国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ

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新型コロナウイルス（SARS-CoV-2)の変異株BA.2.75系統について

 

国立感染症研究所
2022年7月8日時点

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BA.2系統の亜系統であるBA.2.75系統が定義された（cov-lineages.org, 2022）。該当する最初の検体は、6月2日にインドから報告されたものである(GitHub, 2022)。7月7日時点で、GISAIDに登録された64件が該当すると考えられ注）、うち48件はインドからの登録であり、マハーラーシュトラ州から最も多くの報告がある。そのほか、英国、ドイツ、米国、カナダ、オーストラリア、ニュージーランドから報告がある(covSPECTRUM, 2022)。日本ではインドに渡航歴がある者から検疫で検出された１件が該当するとみられるが（6月13日検体採取分）、国内では検出されてない。

BA.2.75系統は、BA.2系統と比較して、スパイクタンパク質にK147E、W152R、F157L、I210V、G257S、G339H、G446S、N460Kの各変異を有しており、BA.1系統、BA.2系統などで見られたQ493R変異は有さない (GitHub, 2022)。これらスパイクタンパク質の変異は抗体結合部位の構造に影響している可能性が高く、例えばG446S変異はBA.1系統と共通する変異で、ワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆される。

インドではBA.2系統とその亜系統が主流であったが、BA.5系統の割合が上昇しつつあった。そのような傾向の中で、６月以降BA.2.75系統の割合の上昇が検出されたことから、BA.5系統に対するBA.2.75系統の感染者増加の優位性を注視している。このようなBA.2.75系統の割合の増加はインドで観察されているのみである。インドでは５月には低水準で推移していた感染者数や死亡者数が６月以降増加傾向に転じているが、BA.2.75系統の相対的増加と関係があるかは現時点では不明である。疫学的な評価については、今後の各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。また、BA.2.75系統は既に複数国で検出されていることから、現在の検出状況は過小評価である可能性があることに留意が必要である。

 

注）BA.2.75はPangolinの判別データベースに反映されていないため、データベースの検索式の入力方法によって数が異なる場合がある。

 

引用文献

 

 

 

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感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される

新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異株について （第18報）

 

国立感染症研究所
2022年7月1日9:00時点

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変異株の概況

  • 　　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2)変異株は、第17報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルス株のほぼ全てをオミクロン株が占め、その他の変異株はほとんど検出されていない。オミクロン株の中では、BA.2系統、BA.2.12.1系統、それ以外のBA.2系統の亜系統(BA.2.x)、BA.4系統、BA.5系統がそれぞれ36%、17％、12%、9%、25%を占めた（WHO, 2022a）。国内では、令和４年２月頃に全国的にデルタ株からオミクロン株のBA.1系統に置き換わり、その後、さらにオミクロン株のBA.2系統に置き換わり、現在の感染の主流系統となっている。B.1.1.529系統については、各国での流行拡大に伴い変異が進み、亜系統の分類が進められている。また、国内外でオミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関（WHO）はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称する一方、いくつかの亜系統(BA.4、BA.5、BA.2.12.1、BA.2.9.1、BA.2.11、BA.2.13)を「懸念される変異株（VOC）における監視下の系統（VOC-LUM; Variants of Concern linages under monitoring）」としている。
  • 　　BA.4系統、BA.5系統、BA.2.12.1系統は一部の国でBA.2系統から置き換わると共に、BA.2系統と比較して感染者増加の優位性や免疫逃避が指摘されており、今後の国内外の動向を注視する必要がある。一方で、BA.4系統、BA.5系統、BA2.12.1系統いずれも既存のオミクロン株と比較して重症度の上昇につながる証拠はみられない。ヒト血清等を用いた抗原性評価により、BA.2に比べてこれらの系統に対しては軽度の中和活性の低下が指摘されているが、武漢株とオミクロン株との抗原性の乖離に比べると、その差は小さいと考えられ、既存のオミクロン株に比べてヒト免疫逃避能が向上しているかどうかについては、ワクチン効果等の疫学的評価も重要である。 また、現在、ワクチン接種率の向上や感染者の増加により、SARS-CoV-2に対する免疫を持つ人口が飛躍的に増加しており、免疫学的背景が多様化している。このような状況において現在のヒト集団での病原性がこれらの有する変異だけで決定される可能性は低いと考える。しかし、動物実験で従来のオミクロン株と比べて病原性が上昇している可能性を示唆する結果もあることから、特に、免疫不全者や重症者のウイルス系統については注意深く監視を継続する必要がある。
  • 　　オミクロン株の組換え体は、ほとんどの形質がまだ明らかでは無く、分類法も含めて今後の国内外の動向を注視する。
  • 　　B.1.617.2系統の変異株(デルタ株)については、2020年12月にインドで初めて検出され、2021年7月頃から世界的に支配的な状況が続いていたが、オミクロン株の流行が起きた2022年1月以降世界での検出数は限りなく少なくなっている。また、国内でも2022年3月14日以降約3ヶ月間検出が途絶えていることから、監視下の変異株（VUM）に位置付けを変更する。

