真菌部は、真菌症の研究と真菌レファンレンス業務を行っています。主要な研究対象疾患は、二大深在性真菌症であるカンジダ症とアスペルギルス症、健常者にも発症するクリプトコックス症やヒストプラスマ症などです。これらの真菌感染症の病態解明を目的として、真菌の組織侵襲や増殖等に関与する分子の検索と機能解析、生体側の真菌認識や炎症惹起に関与する分子の同定等の研究を行っています。また、抗菌化学療法の研究も行っており、創薬と薬剤耐性克服を目的として新規物質の生物活性評価やバイオインフォマティクスに立脚した天然新規物質の生合成系構築等の研究を推進しています。
真菌部は平成25年4月1日より発足しました。