国立感染症研究所における新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株のモニタリングと評価

　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は, 世界的な流行拡大とともに変異を蓄積し形質を変化させている。変異により新たな形質を獲得したウイルスとして問題になったのは, 世界保健機関（WHO）がアルファと呼称する, 英国で最初に見つかったPANGOLIN（Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages: PANGO系統）分類のB.1.1.7系統の変異株である。感染・伝播性の上昇が著しく, その後, ほぼ世界的に流行株はアルファに置き換わるに至った。以後, 感染・伝播性の上昇, あるいは既感染やワクチンによる獲得免疫から逃避する性質, あるいはその両方により, 感染者数増加の優位性（growth advantage）を有するB.1.617.2系統の変異株（デルタ）, そしてB.1.1.529系統の変異株（オミクロン）に世界的に置き換わって流行してきた。特にオミクロンについては, 潜伏期間の短縮や免疫逃避性の上昇などの形質の変化が著しかった。さらには, オミクロンに分類される亜系統の中で, BA.1系統からBA.2系統, そしてBA.5系統への置き換わりが観察されてきた。デルタの流行時まではわずかであった系統間の組み換えによる変異株も, オミクロン流行以降では様々な種類が検出されるようになっているが, 流行の主流を形成するには2022年11月現在至っていない。