下痢症を起こすウイルス、ポリオウイルスを始めとするエンテロウイルス、経口感染及び血液を介して感染する肝炎ウイルスについての基礎研究及びウイルスに起因すると疑われる腫瘍性疾患についての病原や病因の検索等を行っている。これらのウイルスに起因する疾患のワクチン開発や改良、診断法の改善、開発も行っている。さらに、これらのウイルス感染症の疫学研究を行い、国内及び WHO のレファレンスラボラトリーとなっている。

第一室（腸管感染ウイルス室）

• 下痢症ウイルスの診断法、疫学解析手法の研究
• 下痢症ウイルス感染症の予防と冶療に関する研究
• 下痢症ウイルスの分子生物学的研究
• ポリオワクチンの検定と品質管理に関する研究
• ロタウイルスワクチンの検定と新規ワクチン開発に関する研究

第二室（エンテロウイルス室）

• 世界ポリオ根絶のためのポリオウイルス実験室診断及び分子疫学的解析
• ワクチン由来ポリオウイルスのウイルス学的及び疫字的解析
• エンテロウイルス感染症の実験室診断とレファレンス活動
• ポリオウイルス及びエンテロウイルスの病原性についての分子ウイルス学的研究

第三室（腫瘍ウイルス室）

• B型、C型肝炎ウイルスによる肝発癌機構の研究
• B型、C型肝炎ウイルス検体パネルの整備
• 腫瘍ウイルスによる発癌機構の研究

第四室（血液伝播性肝炎ウイルス室）

• B型、C型肝炎ウイルスの分子生物学的研究
• 血液を介して感染する肝炎の流行動向及び予防、診断、治療方法の研究
• 新しい肝炎ウイルスの検索
• 肝炎ウイルス検査陽性者の受診受療を促す陽性者フォローアップ事業

第五室（経口感染性肝炎ウイルス室）

• 経口感染する肝炎ウイルス感染症の病原及び病因の検索
• 経口的に感染する肝炎の流行動向及び予防、診断、治療方法の研究
• A型、B型肝炎ワクチンの検定と品質管理に関する研究