み、BA.5系統が主流となったのち、10月以降BQ.1系統(BA.5.3系統の亜系統)の占める割合が上昇傾向にある。また、国内外でオミクロンの亜系統間のさまざまな組換え体も報告されている。世界保健機関(WHO)は、これらのB.1.1.529系統とその亜系統および組換え体を全て含めて「オミクロン」と総称する一方、いくつかの亜系統や組換え体(BA.2.3.20、BA.4.6、BA.2.75、XBBの各系統および、BA.5系統にN450D変異もしくはR346/K444/V445/N460のいずれかの箇所に変異を有するもの)を「監視下のオミクロンの亜系統(Omicron subvariants under monitoring)」としている。
  • 　　BQ.1系統、XBB系統(BJ.1系統(BA.2.10系統の亜系統)とBM.1.1.1系統(BA.2.75.3系統の亜系統)の組換え体)をはじめ、特徴的なスパイクタンパク質の変異がみられ、ワクチン接種や感染免疫による中和抗体からの逃避や、感染者数増加の優位性が示唆される亜系統が複数報告されている。局所的に優位な増加をみせる亜系統も報告されているが、特定の変異株が世界的に優勢となる兆候は見られない。
  • 　　現時点では、オミクロンと総称される系統の中で、主に免疫逃避に寄与するがその他の形質は大きく変化していない変異株が生じていると考えられる。世界の人口の免疫状態や、介入施策も多様になる中で、変異株の性質が流行の動態に直接的に寄与する割合は低下していると考えられる。変異株の発生動向や病原性・毒力(virulence)、感染・伝播性、ワクチン・医薬品への抵抗性、臨床像等の形質の変化を継続して監視し、迅速にリスクと性質を評価し、それらに応じた介入施策が検討される必要がある。　

 

第22報からの変更点

  • 　　各変異株の国内外での発生状況の更新
  • 　　BQ.1系統、XBB系統に関する知見の更新

 

 

BA.5系統について

  • 　　BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカ共和国で検出された。以降BA.5系統は世界的に検出数が増加し、2022年42週(10月17日～23日)時点で BA.5系統とその亜系統が全世界で登録された株の74.5%を占め、主流となっている (WHO, 2022a)。
  • 　　国内では2022年6月以降、BA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進行した。BA.5系統は2022年第17週(4月18日～24日)に日本から初めてGISAIDに登録され、第27週(7月4日～10日)に50%を、第28週(7月11日～17日)に75%を、30週(7月25日～31日)に90%を超えた(covSPECTRUM, 2022)。国内民間検査機関2社に集められた週800検体のゲノム解析結果を用いたゲノムサーベイランスでも、2022年22週(5月23日～29日)に初めて検出されたのち、第27週に50%を、第28週に75%を、30週に90%を超えた(国立感染症研究所, 2022)。

 

BA.2.75系統、BA.4.6系統について

  • 　　12月1日時点でGISAIDに、BA.2.75系統が82か国から40,320件(BA.2.75系統の亜系統を含む)、BA.4.6系統が92か国から55,058件(BA.4.6系統の亜系統を含む)登録されている(covSPECTRUM, 2022)。日本では、12月7日時点で、BA.2.75系統が検疫で169件、国内で769件、BA.4.6系統が検疫で16件、国内で198件登録されている (GISAID, 2022)。BA.2.75系統はBA.2系統と比較して中和抗体からの逃避能が上昇しているとの報告もある(Cao Y. et al., 2022a) 。一方で、ワクチン接種による中和抗体からの逃避能は、BA.2系統と比較して同等、BA.4/BA.5系統に比して低いという報告もある (Shen X. et al., 2022)。BA.4.6系統はBA.4系統と比較して、中和抗体からの逃避能が上昇しているとの報告がある(Jian F et al., 2022)。BA.2.75系統はインド、BA.4.6系統は米国での検出状況からBA.2系統、BA.5系統に対する感染者数増加の優位性が示唆されたが、いずれの国においても9月以降、XBB系統やBQ.1系統への置き換わりが進んでいる(covSPECTRUM, 2022)。

 

