人に感染するコロナウイルス(Human coronavirus:HCoV)には、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の原因ウイルスであるSARS-CoV-2以外に、主に小児が冬季にかかる風邪の原因ウイルスであるHCoV-NL63(以下NL63)、HCoV-OC43(同OC43)、HCoV-HKU1(同HKU1)、HCoV-229E(同229E)がある(以下、4種を総称してcommon HCoV:cHCoVとする)。また、日本での報告はないが致命率の高い中東呼吸器症候群ウイルス(Middle East respiratory syndrome coronavirus: MERS-CoV)や2002年に発生したが2004年以降報告のない重症呼吸器症候群ウイルス(Severe acute respiratory syndrome coronavirus: SARS-CoV)がある。
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横浜市衛生研究所では, 2013(平成25)年度からポリオ環境水サーベイランスを調査研究として実施し, 2020(令和2)年度で8年目となる。本報告はポリオ環境水サーベイランスで実施した流入下水濃縮検体を利用したSARS-CoV-2の遺伝子検査の結果である。
注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。
新型コロナウイルス感染症は、2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認された。世界保健機関(WHO)は、2020年1月30日、新型コロナウイルス感染症について、「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)」を宣言した。その後、世界的な感染拡大の状況、重症度等から3月11日新型コロナウイルス感染症をパンデミック(世界的な大流行)とみなせると表明した。
2020年6月10日12時現在、感染者数(死亡者数)は、世界で7,318,329例(415,097例)、205カ国・地域に広がった。感染者数が5万例を超えたとして報告のあった国は23カ国あり、米国1,999,552例(112,895例)、ブラジル772,416例(39,680例)、ロシア493,023例(6,350例)、英国290,143例(41,128例)、インド276,583例(7,745例)、スペイン242,280例(27,136例)、イタリア235,763例(34,114例)、ペルー207,794例(5,862例)、ドイツ186,522例(8,752例)、イラン177,938例(8,506例)、トルコ173,036例(4,746例)、フランス155,136例(29,319例)、チリ148,456例(2,475例)、メキシコ129,184例(15,357例)、パキスタン113,702例(2,255例)、サウジアラビア112,288例(819例)、カナダ97,125例(7,960例)、中国83,057例(4,634例)、バングラデシュ74,865例(1,012例)、カタール73,595例(66例)、ベルギー59,569例(9,629例)、南アフリカ55,421例(1,162例)、ベラルーシ51,066例(282例)であった。
国内では、厚生労働省からの報道発表によると、2020年6月10日24時現在、新型コロナウイルス感染症のPCR検査陽性者17,292例、うち死亡者920例と報告されている。PCR検査実施人数は328,730例であった。また、2月3日に横浜港に到着したクルーズ船「ダイヤモンド・プリンセス号」については、6月10日24時現在、PCR検査陽性者712例、うち無症状病原体保有者331例、死亡者13例であった。なお、国内外の患者数等に関する情報は刻々と変わっていることに注意されたい。
本稿では、2020年2月1日に新型コロナウイルス感染症が指定感染症となった以降、第23週(2020年6月10日)までに感染症発生動向調査(NESID)へ届け出られた17,264例(患者15,286例、無症状病原体保有者1,947例、感染症死亡者の死体31例)(以下、症例という)に関する記述疫学を行う。なお、本症については、サーベイランスシステムが届出に対応可能となった以降に届け出られた情報のみ反映されていることから、国や自治体の報道発表情報と必ずしも一致しておらず、注意が必要である。すなわち、以後の情報はNESIDに届け出られた症例全体の内訳であり、また、自治体による確認が行われていない報告は含められていない。 |
注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。
新型コロナウイルス感染症は、2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認された。世界保健機関(WHO)は、2020年1月30日、新型コロナウイルス感染症について、「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)」を宣言した。その後、世界的な感染拡大の状況、重症度等から3月11日新型コロナウイルス感染症をパンデミック(世界的な大流行)とみなせると表明した。