 

オミクロン株の亜系統について

BA.2系統について

  • 国内ではBA.2系統が大半を占めている。BA.2系統はさらに亜系統のBA.2.1系統からBA.2.75系統まで分類されている(Cov-lineages.org, 2022)。国内では、割合が多い順にBA.2、BA.2.3、BA.2.3.1、BA.2.10、BA.2.24、BA.2.29、BA.2.10.1、BA.2.10.2、BA.2.18、BA.2.12.1、BA.2.3.2、BA.2.5、BA.2.9、BA.2.1、BA.2.17、BA.2.7、BA.2.12、BA.2.4、BA.2.6、BA.2.38系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は、BA.2.12.1を除き、明らかではない。
  • 　　BA.2系統の亜系統であるBA.2.12.1系統が3月中旬にニューヨーク州など米国東海岸で検出された。以降米国内での検出割合が上昇し、5月下旬以降は米国全体で検出された株の約60%を占める状態が続いている(CDC, 2022)。また、6月24日時点でGISAIDデータベースに69カ国から139,215件が登録されているが、その約86% が米国からである(Outbreak.info, 2022)。米国でBA.2系統からの置き換わりが進んだことから、BA.2系統に比較して25%程度の感染者増加の優位性が示唆されている(New York State, 2022)。一方で、現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない（WHO, 2022a)。　　　　　
  • 　　BA.2.12.1系統は、ベータ株やデルタ株が有していたスパイクタンパク質の変異箇所であるL452Qを有している。L452Q変異は中和抗体の結合に影響し、免疫逃避につながる可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。また、いくつかの研究によると、ヒト血清等を用いた抗原性評価により、軽度の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al., 2022、Wang, Q. at al., 2022)。。
  • 6月24日時点で、BA.2.12.1系統は検疫及び国内で検出されているが、国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない。
  • 引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

 