オミクロンの新規亜系統の世界的な発生状況について

  • 　　世界各地でBA.2系統やBA.5系統を起源とする亜系統が多数発生し、それらの有するスパイクタンパク質の変異から、中和抗体からの逃避能の上昇が懸念されている。米国や欧州ではBQ.1系統や、CH.1.1系統(BA.2.75.3系統の亜系統)が、アジアではBQ.1系統やXBB系統、オセアニアではBQ.1.1系統、CH.1.1系統が、これまでに各地で主流となっている系統に比較して、感染者数増加の優位性を見せている(covSPECTRUM, 2022)。一方で、これらの系統の割合の上昇傾向は地域によって異なっており、オミクロンの中で特定の亜系統が世界的に優位となる傾向は現在みられない。
  • 　　これらの亜系統が有するスパイクタンパク質における変異はR346、K444、V445、G446、N450、L452、N460、F486、F490、R493といった共通の部位に集中する傾向がみられており、ウイルスの収斂進化が起きているとの指摘がある(Cao Y, 2022b)。BA.5系統に比較して、BQ1.1系統、BM.1.1.1系統などは中和抗体からの逃避能が高く、特に比較された中ではXBB系統が最も逃避能が高いことが示唆されている(Cao. Y, 2022b)。ただし、査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。また、これらの亜系統に関して重症度の上昇など、逃避能以外の形質が大きく変化しているという知見はない。スパイクタンパク質の主要箇所の変異が多いほど感染者数増加の優位性が高まるとの指摘もあり、BQ.1.1系統とXBB系統は特に感染者数増加の優位性が高い系統と指摘する専門家もいる(Wensleers T, 2022)が、世界の人口の免疫状態や、介入施策も多様になる中で、変異株の性質が流行の動態に直接的に寄与する割合は低下していることが考えられる。
  • 　　これらの系統について、WHOはBA.2.3.20、BA.4.6、BA.2.75、BJ.1、XBBの各系統および、BA.5系統にN450D変異もしくはR346/K444/V445/N460のいずれかの箇所に変異を有するものを「Omicron subvariants under monitoring」に指定している。欧州疾病予防対策センター(ECDC)は、 BA.2.75系統、BQ.1系統、XBB系統を「Variants of interest」、BA.2.3.20系統、BF.7系統を「Variants under monitoring」に指定している。英国健康安全保障庁(UKHSA)は、BA.2.12.1系統、BA.2.75系統、BA.4.6系統、XE系統、BQ.1系統、XBB系統を「Variants」、BA.2.75.2系統、BQ.1.1系統、BA.5.2.35系統、BN.1系統、BA.2.3.20系統を「Signals in monitoring」に指定している(ECDC, 2022a、WHO, 2022b、UKHSA, 2022)。
  • 　　また、オミクロンとデルタの組換え体である、XBC系統についても、ECDCは「Variants under monitoring」、UKHSAは「Signals in monitoring」に指定している(ECDC, 2022a、UKHSA, 2022)。

