安全管理研究センター（令和5年度までは安全実験管理部）は、研究支援部門として（1）封じ込め（BSL-3）実験室と高度封じ込め（BSL-4）施設の管理運営並びにバイオリスク管理に関する業務、（2）動物実験施設の管理並びに実験動物の健康管理に関する業務、（3）感染研の保有する病原体を基盤とする病原体バンク整備に関する業務を行っている。また、これら業務に関連する研究を行っている。

第一室（バイオセーフティ管理室）

生物災害に係る安全管理に関する調査、研究及び講習を担っている。

• 病原微生物等を取り扱う職員等の安全確保を担保するために必要な安全管理
• バイオセーフティ技術に関する教育と訓練並びに研究
• 生物災害の発生に関する情報の収集等と提供
• バイオリスク管理委員会事務

第二室（動物管理室）

医学用実験動物の飼育及び健康管理並びにこれらに関する科学的調査、研究及び講習を担っている。

• 戸山庁舎の動物実験施設の管理及び運営
• 実験動物の品質及び健康管理に関する検査並びにこれらに関する研究
• 動物モデルを用いた感染症の研究
• 実験用マウスの系統維持に関する支援
• 動物実験委員会事務

第三室（村山バイオセキュリティ管理室）

BSL-4施設のセキュリティに関することを担っている。

• 村山庁舎のBSL-3, BSL-4施設の管理及び運営
• バイオセーフティ技術に関する教育と訓練並びに研究
• 実験施設バイオセキュリティに関する業務

第四室（村山動物実験室）

村山庁舎における動物実験室の管理に関することを担っている。

• 村山庁舎の動物実験施設の管理及び運営
• 実験動物の品質及び健康管理に関する検査並びにこれらに関する研究
• 実験動物を用いた検定検査、研究への支援

第五室（ウイルスバンク室）

研究用ウイルスの収集及び整備に関することを担っている。

• 研究用ウイルスの収集及び整備並びに管理
• 研究用ウイルスを用いた研究

第六室（細菌バンク室）

研究用細菌の収集及び整備に関することを担っている。

• 研究用細菌の収集及び整備並びに管理
• 研究用細菌を用いた研究

第七室（バンク管理室）

研究用ウイルス及び研究用細菌の管理に関することを担っている。

• 研究用ウイルスと研究用細菌の保存管理並びに品質管理
• ウイルスバンクと細菌バンクの維持に資する研究
• ウイルスバンクと細菌バンクを活用した研究