BA.4/BA.5系統について 

  • BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカで検出された。BA.4系統、BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統はスパイクタンパク質に69/70欠失、L452R、F486V変異を有していることである。また、BA.4系統の亜系統としてBA.4.1系統、BA.4.1.1～4系統があり、BA.5系統の亜系統としてBA.5.1～5.6系統があるが(Cov-lineages.org, 2022)、それぞれBA.4系統、BA.5系統との形質的な差については知見が得られていない。
  • 2022年6月24日までに、BA.4系統は60カ国から13,827件、BA.5系統は63カ国から17,361件が報告されている。 いずれも当初は南アフリカからの検出が多くを占めたが、検出国は欧州を中心に変化している(Outbreak.info, 2022)。
  • 米国疾病対策センター(CDC)、欧州疾病予防管理センター(ECDC)はBA.4、BA.5系統を他のオミクロン株と同様にVOCに含めている(CDC. 2022, ECDC. 2022b)。WHOはVOCの中で、伝播性の増加の兆候や他のVOCと比較して優位性を疑うアミノ酸変異を有するものとして、VOC-LUMに分類している(WHO, 2022b）。英保健安全保障庁(UKHSA)は5月20日にBA.4、BA.5をともにvariantsからVOCへ区分変更している(UKHSA, 2022a)。
  • 南アフリカ国内では2022年4月から5月にかけてBA.4系統、BA.5系統が占める割合が上昇し、BA.2系統からの置き換わりが進むと共に同時期の感染者数の増加が見られ、ポルトガルにおいても5月にBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進み、感染者数の増加が見られたことから、BA.5系統はBA.2系統に比較して12～13%の成長率の上昇が指摘されている(ECDC, 2022a)。また、英国でも5月以降BA.4系統、BA.5系統の検出割合が上昇しており、BA.4系統、BA2.12.1系統に比較して、BA.5系統が優位となる可能性が示唆されている(UKHSA, 2022a)。米国ではBA.2.12.1系統が優位であったが、6月以降BA.4系統、BA.5系統の占める割合が上昇しており、引き続きゲノムサーベイランスによる監視が行われている(CDC, 2022)。また、BA.4系統、BA.5系統はL452R変異を有しており、BA.2.12.1系統同様、L452の変異により免疫逃避の可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。一方で、現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない(WHO, 2022a、UKHSA, 2022a)
  • 新型コロナウイルスワクチン接種者及びオミクロン株感染者の血清を用いた抗原性評価では、BA.4系統、BA.5系統に対する抗体価はBA.1と比較して2.9倍から3.3倍、BA.2と比較して1.6倍から4.3倍の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al.. 2022、Wang, Q. at al.. 2022）。
  • BA.2系統ウイルス株にオミクロン亜系統のスパイク遺伝子を置換した遺伝子組換えキメラウイルスを用いたハムスター感染実験の結果、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも高くなったことを示した報告がある (Kimura I et al, 2022)。ただし、デルタ株等のオミクロン株以外の従来株との比較はなく、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がオミクロン株出現前のSARS-CoV-2に比べて高くなっているのかについては不明である。
  • BA.4系統、BA.5系統の持つF486V変異は中和抗体の結合に影響を与える可能性が示唆されており、スパイクタンパク質の構造上casirivimab/imdevimabのcasirivimab、tixagevimab/cilgavimabのtixagevimabの効果に影響を与える可能性が示唆されている(UKHSA, 2022c)
  • 6月24日時点で、BA.4系統及びBA.5系統は検疫及び国内で検出されており、国内の一部の地域ではBA.5の検出割合が上昇しているとの報告がある。既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性が指摘されているため、今後国内でBA.5の占める割合が上昇する可能性があり、感染者数、重症者数の推移を注視すると共に、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

 

組換え体について

  • SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え（ 2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること）が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
  • 　　これまで、アルファ株(B.1.1.7系統）とB.1.177系統の組換え体(XA系統）、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統）、アルファ株(B.1.1.7系統）とデルタ株(AY.29系統）の組換え体（XC系統）、デルタ株とオミクロン株の組換え体（XD、XF、XS系統）にPANGO系統が付与されてきた。
  • 　　最近では、世界的なオミクロン株感染者の急増、そしてBA.1系統からBA.2系統への置き換わりが進行する中で、世界各地からこれらの組換え体が報告されており、PANGO系統が付与されてきている（XE、XG、XH、XJ、XK、XL、XM、XN、XP、XQ、XR、XT、XU、XV、XW、XY、XZ、XAA～XAH)(cov-lineages org, 2022)。また、PANGO系統がまだ付与されていない組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体も世界各地から報告されている。
  • 　　2022年6月24日現在、検疫及び国内で組換え体が検出されているが、現在もなお、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、組換え体の分類の在り方が確立しているとは言い難く、検疫で検出された3例がXE系統である以外はいずれも系統の分類は決定していない。
  • 　　組換え体については、現在XE系統がBA.2系統と比較して12.6%の成長率の上昇が示唆されており、UKHSAはXE系統をvariantsに指定している(UKHSA, 2022b)。ただし、これ以外に感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。また、世界的には2022年4月をピークとしてXE系統のGISAIDへの登録数は減少している(outbreak. info, 2022)。
  • 　　組換え体は、世界全体で検出数が少ないため、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する。

