国立感染症研究所

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Published: 2022年11月10日

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Published: 2022年10月27日

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Published: 2022年10月25日

新型コロナウイルスオミクロン株によると推定された院内クラスターにおける医療従事者を対象としたスクリーニング検査

(IASR Vol. 43 p238-240: 2022年10月号)

 

　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）オミクロン株（以下, オミクロン株）が優勢となった2022年1月に発生した高知市内の急性期病院（A病院）におけるクラスターで, 職員へのスクリーニング検査で得られた知見を報告する。

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Published: 2022年10月25日

BA.5系統とBA.2系統の組換え体と推察された新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）株の検出について

(IASR Vol. 43 p240-241: 2022年10月号)

 

　愛知県衛生研究所（当所）では国立感染症研究所（感染研）の方法^1）にのっとり, SARS-CoV-2のゲノム解析を実施している。今回, BA.5.2.1系統とBA.2.9系統の組換え体と考えられる2株を検出したので報告する。

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Published: 2022年10月24日

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Published: 2022年10月21日

国立感染症研究所

2022年 10月21日 9:00 時点

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変異株の概況

• 　　現在、流行する新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株は、第20報時点と同様に、B.1.1.529系統とその亜系統(オミクロン)^注)が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルスの99.9%をオミクロンが占め、その他の系統はほとんど検出されていない(WHO, 2022a)。オミクロンの中では多くの亜系統が発生しているが、BA.5系統が76.2%、BA.4系統が7.0%、BA.2系統が3.9%(いずれも亜系統を含む)と、引き続き世界的にBA.5系統が主流となっており(WHO, 2022a)、日本国内でも2022年7月頃にBA.2系統からBA.5系統に置き換わりが進み、BA.5系統が主流がとなっている。また、国内外でオミクロンの亜系統間のさまざまな組換え体も報告されている。世界保健機関(WHO)は、これらのB.1.1.529系統とその亜系統および組換え体を全て含めて「オミクロン」と総称する一方、いくつかの亜系統および組換え体(BA.2.3.20、BA.4.6、BA.2.75、BJ.1、XBBの各系統及び、BA.5系統にN450D変異もしくはR346/K444/V445/N460のいずれかの箇所に変異を有するもの)を「監視下のオミクロンの亜系統(Omicron subvariants under monitoring)」としている。
• 　　2022年5月に米国で初めて報告されたBA.4.6系統(BA.4系統の亜系統)、2022年6月にインドで初めて報告されたBA.2.75系統(BA.2系統の亜系統)をはじめ、特徴的なスパイクタンパク質の変異がみられ、ワクチン接種や感染免疫による中和抗体からの逃避や、感染者数増加の優位性が示唆される亜系統が複数報告されている。局所的に優位な増加をみせる亜系統も報告されているが、特定の変異株が世界的に優勢となる兆候は見られない。これらの変異株の今後の動向に関する一致した見解は得られておらず、引き続き国内外での動向の注視、知見の収集とともに、国内でのゲノムサーベイランスを継続していく必要がある。

注) VariantのPango系統やNextstrainクレードといった分類が複雑で覚えにくく、初めて報告された地名などが呼称として使用されていることが、差別や偏見につながることも懸念して、2021年5月より、WHOは代表的なvariantに対してギリシャ文字の呼称を定めている。既報において、”variant”の訳語として「変異株」、WHOが呼称を定めたvariantについてそれを用いて「〇〇株」と称してきた(例：B.1.1.7系統＝アルファ株、B.1.1.529系統＝オミクロン株)。しかし、B.1.1.529系統が主流となって以降、亜系統が広く分岐し、さらにWHOが用いる呼称で総称される系統・亜系統の抗原性等の性質が多様化しており、遺伝的に同一、又はほぼ均一なウイルスの集合体を示す「株」を、WHOが用いる呼称に対応して用いることが適さなくなってきている。そのため、第21報以降、本文書においてはWHOが呼称を定めた各variantについて「アルファ」「オミクロン」のように表現することとした。
なお、「〇〇株」は一般に広く使用されている用語となっており、通称として引き続き用いることを妨げるものではない。

BA.5系統について

• 　　BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカ共和国で検出された。以降BA.5系統は世界的に検出数が増加し、2022年37週(9月12日～18日)時点で BA.5系統とその亜系統が全世界で検出された株の76.2%を占め、主流となっている (WHO, 2022a)。
• 　　国内では2022年6月以降、BA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進行した。BA.5系統は2022年第17週(4月18日～24日)に日本から初めてGISAIDに登録され、第27週(7月4日～10日)に50%を、第28週(7月11日～17日)に75%を、30週(7月25日～31日)に90%を超えた(covSPECTRUM, 2022)。国内民間検査機関2社に集められた週800検体のゲノム解析結果を用いたゲノムサーベイランスでも、2022年22週(5月23日～29日)に初めて検出されたのち、第27週に50%を、第28週に75%を、30週に90%を超えた (国立感染症研究所, 2022)。

