国立感染症研究所

国立感染症研究所
2021年8月28日12:00時点

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【B.1.617.2系統の変異株(デルタ株)】

デルタ株の分類について
  • B.1.617.2系統は、Pango系統でさらに細かく分類するためにAY系統が新たに作られ、現時点でAY.1~AY.28に分類されているが、ウイルスの生物学的な特徴の変化と関連して分類されているわけではない。これらの系統も現時点では“デルタ株”と分類されている(1)。
ブレイクスルー感染者(ワクチン既接種における感染者)からの感染伝播性について
  • デルタ株に対しては、重症化予防の効果は変わらないものの、感染及び発症予防効果については従来株と比較して若干減弱している可能性が指摘されている()。ただし、ワクチンの導入が先行した欧米やイスラエルにおける知見であることから、免疫の減衰や感染対策の緩和などウイルスの持つ特徴以外の複合的な要因もあると考えられる。さらに、デルタ株については、ワクチン既接種者が感染した際に排出するウイルス量に関する複数の報告があり、下記の通り、ワクチン既接種者の感染者も二次感染の原因となりうることが指摘されている。
    • 米国マサチューセッツ州のアウトブレイク報告において、感染者について、規定回数のワクチン接種完了後14日以上経過した者とそれ以外の者でCt値が同程度であったことが報告されている(2)。このアウトブレイクでは、ゲノム解析を行なった検体の中でのデルタ株の割合が90%だった。
    • デルタ株の割合が69%から95%に上昇していた米国ウィスコンシン州での感染者について、PCR診断検体中のCt値を、ワクチン既接種者と未接種者で比較したところ、Ct値25以下の割合は同程度だった。また、ワクチン既接種者と未接種者いずれにおいても低Ct値のサンプルから感染性ウイルスが分離されたことが報告されている(3)。
    • 米国テキサス州の調査でも、デルタ株感染者において、ワクチン既接種者と未接種者で同等のCt値が得られたとの報告がある(4)。
    • 米国カリフォルニア州の調査でも、デルタ株が主流となった時に、上記と同様の報告がある(5)。
    • シンガポールの研究でも同様に、デルタ株感染者においてワクチン既接種者と未接種者で同等のCt値が得られたが、ウイルスRNA量は既接種者においてより早く減少したとの報告がある(6) 。
    • デルタ株の割合がほとんどを占めていたオランダでの医療従事者におけるブレイクスルー感染者の研究では、ワクチン既接種者(主にデルタ株感染)と未接種者(主に既存株感染)で同等のCt値が得られたが、ウイルス分離の陽性率は既接種者で低下していたことを報告した (7)。
  • 以上の知見は、ブレイクスルー感染があり得ること、ブレイクスルー感染者が(ウイルスを排出する期間が短くなり未接種者に比べ相対的にリスクは低下している可能性はあるものの)二次感染を引き起こし得ることを示している。ワクチン既接種者は未接種者に比べてデルタ株に感染するリスク、感染し発症するリスクは低下しているものの、感染者数が多い状況では、ワクチン既接種者も場面に応じた基本的な感染防止対策の継続が必要であると考えられる。

