平成11年 4 月に施行された感染症法では、サーベイランスシステムの強化が示されている。同法に基づいた基本指針の中には患者発生状況サーベイランスと同様に病原体に関する情報の収集、分析及び提供と公開も必要であるとされている。その中には国立感染症研究所に中央感染症情報センターを、地方感染症情報センターを各都道府県等域内に1ヵ所設置することが述べられている。

感染症情報センター (IDSC) は、 平成9年度に感染症疫学部が発展解消され新たに国立感染症研究所内に設立された。その後、平成２５年に感染症疫学センターに改称された。令和２年の組織再編により、感染症疫学センターは、センターの企画管理を担当する３つの室（企画管理グループ）、サーベイランスを担当する４つの室（サーベイランスグループ）、予防接種を担当する４つの室（予防接種グループ）、疫学研究を担当する３つの室（疫学研究グループ）からなる１４室体制となった。

企画管理グループ

企画管理グループは、感染症疫学センターが行う業務、研究、研修の企画、調整に関すること、またサーベイランスに関する情報システムの開発とオープンデータ化、データシェアリングに関する業務と研究を行う。

企画管理室（第一室）

企画管理室では、感染症疫学センターが行う業務、研究、研修の企画、調整に関する業務、研究を行う。

システム開発室（第二室）

システム開発室では、サーベイランスを目的とする情報システムの開発と維持に関する業務、研究を行う。

オープンデータ推進室（第三室）

オープンデータ推進室では、サーベイランスで収集された情報の公開と二次利用（データシェアリング）の促進に関する業務、研究を行う。

サーベイランスグループ

サーベイランスグループは、国のサーベイランス事業の中で中央感染症情報センターとして位置づけられ、地方感染症情報センター並びに都道府県等の協力を得て、感染症法に規定された 1-5 類感染症を中心にしたサーベイランスを行っている。感染症サーベイランスに関連するものとして、感染症情報 (患者情報、病原体情報、血清疫学情報) の収集と分析・提供、感染症対策に関する立案と技術支援、及びこれらをより有効に実施するための研究を行っている。これらの感染症情報及び研究内容等の交換は国内のみではなく、海外関係機関とも積極的に行っている。また新型コロナウイルス感染症の流行に対応するために、新規サーベイランスの構築と分析に関する業務と研究を行っている。

情報分析室（第四室）

情報分析室では、感染症発生動向調査、積極的疫学調査を含む国内の感染症疫学データの収集、解析及び評価並びに海外の感染症情報機関との情報交換に関する業務、研究を行う。

情報還元室（第五室）

情報還元室では、感染症発生動向調査に関する情報還元を目的とした定期刊行物並びにコンピューター通信を用いる感染症情報の提供に関する業務、研究を行う。

次世代情報室（第六室）

次世代情報室では、インターネット等を用いた国内外の感染症に関する情報の収集、解析および評価並びに新規サーベイランスの構築と分析に関する業務、研究を行う。

情報管理研修室（第七室）

情報管理研修室では、サーベイランスオフィサーの養成に関する業務、研究を行う。

予防接種グループ

予防接種グループは、感染症流行予測調査事業の一環として行われている血清疫学調査の立案と実施、現行予防接種の効果と副反応に関するモニタリング、これらの結果の公表と広く一般への情報提供、予防接種対象疾患の感染症として人に与える影響 (disease burden) に関する調査研究、及び今後の我が国における予防接種の有用性に関する総合的研究を行っている。また国立感染症研究所として行われている国内血清銀行の管理を行っている。

予防接種政策室（第八室）

予防接種政策室では、予防接種の接種状況、有効性、費用対効果に関する調査および研究並びに予防接種の計画に関する業務、研究を行う。

予防接種評価室（第九室）

予防接種評価室では、予防接種の安全性及び副反応に関する業務、研究を行う。

予防接種普及室（第十室）

予防接種普及室では、予防接種の普及に関する業務、研究を行う。

血清疫学室（第十一室）

血清疫学室では、感染症流行予測調査と国内血清銀行の運営に関する業務、研究を行う。

疫学研究グループ

疫学研究グループは国立感染症研究所が行う感染症研究のデザイン、統計解析の支援、感染症数理モデルを用いた感染症の流行分析、対策戦略の設計を行っている。

疫学統計室（第十二室）

疫学統計室では、研究デザイン、統計コンサルテーション及びこれらに関する業務、研究を行う。

理論疫学室（第十三室）

理論疫学室では、感染症数理モデルを用いた感染症の流行分析、対策戦略の設計及びこれらに関する業務、研究を行う。

国際研究室（第十四室）

国際研究室では、海外フィールド研究の実施及びこれに関する業務、研究を行う。

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