研究所における総括的な業務を担当すると共に、研究推進のための支援部門として、試験研究業務が円滑に遂行出来るように、総務課、会計課、調整課、人事課、業務管理課及び施設管理課の 6課を置き管理運営を行っている。

また、当所発行のJapanese Journal of Infectious Diseasesの編集を行う他、感染症を中心としたウイルス学、細菌学、寄生虫学、病理学、免疫学、疫学等に関する蔵書を所蔵している図書室を設けている。