動物管理室は「実験動物の使用及び保管並びに苦痛の軽減に関する基準」に則った動物実験施設の適正な維持管理と生物学的製剤の国家検定・検査及び各種研究に用いる実験動物の飼育管理を行っている。また、飼育されているマウス、モルモット、ウサギの微生物学的品質を確認するために、定期的微生物検査を行っている。その他、動物実験に関する教育訓練を担当している。研究はヒト感染症の動物モデルを用いた研究、実験動物の感染症に関する基礎・応用研究を行っている。