　BQ.1系統について

  • 　　2022年9月にBA.5.3系統の亜系統であるBQ.1系統がナイジェリアから報告され、またBQ.1系統にR346T変異が追加されたBQ.1.1系統などBQ.1系統の亜系統も報告されている(Cov-lineages.org, 2022)。 BQ.1系統とその亜系統(以下BQ.1系統)は12月1日時点で、GISAIDに欧米を中心に85か国から74,590件が登録されている(covSPECTRUM, 2022)。2022年第46週時点で、BQ.1系統は全世界で検出された株の36.2%を占め、割合は上昇傾向が続いている(WHO, 2022a)。米国では8月以降BQ.1系統の占める割合が上昇し2022年46週(11月13日～19日)には43%を占め、今後もBQ.1系統が占める割合が上昇することが見込まれている。一方で、感染者数は8月以降減少し、10月以降おおむね横ばいで経過している(CDC, 2022a)。欧州では9月末頃から一部の国でBQ.1系統の占める割合が上昇し、スペイン、アイルランド、ポルトガル、フランス、ルクセンブルク、アイスランド、ベルギーでは2022年45週頃にはBQ.1系統が主流となっている。一方で、いずれの国も感染者数は 9月から10月頃を境に減少に転じており、その後フランスのみ11月中旬以降再度増加傾向にある。また、フランスを含めいずれの国も死亡者数の増加は見られない(ECDC, 2022b、Our World in Data, 2022)。日本では、12月7日時点でBQ.1系統が検疫で37件、国内で680件検出されており(GISAID, 2022)、民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスでも、第43週(10月24日～30日)には1.4%であったが、第46週(11月14日～20日)には6.3%と割合が上昇しており(国立感染症研究所, 2022b、国立感染症研究所, 2022c)、第50週(12月5日～11日)においては34%を占めると推定されている(国立感染症研究所, 2022d)。
  • 　　BQ.1系統はBA.5系統から、スパイクタンパク質にK444T、N460K変異を獲得しており、中和抗体からの逃避能が上昇する可能性が示唆されている。また、実験的にも中和抗体からの逃避能が高いことが示唆されている(Cao Y. et al., 2022b) 。一方で、ハムスターを用いた動物実験では、BQ.1.1系統の病原性はBA.5系統と同等またはより低かった(Ito J. et al., 2022)。ただし、いずれも査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。感染者数増加の優位性もBA.5系統などと比較して高い可能性があるものの、ヒトにおける重症度の上昇を示唆する疫学的な所見はない (WHO, 2022c)。従来株、オミクロン対応2価の両ワクチンの感染予防効果が低下する可能性が示唆されている(Kurhade C. et al.,2022)一方で、オミクロン対応2価ワクチンは従来株ワクチンよりもBQ.1系統に対する免疫原性が高い可能性が示唆されている(Zou J. et al., 2022)。また、ワクチンの重症化予防効果には影響がないと予測されている (WHO, 2022c)。ただし、治療薬やワクチンの有効性について、疫学的な評価はされていない。今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

　XBB系統について

  • 　　2022年9月にシンガポールや米国からBJ.1系統(BA.2.10系統の亜系統)とBM.1.1.1系統(BA.2.75.3系統の亜系統)の組換え体であるXBB系統が報告され、その後遡ってインドから8月に検出された検体の登録がされている。12月1日時点で、GISAIDに66か国から9,875件が登録されており、インド、バングラデシュ、シンガポールなどアジア各国のほか、米国、英国、オーストラリアなどから多く登録されている(covSPECTRUM, 2022)。2022年第46週時点で、XBB系統とその亜系統(以下XBB系統)は全世界で検出された株の5.0%を占め、前週から割合が上昇している(WHO, 2022a)。シンガポールにおいては、9月末からXBB系統の占める割合が上昇したが、10月中旬以降下降し、同時期よりBQ.1系統の占める割合が上昇傾向にある(outbreak. info, 2022)。感染者数、入院者数は10月に増加した一方で、重症者数は横ばいであり、10月後半以降シンガポールの感染者数は減少傾向にある。インドとバングラデシュではXBB系統が主流となっているが、感染者数の増加は見られていない(outbreak. info, 2022、Our World in Data, 2022)。日本では12月7日時点でXBB系統が検疫で27件、国内で94件検出されており(GISAID, 2022)、民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスでは、第43週(10月24日～30日)は0.25%、第46週(11月14日～20日)は0.39%とおおむね横ばいで推移しており(国立感染症研究所, 2022b、国立感染症研究所, 2022c)、第50週(12月5日～11日)においては2%を占めると推定されている(国立感染症研究所, 2022d)。検疫での検体陽性者の滞在国は大部分が南アジア、東南アジアであり、世界的な検出状況を反映しているものと考えられる。
  • 　　XBB系統はスパイクタンパク質の受容体結合部位中のR346T、N460K、F486Sなどのアミノ酸変異を有し、中和抗体からの逃避能が上昇する可能性が示唆されている。また、実験的にも中和抗体からの逃避能が高いこと(Cao Y. et al., 2022b)や、従来株、オミクロン対応2価の両ワクチンの感染予防効果が低下する可能性が示唆されている(Kurhade C. et al.,2022)一方で、オミクロン対応2価ワクチンは従来株ワクチンよりも免疫原性が高い可能性が示唆されている(Zou J. et al., 2022)。ただし、いずれも査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。また、感染者数増加の優位性もBA.2.75系統やBA.4.6系統と比較して高い可能性があるものの、XBB系統が占める割合の上昇と感染者数の増加との明確な関連性はなく、臨床的な所見からは、重症度の上昇は示唆されていない(WHO, 2022c)。再感染のリスクが高まる可能性も示唆されているが、オミクロン既感染者の再感染についての証拠はない(WHO, 2022c)。また、治療薬やワクチンの有効性について、疫学的な評価はされていない。国内外での報告数が少ないことから、今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

