2012/13シーズン（2012年第36週/9月～2013年第35週/8月）は当初よりAH3亜型が主に検出され、2012年第47週以降増加し始めた。年末年始は一旦減少したが、2013年第2週か ら再増加している（図１）。

2012年第36週～2013年第6週の累積では（図２）、AH1pdm09が20都道府県から49件、AH3亜型が45都道府県から1,599件（速報参照：横浜市）、B型はビクトリア系統株が13府県から52件（速報参照：長野県）、山形系統株が17府県から60件（速報参照：広島県）、系統不明株が11都府県から27件報告されている。

2013年第1～5週の５週間では（図３）、AH1pdm09が11府県から23件（大阪府4件、山形県、愛知県、兵庫県各3件、神奈川県、三重県、高知県各2件、宮城県、茨城県、長野県、島根県各1件）、AH3亜型が39都道府県から966件（神奈川県197件、茨城県71件、兵庫県63件、山形県57件、富山県43件、北海道40件、山口県33件、東京都32件、和歌山県31件、長野県、広島県各30件、福岡県27件、大分県26件など）、B型はビクトリア系統株が12府県から28件（滋賀県、大阪府、広島県各4件、愛知県、兵庫県各3件、長野県、和歌山県、高知県各2件、茨城県、静岡県、島根県、福岡県各1件）、山形系統株が16府県から43件（広島県13件、三重県7件、兵庫県5件、和歌山県3件、新潟県、富山県、大阪府各2件など）、系統不明株が7県から14件（沖縄県5件、神奈川県3件、広島県2件、福井県、奈良県、高知県、佐賀県各1件）報告されている。

このうち、輸入例からの検出報告はなかった。