BA.2.75系統、BA.4.6系統について

• 　　2022年6月にインドから報告されたBA.2.75系統は10月10日時点で、GISAIDに59か国から15,817件(BA.2.75系統の亜系統を含む)が登録されており、日本でも10月17日時点で検疫で129件、国内で137件のBA.2.75系統(亜系統含む)の登録がある (GISAID, 2022)。BA.2系統と比較して中和抗体からの逃避能が上昇しているとの報告がある(Cao Y. et al., 2022a)が、査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。インドでの検出状況からBA.2系統、BA.5系統に対する感染者数増加の優位性が示唆されたが、シンガポールではBA.5系統からBA.2.75系統への置き換わりが進んでいた中、別の変異株への置き換わりが進んでいる(covSPECTRUM, 2022)。
• 　　2022年5月に米国から報告されたBA.4.6系統は10月10日時点で、GISAIDに79か国から36,818件が登録されており(covSPECTRUM, 2022)、日本では10月17日時点で検疫で12件、国内で136件のBA.4.6系統(亜系統含む)が登録されている (GISAID, 2022)。BA.4系統と比較して、ワクチン接種による中和抗体からの逃避が示唆され、ヒト血清を用いた抗原性の評価では、BA.4.6系統の中和活性はBA.4/BA.5系統に比べて2.4～2.6倍低下することが示唆されている(Jian F, 2022)。米国では6月以降感染者数の増加とともにBA.4.6系統の割合が上昇したが、8月以降感染者数は減少し、BA.4.6系統の割合はおおむね横ばいとなっている (CDC, 2022a)。そのほか、カナダ、英国でBA.4.6系統の割合が上昇傾向にあり(covSPECTRUM. 2022)、いずれも感染者数は9月以降微増しているが(Our World in Data, 2022)、BA.4.6系統の割合の増加による感染者数や死亡者数への影響は現時点では不明である。
• 　　BA.2.75系統、BA.4.6系統ともに、他の系統と比較した感染・伝播性、重症度に関する明らかな知見はなく、疫学的な評価については今後の各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

オミクロンの新規亜系統の世界的な発生状況について

• 　　世界各地でBA.2系統やBA.5系統を起源とする亜系統が多数発生し、それらの有するスパイクタンパク質の変異から、中和抗体からの逃避能の上昇が懸念されている。
  米国や欧州ではBA.5.3系統の亜系統であるBQ.1系統とBQ.1.1系統や、BA.2.3.20系統が、アジアではBQ.1系統とBQ.1.1系統や、BJ.1系統(BA.2.10系統の亜系統)とBM.1.1.1系統(BA.2.75.3系統の亜系統)の組換え体であるXBB系統、BJ.1系統、BA.2.3.20系統が、各地で主流となっている系統に比較して、感染者数増加の優位性を見せている(covSPECTRUM, 2022)。一方で、これらの系統の割合の上昇傾向は地域によって異なっており、オミクロンの中で特定の亜系統が世界的に優位となる傾向は見られない。
• 　　これらの亜系統が有する変異はR346、K444、V445、G446、N450、L452、N460、F486、F490、R493といった共通の部位に集中する傾向がみられており、ウイルスの収斂進化が起きているとの指摘がある(Cao Y, 2022b)。BA.5系統に比較してBQ1.1系統、BM.1.1.1系統などのワクチン接種や感染免疫による中和抗体からの逃避能が高く、特にXBB系統が最も逃避能が高いことが示唆された(Cao. Y, 2022b)。ただし、査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。また、スパイクタンパク質の主要箇所の変異が多いほど感染者数増加の優位性が高まるとの指摘があり、BQ.1.1系統とXBB系統は特に感染者数増加の優位性が高い系統と指摘する専門家もいる (Wensleers T, 2022)。
• 　　これらの系統について、WHOはBA.2.3.20、BA.4.6、BA.2.75、BJ.1、XBBの各系統及び、BA.5系統にN450D変異もしくはR346/K444/V445/N460のいずれかの箇所に変異を有するもの)を「Omicron subvariants under monitoring」、ECDCはBA.4系統、BA.5系統にそれぞれR346に変異を有するもの、オミクロンのうちK444、N460の両方に変異を有するもの( BQ.1系統とその他の亜系統を含む)、オミクロンのうちN460、F490の両方に変異を有するもの(XBB系統とその他の亜系統を含む)を「Variants under monitoring」、UKHSAはBA.2.12.1系統、BA.2.75系統、BA.4.6系統, XE系統をVariants、BA.3系統、BA.4.7系統、BA.2.75.2系統、BF.7系統、BJ.1系統、BQ.1系統、BQ.1.1系統をSignals in monitoringに指定している(ECDC, 2022、WHO, 2022b、UKHSA, 2022)。