【VOCs(懸念すべき変異株)の日本での状況】

  • 厚生労働省のまとめによると、L452R変異株スクリーニング検査の陽性割合は全国で85%である(8/9-8/15の速報値)(8)。国立感染症研究所および地方衛生研究所等における全ゲノム解析により確認されたB.1.617.2系統等*の変異株(デルタ株)は国内11,864例であった(2021年8月23日時点)(9)。*AY.1等を含む
  • 国立感染症研究所感染症疫学センターの解析(2021年8月23日時点)では、SARS-CoV-2陽性検体に占めるL452R変異を有する検体の割合は、東京・埼玉・千葉・神奈川で99%、大阪・京都・兵庫で96%と推定されている(10)。
  • ウイルスの全ゲノム解析は国内症例全体の5~10% (註:患者報告から検体輸送やゲノム情報解析まで数週間かかるため、解析割合としては過少評価である)について行われている。 参考)国内のゲノム確定数 65,345検体(2021年8月23日時点)。
  • 医療機関からのG446V変異に関する照会を受けて、国立感染症研究所で分子疫学調査を実施したところ、国内では41検体、検疫では4検体が確認された。
  • わが国では、5月19日に海外から日本へ渡航した陽性者からG446V変異を有するデルタ株が初めて検出されているが、この検体は全てのゲノム領域が確定していなかったため、GISAID登録は行っていない。最初にわが国からGISAID登録された検体は、6月23日に海外から日本へ渡航した陽性者から採取された全てのゲノム領域が確定した検体である。
  • また、国内で検出されたG446V変異を有するデルタ株の41検体のうち、33検体は東京2020オリンピック・パラリンピック競技大会の関係者から検出された。他方、残りの8検体は、同大会関係者の検体からではなく、同大会関係者で検出されたものとは明らかに異なる系譜のウイルスだったことから、同大会関係者との疫学的関係性はないと考えられる。
  • G446V変異は複数のモノクローナル抗体の親和性に影響を与える可能性があるが、抗体医薬(中和抗体薬)への臨床的な影響についてはわかっていない。
  • 現時点では国内で検出されたG446V変異を有するデルタ株について、これらを起点とした感染が国内でさらに拡がっていることを示す検体は検出されていないが、引き続き注視していく。
  • 国立感染症研究所ではB.1.1.7系統(アルファ株)、B.1.351系統(ベータ株)、P.1系統(ガンマ株)、B.1.617.2系統(デルタ株)のウイルス分離・培養に成功している。

国立感染症研究所では、国内でのVOCs/VOIsの検出状況については、感染症発生動向調査感染週報(IDWR; https://www.niid.go.jp/niid/ja/idwr.html)にて報告しているので参考にされたい。また、懸念される変異株(VOCs)に対するワクチンの有効性については、新型コロナワクチンについて (2021年8月5日現在)(https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/2484-idsc/10569-covid19-53.html)にて報告しているので同様に参考にされたい。

【その他の変異株】

  • C.37系統の変異株(ラムダ株)は、 WHOはVOI、英国PHEは調査中の変異株(VUI: Variant Under Investigation)(11)、欧州CDCはVOIに位置付けている(12)。
  • ラムダ株については、検疫で2021年7月20日に到着した者から1例、8月12日に到着した者から2例が検出されている。いずれもペルーからの渡航者だった。国内ではラムダ株は検出されていない。
  • ラムダ株は、南米地域のいくつかの国(ペルー、チリ、エクアドル)では、国際ゲノムデータベースGISAIDに登録された情報に基づくと、比較的多くの割合(16~26%)を占めている(outbreak.info、2021年8月28日12時時点、直近60日間における割合)が、いずれの国においてもその割合は増加傾向にはなく、世界的な拡大傾向は認められない。ペルー及びチリにおいては、デルタ株の占める割合が低く、ガンマ株とラムダ株の割合が拮抗しているが、ラムダ株が増加傾向にはない。ガンマ株が主体であったブラジルにおいては、デルタ株による置換が進行している。感染・伝播性が非常に高いデルタ株がガンマ株に対して優勢である現状において、ラムダ株がそれを上回る感染・伝播性があることは現状では考えにくい。また、南米以外では、メキシコ、スペイン、ドイツ、米国で100例以上のラムダ株を検出しているが、いずれの国でも全体の1%にも満たず、現在はデルタ株がほとんどを占めている状況にある。
  • また、ラムダ株は、検疫で未だ3例しか認められておらず、ペルー、チリ及びエクアドルからの渡航者も少ないことから、輸入リスクは非常に限られると想定される。
  • 以上の状況から、国立感染症研究所では、現状において、ラムダ株が国内で拡大するリスクは非常に低く、現時点では国内でVOCs/VOIsに位置付ける必要性はないと考えている。

引用文献 (3,4,6,7は査読前のプレプリント論文である)