2020年5月27日12時現在、感染者数(死亡者数)は、世界で5,538,685例(348,832例)、205カ国・地域に広がった。感染者数が5万例を超えたとして報告のあった国は19カ国あり、米国1,680,301例(98,875例)、ブラジル391,222例(24,512例)、ロシア361,838例(3,801例)、英国265,227例(37,048例)、スペイン236,259例(27,117例)、イタリア230,555例(32,955例)、ドイツ181,200例(8,372例)、トルコ158,762例(4,397例)、フランス145,555例(28,530例)、インド145,380例(4,167例)、イラン139,511例(7,508例)、ペルー129,751例(3,788例)、カナダ85,998例(6,566例)、中国82,993例(4,634例)、チリ77,961例(806例)、サウジアラビア76,726例(411例)、メキシコ71,105例(7,633例)、パキスタン57,705例(1,197例)、ベルギー57,455例(9,334例)であった。
国内では、厚生労働省からの報道発表によると、2020年5月27日0時現在、新型コロナウイルス感染症のPCR検査陽性者16,651例、うち死亡者858例と報告されている。PCR検査実施人数は278,642例であった。また、2月3日に横浜港に到着したクルーズ船「ダイヤモンド・プリンセス号」については、5月26日24時現在、PCR検査陽性者712例、うち無症状病原体保有者331例、死亡者13例であった。なお、国内外の患者数等に関する情報は刻々と変わっていることに注意されたい。
本稿では、2020年2月1日に新型コロナウイルス感染症が指定感染症となった以降、第21週(2020年5月27日)までに感染症発生動向調査(NESID)へ届け出られた16,386例(患者14,605例、無症状病原体保有者1,753例、感染症死亡者の死体28例)(以下、症例という)に関する記述疫学を行う。なお、本症については、サーベイランスシステムが届出に対応可能となった以降に届け出られた情報のみ反映されていることから、国や自治体の報道発表情報と必ずしも一致しておらず、注意が必要である。すなわち、以後の情報はNESIDに届け出られた症例全体の内訳であり、また、自治体による確認が行われていない報告は含められていない。 |
感染症サーベイランスにおいては、感染の有無を確認するための検査体制や検査へのアクセスの変化等によって、流行状況に変化がなくても探知される陽性数が変動することがある(サーベイランスバイアス)。例えば、検査キットの普及や検査の保険適応等によって、検査数が増加し、その影響で陽性数が増加することがある。よって、感染症の流行状況(以下、トレンド)をより適切に評価するためには、陽性数の推移だけではなく、検査数の推移をまず確認し、さらに陽性数を検査数で除した陽性割合(陽性率)の推移を把握することも重要である1, 2)。ただし、検査対象が異なる集団(例:スクリーニングか治療目的の医療機関受診か、外来加療中か入院加療中か等)を含む場合、検査対象の集団の構成割合が大きく変化する場合など、異なる集団全体を合算した場合はトレンドの評価は困難になる。このような場合、検査対象者の層別化によって、特定の性質を持った集団ごとに検査数、陽性数、陽性率の推移を観察することが重要である。
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(IASR Vol. 41 p86-87: 2020年5月号)
2020年4月12日12時時点で, 国内の新型コロナウイルス感染者は5日の3,271例から1週間でほぼ倍増(または前日から743例増加)し, 6,748例となっている。陽性者の把握までには, 有症状者あるいは濃厚接触者からの検体採取, 検査機関への検体搬送, PCR検査とその結果の確認, と多くの人が関与し, また陽性確定後には, 医療機関あるいは宿泊施設の手配と搬送, 濃厚接触者の同定と健康調査が行われる。多くの都道府県で, 夜間, 休日も返上した対応が行われているが, 日常業務に加え, 各所で発生する情報を正確に把握し, 更新すること, あるいは日々公表が求められる数字を算出すること, 近隣自治体間で情報を共有することなど, 一連の作業は相当な負荷を伴う。患者数の急増は, 行政機関における各種業務の逼迫も招いていることから, 効率的かつ正確に情報を把握・提供しつつ, 可能な限り業務を省力化する方策が望まれる。
(IASR Vol. 41 p87-88: 2020年5月号)
北海道庁は北海道大学大学院医学研究院公衆衛生学教室と連携して, 日常的に行政機関で用いられているMicrosoft®エクセルファイル形式で情報入力フォーマットを規定, さらにそこから必要な表を作成する集計用GUIアプリを開発し, 現在, 運用を行っている。このツールを用いることで, 自治体や保健所などで収集した新型コロナウイルス感染症情報に基づく“自動的かつ効率的な日々の業務に必要な数字”把握が可能となった(本号22ページ参照)。本稿においては, そのツールを用いた分析結果について紹介する。
続きを読む: 情報入力用ファイルと集計用GUIアプリを用いた日常業務内における新型コロナウイルス感染症情報の把握例の紹介
注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。
新型コロナウイルス感染症は、2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認された。世界保健機関(WHO)は、2020年1月30日、新型コロナウイルス感染症について、「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)」を宣言した。その後WHOは、世界的な感染拡大の状況、重症度等から3月11日新型コロナウイルス感染症をパンデミック(世界的な大流行)とみなせると表明した。