　XBB系統について

• 　　2022年9月にシンガポールからBJ.1系統(BA.2.10系統の亜系統)とBM.1.1.1系統(BA.2.75.3系統の亜系統)の組換え体であるXBB系統が報告され、10月10日時点で、GISAIDに21か国から562件が登録されており、バングラデシュ、インド、シンガポールで検出数の増加がみられる(covSPECTRUM, 2022)。シンガポールにおいては、9月末より感染者数が増加傾向を示している一方で、重症者数の増加は見られていない 。また、BA.5.2系統からBA2.75系統へと置き換わりが進んでいた中でXBB系統の割合の上昇が見られている。XBB系統の割合の上昇による感染者数の増加への影響については定まった見解はないが、シンガポール保健省は10月15日にXBB系統が国内で優勢となる中で症例数が増加しており、それに比例して入院患者数は増加していること、一方で、重症者数は横ばいでありXBB系統が重症化につながっている証拠はないこと、XBB系統の感染・伝播性が既存の変異株と同等以上と考えられること、XBB系統が再感染の増加に影響を及ぼしている可能性があることを述べている (Ministry of Health Singapore, 2022)。なお、インドでは感染者数の増加は見られない(Our World in Data, 2022)。日本では10月17日時点でXBB系統(亜系統含む)が検疫で7件、国内で0件検出されている(GISAID, 2022)。これらの検体陽性者の滞在国は大部分がインドであり、世界的な検出状況を反映しているものと考えられる。
• 　　XBB系統はスパイクタンパク質の受容体結合部位にR346T、N460K、F486Sなどのアミノ酸変異を有し、中和抗体からの逃避の可能性が示唆されている。また、実験的にも中和抗体からの逃避能が高いことが示唆されている(Cao Y. et al., 2022b)が、査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。また、報告数の増加の状況などから、感染者数増加の優位性もBA.2.75系統やBA.4.6系統と比較して高い可能性があるものの、重症度の疫学・臨床的な評価はされていない。国内外での報告数が少ないことから、感染者数増加の優位性、重症度、治療薬の有効性への影響についての明らかな知見はなく、今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

　BQ.1系統、BQ.1.1系統について

• 　　2022年9月にBA.5.3系統の亜系統であるBQ.1系統がナイジェリアから報告され、またBQ.1系統にR346T変異が追加されたBQ.1.1系統も報告されている(Cov-lineages.org, 2022)。BQ.1系統及びその亜系統(BQ.1.1系統を含む)は10月10日時点で、GISAIDに48か国から3,284件が登録されており、英国、フランス、デンマークなど欧州および米国から多く登録されている(covSPECTRUM, 2022)。米国では8月以降BQ.1系統、BQ.1.1系統の割合が上昇し、今後もBQ.1系統、BQ.1.1系統が占める割合が上昇する懸念がされている。一方で感染者数は8月以降減少傾向にある(CDC, 2022a)。英国では米国同様8月以降BQ.1系統、BQ.1.1系統の割合が上昇しており、感染者数は6月から7月にピークを形成したのち、9月以降再度微増している(covSPECTRUM, 2022、Our World in Data, 2022)。その他、欧州ではフランス、ドイツ、イタリアなどで9月以降感染者数の増加がみられるが、各国におけるBQ.1系統及びBQ.1.1系統の占める割合には差がみられる(covSPECTRUM, 2022、Our World in Data, 2022)。BQ.1系統、BQ.1.1系統の割合の増加による感染者数や死亡者数への影響は現時点では不明である。日本では、10月17日時点でBQ.1系統もしくはBQ.1.1系統が検疫で11件、国内で6件検出されている(GISAID, 2022)。
• 　　BQ.1系統はBA.5系統から、スパイクタンパク質にK444T、N460K変異を獲得しており、ワクチン接種や感染免疫による中和抗体からの逃避の可能性が示唆されている。また、実験的にも中和抗体からの逃避能が高いことが示唆されている(Cao Y. et al., 2022b) が、査読を受けていないプレプリント論文であることに注意が必要である。国内外での報告数が少ないことから、感染者数増加の優位性、重症度、治療薬の有効性への影響についての明らかな知見はなく、今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

