獣医科学部では動物由来感染症のリスク評価、動物由来感染症に関する診断法、予防法に関する研究並びにこれらの感染症の発症機構及び病原体に関する研究を行っている。

第一室（感染源動物対策室）

動物由来感染症の感染源となる動物における疫学的、病理学的研究を行っている。また、病原性発現機序の解明に係る研究を行っている。主に、ブルセラ症、カプノサイトファーガ感染症、鼠伵症、SFTS などを研究対象としている。

第二室（感染制御研究室）

動物由来感染症の動物間および動物から人への国内外における病原体の感染経路について、分子生物学的、疫学的に明らかにする。主に、狂犬病・リッサウイルス感染症、ヘンドラウイルス・ニパウイルス感染症、炭疽などを研究対象としている。

第三室（動物由来稀少感染症室）

国内で稀少となった、あるいは国内に存在しないが海外から持ち込まれる可能性のある動物由来感染症について、その診断法の確立、予防法に関する研究を行う。主に、野兎病などを研究対象としている。