  1. New AY lineages and an update to AY.4-Ay.12. 27 August 2021. https://www.pango.network/new-ay-lineages-and-an-update-to-ay-4-ay-12/
  2. Brown, C. M. et al. Outbreak of SARS-CoV-2 Infections, Including COVID-19 Vaccine Break-through Infections, Associated with Large Public Gatherings — Barnstable County, Massachusetts, July 2021. MMWR Morb. Mortal. Wkly. Rep. 70 1059–1062. 2021.
  3. Riemersma, K. K. et al. Shedding of Infectious SARS-CoV-2 Despite Vaccination. medRxiv. https://doi.org/10.1101/2021.07.31.21261387. 2021.
  4. Musser, J. M. et al. Delta variants of SARS-CoV-2 cause significantly increased vaccine break-through COVID-19 cases in Houston, Texas. medRxiv. https://doi.org/10.1101/2021.07.19.21260808. 2021.
  5. Griffin, JB, et al. SARS-CoV-2 Infections and Hospitalizations Among Persons Aged ≥16 Years, by Vaccination Status — Los Angeles County, California, May 1–July 25, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:1170–1176. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm7034e5.
  6. Chia, P. Y. et al. Virological and serological kinetics of SARS-CoV-2 Delta variant vaccine-breakthrough infections: a multi-center cohort study. medRxiv. https://doi.org/10.1101/2021.07.28.21261295. 2021.
  7. Shamier, MC, et al. Virological characteristics of SARS-CoV-2 vaccine breakthrough infection in health care workers. medRxiv. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1. 2021.
  8. 第49回厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード資料. 新型コロナウイルス感染症(変異株)への対応等. 令和3年8月25日.
  9. 厚生労働省/国立感染症研究所. 感染症週報(IDWR). 2021年第32週. 23巻第32号.
  10. 第49回厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード資料3-2. 令和3年8月25日.
  11. Public Health England. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in Eng-land. 20 August 2021.
  12. European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 26 August 2021. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.

注意事項

  • 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

更新履歴

第13報 2021/08/28 12:00 時点  
第12報 2021/07/31 12:00 時点  
第11報 2021/07/17 12:00 時点  
第10報 2021/07/06 18:00時点  
第9報 2021/6/11 10:00時点  
第8報 2021/04/06 17:00時点  
第7報 2021/03/03 14:00時点  
第6報 2021/02/12 18:00時点  
第5報 2021/01/25 18:00時点 注)タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されるSARS-CoV-2の新規変異株について」
第4報 2021/01/02 15:00時点  
第3報 2020/12/28 14:00時点  
第2報 2020/12/25 20:00時点 注)第1報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念されるSARS-CoV-2新規変異株について」
第1報 2020/12/22 16:00時点 「英国における新規変異株 (VUI-202012/01)の検出について」

参考情報

懸念される変異株(VOCs)/注目すべき変異株(VOIs)の分類

第7・8報で示した通り、感染研では、変異株の分類についてはWHOの暫定定義を準用し、国内の流行状況を加味して「懸念される変異株(VOCs)」と「注目すべき変異株(VOIs)」に分類してきた。現状の分類を以下に示す。

変異株の分類と呼称

分類 (WHO) 分類 (感染研) WHO の呼称 Pango系統 GISAID クレード Nextstrain クレード
VOC アルファα B.1.1.7   ほか全ての
Q.系統を含む
GRY 20I(V1)  
ベータ β B.1.351   B.1.351.2 B.1.351.3 GH/501Y.V2   20H(V2)  
ガンマ γ P.1   P.1.1 P.1.2 GR/501Y.V3   20J(V3)  
デルタ δ B.1.617.2   ほか全ての
AY.系統を含む
G/478K.V1   21A  
VOI イータ η B.1.525   G/484K.V3   21D  
イオタ ι B.1.526    GH/253G.V1 21F 
VOI   カッパ κ B.1.617.1 G/452R.V3 21B
ラムダ λ C.37 GR/452Q.V1 21G
Alerts for Further Monitoring1) (VOI)   (イプシロンε) B.1.427/B.1.429 GH/452R.V1   21C  
(VOI)   R.1 GR -
  1. 感染研でVOCs/VOIsに位置付けていた、またはWHOがギリシャ文字の呼称をつけた変異株(variant)のみを記載。WHOの分類では上記の他にB.1.466.2、B.1.621、B.1.1.318、B.1.1.519、C.36.3、B.1.214.2、B.1.1.523、B.1.619、B.1.620系統が同分類に位置付けられている。

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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