　BS.1系統について

  • 　　検疫において、2022年8月下旬に日本に到着した入国者3名の陽性検体から、BA.2.3.2系統(BA.2系統の亜系統)が起源と考えられるが、これまでに報告のない変異を有するウイルスが検出され、BS.1系統と命名された(GitHub, 2022)。当該3名の陽性者の行動歴にはいずれもベトナムへの渡航があったが到着日および到着空港は異なっており、明らかな疫学リンクは確認できない。また、BS.1系統に変異が加わったBS.1.1系統、BS.1.2系統が報告されている(Cov-lineages.org, 2022)。12月7日時点でBS.1系統(亜系統を含む)は検疫で39件、国内で42件の報告がある(GISAID, 2022)。また、12月1日時点で日本以外にオーストラリア、ベトナム、韓国など計24か国からGISAIDに323件が登録されている(covSPECTRUM, 2022)。
  • 　　BS.1系統はBA.2.3.2系統の有する変異に加え、スパイクタンパク質に3つのアミノ酸の挿入、Y144欠失、R346T、L452R、N460R、G476S、R493Q (reversion)およびS640Fの特異的変異を有している。これらスパイクタンパク質の変異による抗体結合部位への構造の影響に伴い、中和抗体からの逃避能の上昇が示唆される。また、ORF6に27266〜27300欠失によるフレームシフトが認められることから、自然免疫応答への影響が示唆される。ただし、国内外での報告数が少ないことから、感染者数増加の優位性、重症度、治療薬やワクチンの有効性への影響についての明らかな知見はなく、今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

 

参考 主な変異株の各国における位置付け（2022 年 12月12日時点）

系統名

感染研

WHO*

ECDC

UKHSA

CDC

B.1.1.529系統

 (オミクロン)

VOC

currently circulating VOC

※BA.5(+R346X or +K444X or +V445X or +N450D or  +N460X), BA.2.75, BA.4.6, XBB, BA.2.3.20: Omicron subvariants under monitoring

VOC

※BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2.75, BQ.1, XBB: VOI

BA.2.3.20, BF.7, XBC注1): VUM

BA.1, BA.3, BA.2+L452X, XAK、B.1.1.529+R346X, B.1.1.259+K444X,N460X, B.1.1.529+N460X,F490X: de-escalated variant

VOC

※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5:  VOC

BA2.12.1, BA.2.75, BA.4.6, XE, BQ.1, XBB: Variants
BA.2.75.2,  BQ.1.1, BA.5.2.35, BN.1,  XBC注1): signals in monitoring

VOC


VOC: variant of concern（懸念される変異株）、Omicron subvariants under monitoring（監視下のオミクロンの亜系統）、VOI: variant of interest (注目すべき変異株)、VUM: variant under monitoring（監視下の変異株）、de-escalated variants（警戒解除した変異株）、signals in monitoring (監視中のシグナル)


注1)オミクロンとデルタの組換え体

 

 

　引用文献

 

注意事項

  • 　　迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

 

更新履歴

第 23 報 2022/12/16  9:00時点

第 22 報 2022/11/18  9:00時点

第 21 報 2022/10/21  9:00時点

第 20 報 2022/09/08  9:00時点

第 19 報 2022/07/27  9:00時点

第 18 報 2022/07/01  9:00時点

第 17 報 2022/06/03  9:00時点

第 16 報 2022/04/26  9:00時点

第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更

          「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」

第 14 報 2021/10/28  12:00 時点

第 13 報 2021/08/28  12:00 時点

第 12 報 2021/07/31  12:00 時点

第 11 報 2021/07/17  12:00 時点

第 10 報 2021/07/06  18:00 時点

第  ９報 2021/06/11 10:00 時点

第  ８報 2021/04/06 17:00 時点

第  ７報 2021/03/03 14:00 時点

第  ６報 2021/02/12 18:00 時点

第  ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更

「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」

第  ４報 2021/01/02 15:00 時点

第  ３報 2020/12/28 14:00 時点

第  ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更

「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」

第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」

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