National genomic surveillance integrating standardized quantitative susceptibility testing clarifies antimicrobial resistance in Enterobacterales
Kayama S, Yahara K, Sugawara Y, Kawakami S, Kondo K, Zuo H, Kutsuno S, Kitamura N, Hirabayashi A, Kajihara T, Kurosu H, Yu L, Suzuki M, Hisatsune J, Sugai M
Nat Commun. 2023 Dec 5;14(1):8046.
doi: 10.1038/s41467-023-43516-4.
日本全国を対象とした薬剤耐性菌のサーベイランスとして厚生労働省院内感染対策サーベイランス事業JANISがある。JANISは3,000以上の参加医療施設で分離された細菌の薬剤感受性データを集計しているが耐性菌の遺伝情報を得ることはできない。そこで、日本における薬剤耐性菌の実態をゲノムレベルで明らかにすることを目的として、JANISにリンクして耐性菌を収集する日本初の全国ゲノムサーベイランスを実施した。その結果、4,195株のゲノム情報と、統一規格にて再測定されたMIC値を公開した。この研究により、大腸菌、肺炎桿菌の第三世代セファロスポリン耐性メカニズムの完全な分類が可能となり、その過程で各blaCTX-MやAmpC β-ラクタマーゼを保有するプラスミドの特徴を明らかにした。また、3つの主要なカルバペネマーゼ遺伝子をコードする183個の完全長プラスミド塩基配列を解析し、レプリコンの種類、菌種の関係を明らかにすると共に、その地理的分布についての洞察が得られた。この研究は、抗菌薬耐性のより深い理解を得る上で今後の世界標準となる指標を示すと共に、薬剤耐性菌の脅威と戦うための戦略開発に貴重な情報を提供した。
本研究は、独立行政法人 日本医療研究開発機構（AMED）の「新興・再興感染症研究プログラム」（助成番号：JP23fk0108604）の支援を受けて実施された。