 

参考 主な変異株の各国における位置付け(2022年6月28日時点）

系統名

感染研

WHO*

ECDC

英国 HSA

CDC

B.1.617.2
系統

(デルタ株)

VOC

→VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

variants

VBM

B.1.1.529
系統

(オミクロン株)

VOC

currently circulating VOC

※BA.4, BA.5, BA.2.12.1, BA2.9.1, BA2.11, BA.2.13:VOC-LUM

VOC

※BA.1,　BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2+L452X: VOI

BA.3: VUM

VOC

※BA.1,　BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2.12.1, BA.3: signals in monitoring

VOC

B.1.1.7 系統

(アルファ株)

VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

Variants

VBM

VOC: Variant of Concern（懸念される変異株）、VOC-LUM：VOC lineages under monitoring（VOCにおける監視下の系統）、VUM: Variant under Monitoring（監視下の変異株）、VOI: Variant of interest (注目すべき変異株)、VBM: Variant being Monitored（監視中の変異株）、De-escalated variant（警戒解除した変異株）、currently circulating(現在流行中）、previously circulating（かつて流行していた）、Signals in monitoring (監視中のシグナル）

     

 

引用文献

 

注意事項

  • 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

 

更新履歴

第 18報 2022/07/01 9:00時点
第 17報 2022/06/03 9:00時点
第 16報 2022/04/26 9:00時点
第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
第 ９報 2021/06/11 10:00 時点
第 ８報 2021/04/06 17:00 時点
第 ７報 2021/03/03 14:00 時点
第 ６報 2021/02/12 18:00 時点
第 ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
第 ４報 2021/01/02 15:00 時点
第 ３報 2020/12/28 14:00 時点
第 ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」

 

詳細

掲載日：2022年7月1日

第89回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年6月30日、厚生労働省）の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします（第89回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1）。

英語版（準備中）

感染状況について

全国の新規感染者数（報告日別）は、直近の１週間では10万人あたり約92人となり、今週先週比は1.17と増加に転じている。
また、年代別の新規感染者数は、概ね全ての年代で微増となっている。

新規感染者数の増加に伴い、療養者数及び重症者数は緩やかな増加に転じている。病床使用率は総じて低水準にあり、死亡者数は減少傾向にある。

実効再生産数：
全国的には、直近（6/12）で0.98と１を下回る水準となっており、首都圏では1.02、関西圏では0.97となっている。

詳細

掲載日：2022年6月24日

第88回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年6月23日、厚生労働省）の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします（第88回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1）。

英語版（準備中）

感染状況について

全国の新規感染者数（報告日別）は、直近の１週間では10万人あたり約78人となり、今週先週比は0.98と減少が続いているが、その減少幅は鈍化しつつある。また、年代別の新規感染者数は全ての年代において減少が続いている。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数、重症者数及び死亡者数は減少が続いている。

実効再生産数：
全国的には、直近（6/5）で0.94と１を下回る水準となっており、首都圏では0.93、関西圏では0.95となっている。

詳細
IASR-logo

2021年5～6月にかけて関東地方で発生した新型コロナウイルスB.1.617.2（デルタ株）症例に関する実地疫学調査で得られた2つの製造業事業所の対策に関する考察