2020年5月13日12時現在、感染者数(死亡者数)は、世界で4,212,636例(290,463例)、204カ国・地域に広がった。感染者数が3万例を超えたとして報告のあった国は22カ国あり、それらは米国1,369,314例(82,340例)、ロシア231,912例(2,112例)、スペイン228,030例(26,920例)、英国226,463例(32,692例)、イタリア221,216例(30,911例)、ブラジル177,602例(12,404例)、ドイツ173,171例(7,738例)、トルコ141,475例(3,894例)、フランス140,227例(26,991例)、イラン110,767例(6,733例)、中国82,926例(4,633例)、ペルー72,059例(2,057例)、インド70,756例(2,293例)、カナダ70,342例(5,049例)、ベルギー53,779例(8,761例)、オランダ42,984例(5,510例)、サウジアラビア42,925例(264例)、メキシコ36,327例(3,573例)、パキスタン32,674例(724例)、チリ31,721例(335例)、スイス30,380例(1,542例)、エクアドル30,149例(2,327例)であった。
国内は、厚生労働省からの報道発表によると、2020年5月13日12時現在、新型コロナウイルス感染症のPCR検査陽性者16,024例、うち死亡者668例と報告されている。PCR検査実施人数は223,667例であった。また、2月3日に横浜港に到着したクルーズ船「ダイヤモンド・プリンセス号」については、5月12日24時現在、PCR検査陽性者712例、うち無症状病原体保有者331例、死亡者13例であった。なお、国内外の患者数等に関する情報は刻々と変わっていることに注意されたい。
本稿では、2020年2月1日に新型コロナウイルス感染症が指定感染症となった以降、第19週(2020年5月13日)までに感染症発生動向調査(NESID)へ届け出られた15,184例(患者13,525例、無症状病原体保有者1,634例、感染症死亡者の死体25例)(以下、症例という)に関する記述疫学を行う。なお、本症については、サーベイランスシステムが届出に対応可能となった以降に届け出られた情報のみ反映されていることから、国や自治体の報道発表情報と必ずしも一致しておらず、注意が必要である。すなわち、以後の情報はNESIDに届け出られた症例全体の内訳であり、また、自治体による確認が行われていない報告は含められていない。 |
本稿では、長崎県長崎市に停泊中で、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)のクラスター感染が確認されたクルーズ船「コスタ・アトランチカ」の検査結果と初期状況について情報還元する。現在も対応は継続しており、暫定的な中間報告である。
2020年2月に3711人の乗員乗客を乗せたダイヤモンドプリンセス号内で新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の集団発生が発生し、合計712人の患者が確認された。患者周囲の環境汚染の程度を確認し、感染伝播について推測するため、船内の環境調査を実施した。
船内の共有部分97か所と乗員乗客の49部屋490か所について、環境表面をスワブで拭い、検体を採取し、国立感染症研究所でRT-PCRにてSARS-CoV-2 RNAを検出した。乗員乗客の部屋は、患者が入っていた33部屋、患者が入っていなかった16部屋から各10か所(ライトスウィッチ、ドアノブ、トイレボタン、トイレ便座、トイレ床、椅子手すり、TVリモコン、電話機、机、枕)採取した。更に空気検体を7部屋14か所から採取した。RNAが検出された検体では、一度凍結した検体でウイルス分離を実施した。更にSARS-CoV-2 RNAが検出された7部屋の環境18か所について、凍結させない検体を採取しウイルス分離を実施した。
合計601か所(共有部分97か所、部屋490か所、空気14か所)から検体採取が行われ、58検体でSARS-CoV-2 RNAが検出された。共有部分では廊下排気口から1か所のみから検出された。患者の部屋は21部屋(64%)からの57検体(17%)で検出された。有症状患者が使用していた19部屋では10部屋(53%)から28検体(15%)、無症状患者しか使用していなかった13部屋では10部屋(77%)から28検体(21%)で検出されたが、これらに有意な差は認められなかった。各部屋での検出頻度は、浴室内トイレ床13か所(39%)、枕11か所(34%)、電話機8か所(24%)、机(24%)、TVリモコン7か所(21%)などであった。退室からRNA検出検体採取までの日数は、最長で17日であった。患者でない人の部屋からは検出されなかった。また、空気検体からの検出を認めなかった。SARS-CoV-2 RNAが検出された58検体全てで実施したウイルス分離ではウイルスは分離されず、再度採取した18検体についても分離されなかった。
COVID-19アウトブレイクが起きたダイヤモンドプリンセス号における環境調査から、患者周囲の環境がSARS-CoV-2にどのように汚染されるかが判明した。患者周囲では、トイレ周辺、机、電話機、TVリモコン等からよくSARS-CoV-2 RNAが検出され、接触伝播の可能性を考慮し、これらの物品は適切に清掃・消毒・洗濯すべきであると考えられた。また、患者周囲では症状の有無に関わらず環境が汚染されており、日常的な手指衛生が極めて重要であることが再確認された。空気伝播を示唆する証拠は得られなかったが、廊下天井排気口からSARS-CoV-2 RNAが検出されており、特殊な環境でウイルスが遠方まで浮遊する可能性について更なる検討が必要である。
注)机(8%)→ 机(24%)の誤りでした(2020年5月20日修正)。