2006年のIASR結核特集（IASR 27: 255-256, 2006）以降, 結核菌分子疫学実施のための体制整備が進んできた。2011年改正の結核に関する特定感染症予防指針（以下, 「予防指針」 という）の中に「分子疫学調査の積極的実施」が盛り込まれたことは, これまで研究的側面が強かった分子疫学解析を, 自治体における結核対策に活用するよう導いた点において意義深い。また, 2016年改正の予防指針では「都道府県等による結核菌の全株収集」が目標として掲げられた。これは, 各自治体における分子疫学実施体制が整いつつあること, および日本の結核罹患率が漸減傾向であること（患者由来結核菌の総数が減少傾向にあること）を踏まえての改正と考えられる。現状では全株収集は困難な自治体が多いと想定されるものの, 2017年に示された「結核菌病原体サーベイランスの実践（総説）」および「結核分子疫学調査の手引き（以下, 「手引き」という）」（いずれも結核研究所ホームページから入手可能）を参考にすることで, 今後, 各自治体における結核菌分子疫学実施体制の整備が加速度的に進んでいくことが期待される。