(IASR Vol. 43 p145-146: 2022年6月号)

 

　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のB.1.617.2系統変異株（デルタ株）は, 2021年3月下旬に検疫で初めて検出され, 4月以降国内で急速に拡大した。この頃, 関東地方の自治体Aでは, 非正規の労働者を多く含む従業員数1,000名を超す製造業事業所2カ所でデルタ株の集団感染事例が確認された。これら2事例では工場内外でのデルタ株の広がり方が異なっていたため, 工場内で行われていた対策とともに報告する。

詳細
IASR-logo

群馬県において検出されたSARS-CoV-2デルタ株関連症例からみえた課題（2021年5月13日～10月12日）

(IASR Vol. 43 p147-149: 2022年6月号)

 

　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は, 2022年3月7日時点で, 全世界において4.4億人以上に感染し, 590万人以上を死に至らしめている1）。2019年12月に中国の武漢でみつかったSARS-CoV-2はその後, 様々な変異株が世界各地で確認されパンデミックを長引かせている。2020年末にインドで出現したとされるB.1.617.2系統の変異株であるデルタ株は, 2021年4月に日本でも検出され, 8月を中心に大きな流行を引き起こした2）。群馬県においてもデルタ株は, 2021年5月13日採取の検体で最初に確認され, 8月を中心に大きな流行を起こした。群馬県衛生環境研究所では, 国立感染症研究所病原体ゲノム解析研究センターと共同で, SARS-CoV-2のゲノム解析を行い, ハプロタイプ・ネットワーク図を作成し, 疫学情報とあわせて解析を行っている。その結果から, 群馬県におけるデルタ株の感染状況に関する知見を得たので報告する。

詳細
IASR-logo

寝屋川市保健所管内における高齢者通所施設における新型コロナウイルスオミクロン株感染事例

(IASR Vol. 43 p149-151: 2022年6月号)

 
背　景

　2019年12月に中国湖北省武漢市で不明肺炎として初めて報告された新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は, 2020年3月11日には世界的大流行（パンデミック）が世界保健機関（WHO）によって宣言された新興感染症である。数次の変異ウイルスの流行を経て, 2021年11月26日, WHOは南アフリカ共和国から報告された新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異ウイルスであるB.1.1.529系統（オミクロン株）を, 懸念される変異株（Variant of Concern: VOC）と分類した1）。2021年12月中旬以降, 日本国内においてオミクロン株によるCOVID-19の市中感染の報告が散見されるようになり, 2022年に入り大きな流行となった。2021年12月に大阪府寝屋川市内の社会福祉施設（高齢者向けリハビリデイケア）において, 本邦初と考えられるSARS-CoV-2オミクロン株症例の集団発生（クラスター）が認められた。施設において認められたオミクロン株症例の臨床像および推定感染経路についての分析結果を報告する。

詳細

掲載日：2022年6月9日

第87回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年6月8日、厚生労働省）の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします（第87回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1）。

英語版（準備中）

感染状況について

全国の新規感染者数（報告日別）は、直近の１週間では10万人あたり約97人となり、今週先週比は0.70と減少が続いている。また、年代別の新規感染者数は全ての年代において減少が続いている。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数及び重症者数は減少が続くとともに、横ばいで推移していた死亡者数も減少に転じている。

実効再生産数：
全国的には、直近（5/22）で0.91と１を下回る水準となっており、首都圏、関西圏ともに0.92となっている。

詳細

 

感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される

新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異株について （第17報）

 