　BS.1系統について

• 　　検疫において、2022年8月下旬に日本に到着した入国者3名の陽性検体からBA.2.3.2系統(BA.2系統の亜系統)が起源と考えられるが、これまでに報告のない変異を有するウイルスが検出され、BS.1系統と命名された(GitHub, 2022)。当該3名の陽性者の行動歴にはいずれもベトナムへの渡航があったが到着日および到着空港は異なっており、明らかな疫学リンクは確認できない。また、BS.1系統にK356T変異が加わったBS.1.1系統が報告されている(Cov-lineages.org, 2022)。10月17日時点でBS.1系統は検疫で11件、国内で1件、BS.1.1系統は検疫で23件、国内で0件の報告がある(GISAID, 2022)。10月10日時点で、日本以外にオーストラリア、ベトナム、シンガポールなど計10か国からGISAIDに100件が登録されている(covSPECTRUM, 2022)。
• 　　BS.1系統はBA.2.3.2系統の有する変異に加え、スパイクタンパク質に3つのアミノ酸の挿入、Y144欠失、R346T、L452R、N460R、G476S、R493Q (reversion)およびS640Fの特異的変異を有している。これらスパイクタンパク質の変異による抗体結合部位への構造の影響に伴い、中和抗体からの逃避が示唆される。また、ORF6においては、27266〜27300欠失によるフレームシフトが認められることから、自然免疫応答への影響が示唆される。ただし、国内外での報告数が少ないことから、感染者数増加の優位性、重症度、治療薬の有効性への影響についての明らかな知見はなく、今後の国内外での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。

参考 主な変異株の各国における位置付け（2022 年 10月 17日時点）

VOC: variant of concern（懸念される変異株）、Omicron subvariants under monitoring（監視下のオミクロンの亜系統）、VUM: variant under monitoring（監視下の変異株）、VOI: variant of interest (注目すべき変異株)、VBM: variant being monitored（監視中の変異株）、de-escalated variants（警戒解除した変異株）、currently circulating(現在流行中）、previously circulating（かつて流行していた）、signals in monitoring (監視中のシグナル)

注1)BQ.1系統とその他の亜系統を含む

注2)XBB系統とその他の亜系統を含む

　引用文献

• 　　Cao Y. et al.. 2022. Neutralizing antibody evasion and receptor binding features of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75. bioRxiv.
  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.18.500332v1. (preprint) 2022a.
• 　　Cao Y. et al.. 2022. Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution. bioRxiv. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.15.507787v3.(preprint) 2022b.
• 　　CDC. COVID Data Tracker as of 19 Oct 2022. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions. 2022a.
• 　　CDC. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. As of 17 Oct 2022.  https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html. 2022b.
• 　　Cov-lineages.org. https://cov-lineages.org/index.html
• 　    covSPECTRUM.  https://cov-spectrum.org/explore/World/AllSamples/Past6M
• 　　European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 15 July 2022. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern. 2022b.
• 　　GISAID. https://gisaid.org/.
• 　　GitHub. 2022. https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1052
• 　　Jian F. et al.. 2022. Further humoral immunity evasion of emerging SARS-CoV-2 BA.4 and BA.5 subvariants. Lancet Infect Dis. 2022 Sep 27; S1473-3099(22)00642-9.
• 　　Ministry of Health Singapore. 2022. https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/update-on-covid-19-situation-and-measures-to-protect-healthcare-capacity.
• 　　Our World in Data. Coronavirus(COVID-19) cases as of 19 Oct 2022. https://ourworldindata.org/covid-cases.
• 　　UKHSA. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 46. 7 Oct 2022. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1109820/Technical-Briefing-46.pdf.
• 　　Wensleers T, 2022. Twitter. https://twitter.com/TWenseleers/status/1580701701178535936
• 　　WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 113, published 12 October 2022. https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---12-october-2022. 2022a.
• 　　WHO. Tracking SARS-CoV-2 variants. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants. 2022b.
• 　　国立感染症研究所. 民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスによるBA.5検出の推定. https://www.niid.go.jp/niid/images/cepr/covid-19/220826_dominant_variant.pdf. 

注意事項

• 　　迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

更新履歴

第 21 報 2022/10/21  9:00時点

第 20 報 2022/09/08  9:00時点

第 19 報 2022/07/27  9:00時点

第 18 報 2022/07/01  9:00時点

第 17 報 2022/06/03  9:00時点

第 16 報 2022/04/26  9:00時点

第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更

          「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」

第 14 報 2021/10/28  12:00 時点

第 13 報 2021/08/28  12:00 時点

第 12 報 2021/07/31  12:00 時点

第 11 報 2021/07/17  12:00 時点

第 10 報 2021/07/06  18:00 時点

第  ９報 2021/06/11 10:00 時点

第  ８報 2021/04/06 17:00 時点

第  ７報 2021/03/03 14:00 時点

第  ６報 2021/02/12 18:00 時点

第  ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更

「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」

第  ４報 2021/01/02 15:00 時点

第  ３報 2020/12/28 14:00 時点

第  ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更

「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」

第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」

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Published: 2022年10月13日

続きを読む: 新型コロナウイルス感染症の直近の感染状況等（2022年10月12日現在）

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Published: 2022年10月06日

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Published: 2022年9月27日

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Published: 2022年9月22日

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