発生動向調査年別一覧（全数把握）
新型インフルエンザ等感染症および指定感染症 （全数）１．2021年は2022年10月8日現在報告数。
２．対象感染症の類型および名称は2021年12月31日現在。「感染症法における感染症の分類」
３．1999年の報告数は1999年4月からの報告数である。
４．■ 部分の数値は2003年7月14日からの報告数である。
５．■ 部分の数値は2006年6月12日からの報告数である。
６．■ 部分の数値は2008年5月12日からの報告数である。
７．■ 部分の数値は2013年5月6日からの報告数である。
８．■ 部分の数値は2014年7月26日からの報告数である。
９．■は2020年2月1日から開始された。
１０．■ は2021年2月13日から開始された。
１１．の区切りについては2021年診断週を参照。
１２．2022年は年報集計前につき、病型別になっていないがIDWR 2022年第51,52合併号に掲載している52週のデータ
≪https://www.niid.go.jp/niid/images/idsc/idwr/IDWR2022/idwr2022-51-52.pdf≫を参照 （2023年1月5日現在報告数）。
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新型インフルエンザ等感染症＊
| 西暦 | 元 号 | 新型インフルエンザ** | 再興型インフルエンザ | 新型コロナウウイルス 感染症*** |
再興型コロナウイルス 感染症 |
| 08 | 平成20 | 0 | 0 | ... | ... |
| 09 | 21 | 12,654 | 0 | ... | ... |
| 10 | 22 | 0 | 0 | ... | ... |
| 11 | 23 | 0 | 0 | ... | ... |
| 12 | 24 | 0 | 0 | ... | ... |
| 13 | 25 | 0 | 0 | ... | ... |
| 14 | 26 | 0 | 0 | ... | ... |
| 15 | 27 | 0 | 0 | ... | ... |
| 16 | 28 | 0 | 0 | ... | ... |
| 17 | 29 | 0 | 0 | ... | ... |
| 18 | 30 | 0 | 0 | ... | ... |
| 19 | 令和元 | 0 | 0 | ... | ... |
| 20 | 2 | 0 | 0 | ... | ... |
| 21 | 3 | 0 | 0 | ********* | ********* |
*2008年5月12日より、新型インフルエンザ等感染症が追加された。
**2009年8月25日より、新型インフルエンザ（A/H1N1)は定点把握疾患のインフルエンザに変更された。
***2021年2月13日より新型コロナウイルス感染症は指定感染症から新型インフルエンザ等感染症に変更され、新型コロナウイルス感染症と再興型コロナウイルス感染症となった。但し本年報では集計対象外とした。
指定感染症
| 西暦 | 元号 | 重症急性呼吸器症候群＊ |
| 03 | 平成15 | 0 |
*2003年7月14日より、重症急性呼吸器症候群（病原体がSARSコロナウイルスであるものに限る。）は指定感染症になり、2003年11月5日より、一類感染症に変更された。
また2007年4月1日より、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る。）となり、二類感染症に変更された。
| 西暦 | 元号 | インフルエンザ（H5N1）＊ |
| 06 | 平成18 | 0 |
| 07 | 19 | 0 |
| 08 | 20 | 0 |
*2006年6月12日より、インフルエンザ(H5N1)は指定感染症になり、2008年5月12日より、ニ類感染症の鳥インフルエンザ(H5N1)に変更された。
| 西暦 | 元号 | 鳥インフルエンザ（H7N9）＊ |
| 13 | 平成25 | 0 |
| 14 | 26 | 0 |
| 15 | 27 | 0 |
*2013年5月6日より、鳥インフルエンザ（H7N9）は指定感染症になり、2015年1月21日より、二類感染症に変更された。
| 西暦 | 元号 | 中東呼吸器症候群＊ |
| 14 | 平成26 | 0 |
| 15 | 27 | 0 |
*2014年7月26日より、中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。）は指定感染症になり、2015年1月21日より、二類感染症に変更された。
| 西暦 | 元号 | 新型コロナウイルス感染症** |
| 20 | 令和2 | *********** |
| 21 | 3 | *********** |
**2020年2月1日より、新型コロナウイルス感染症（病原体がベータコロナウイルス属のコロナウイルス（令和2年１月に、中華人民共和国から世界保健機関に対して、人に伝染する能力を有することが新たに報告されたものに限る。）であることに限る。）は指定感染症になった。
また、2021年2月13日より、指定感染症から新型インフルエンザ等感染症に変更された。但し、本年報では集計対象外とした。
