2012/13シーズン（2012年第36週/9月～2013年第35週/8月）は当初よりAH3亜型が主に検出され、2012年第47週以降増加し始めた。年末年始は一旦減少したが、2013年第2週から再増加している（図１）。

2012年第36週～2013年第8週の累積では（図２）、AH1pdm09が24都道府県から55件、AH3亜型が47都道府県から2,422件（速報参照：横浜市）、B型はビクトリア系統株が15府県から82件（速報参照：長野県）、山形系統株が26都道府県から120件（速報参照：広島県）、系統不明株が18都府県から43件報告されている。

2013年第3～第7週の５週間では（図３）、AH1pdm09が11府県から17件（愛知県、大阪府各3件、兵庫県、鳥取県各2件、宮城県、山形県、茨城県、長野県、岐阜県、和歌山県、高知県各1件）、AH3亜型が42都道府県から1,201件（神奈川県197件、茨城県76件、和歌山県74件、山形県71件、兵庫県60件、北海道56件、長野県50件、福岡県49件、大阪府41件、広島県36件など）、B型はビクトリア系統株が11府県から48件（広島県11件、長野県、大阪府各7件、高知県6件、愛知県4件、兵庫県、和歌山県、熊本県各3件、岐阜県2件、島根県、福岡県各1件）、山形系統株が24都道府県から93件（広島県26件、三重県14件、神奈川県、新潟県、愛知県各5件、福井県、岐阜県、福岡県各4件、富山県、山梨県、兵庫県各3件、埼玉県、大阪府、和歌山県、山口県各2件など）、系統不明株が13都県から28件（兵庫県4件、東京都、神奈川県、鳥取県、広島県、沖縄県各3件、茨城県、和歌山県各2件など）報告されている。

このうち、輸入例からの検出報告はなかった。