国立感染症研究所
2022年6月3日9:00時点

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変異株の概況

  • 　　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2)変異株は、第16報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルス株のほぼ全てをオミクロン株が占め、その他の変異株はほとんど検出されていない。オミクロン株の中では、BA.2系統、BA.4系統、BA.5系統がそれぞれ94%、0.8%、1%を占めた（WHO, 2022a）。令和４年２月頃に全国的にデルタ株からオミクロン株のBA.1系統に置き換わり、その後、さらにオミクロン株のBA.2系統に置き換わり、現在の感染の主流系統となっている。B.1.1.529系統については、各国での流行拡大に伴い変異が進み、亜系統の分類が進められている。また、国内外でオミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関（WHO）はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称する一方、いくつかの亜系統(BA.4、BA.5、BA.2.12.1、BA.2.9.1、BA.2.11、BA.2.13)を「懸念される変異株（VOC）における監視下の系統（VOC-LUM; Variants of Concern linages under monitoring）」としている。
  • 　　BA.4系統、BA.5系統、BA.2.12.1系統は一部の国でBA.2系統から置き換わると共に、BA.2系統と比較して感染者増加の優位性や免疫逃避が指摘されており、今後の国内外の動向を注視する必要がある。特に、ヒト血清等を用いた抗原性評価により、BA.2に比べてこれらの系統に対しては軽度の中和活性の低下が指摘されているが、武漢株とオミクロン株との抗原性の乖離に比べると、その差は小さいと考えられ、既存のオミクロン株に比べてヒト免疫逃避能が向上しているかどうかについては、ワクチン効果等の疫学的評価も重要である。 また、現在、ワクチン接種率の向上や感染者の増加により、SARS-CoV-2に対する免疫を持つ人口が飛躍的に増加しており、免疫学的背景が多様化している。このような状況において現在のヒト集団での病原性がこれらの有する変異だけで決定される可能性は低いと考える。しかし、動物実験で従来のオミクロン株と比べて病原性が上昇している可能性を示唆する結果もあることから、特に、免疫不全者や重症者のウイルス系統については注意深く監視を継続する必要がある。
  • 　　オミクロン株の組換え体は、ほとんどの形質がまだ明らかでは無く、分類法も含めて今後の国内外の動向を注視する。
  • 　　B.1.351 系統の変異株（ベータ株）及びP.１系統の変異株（ガンマ株）については、世界的に検出数は継続して減少し、GISAID データベース上では最終検出日は、それぞれ、2021 年 3月21 日、 2022 年 1 月 10 日と２カ月以上にわたって検出が途絶えている。そのため、監視下の変異株(VUM)の位置付けから除外する。

 

オミクロン株の亜系統について

BA.2系統について

  • 国内ではBA.2系統が大半を占めている。BA.2系統はさらに亜系統のBA.2.1系統からBA.2.42系統まで分類されている。国内では、割合が多い順にBA.2、BA.2.3、BA.2.3.1、BA.2.10、BA.2.10.1、BA.2.3.2、BA.2.5、BA.2.1、BA.2.9、BA.2.12、BA.2.7、BA.2.12.1、BA.2.4系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は、BA.2.12.1を除き、明らかではない。
  • 　　BA.2系統の亜系統であるBA.2.12.1系統が3月中旬にニューヨーク州など米国東海岸で検出された。以降米国内での検出割合が増加し、5月26日時点で、米国全体で検出された株の57.9％を占めている(CDC, 2022)。また、GISAIDデータベースに44カ国から34,962件が登録されているが、その約90% が米国からである(Outbreak.info. 2022)。米国でBA.2系統からの置き換わりが進んでおり、BA.2系統に比較して25%程度の感染者増加の優位性が示唆されている(New York State, 2022)。一方で、米国内では症例数の増加とそれに伴う入院者数の増加がみられているが、死亡者数は増加がみられず、現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない（CDC, 2022)。　　　　　
  • 　　BA.2.12.1系統は、ベータ株やデルタ株が有していたスパイクタンパク質の変異箇所であるL452Qを有している。L452Q変異は中和抗体の結合に影響し、免疫逃避につながる可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。また、いくつかの研究によると、ヒト血清等を用いた抗原性評価により、軽度の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al.. 2022、Wang, Q. at al.. 2022)。。
  • 5月26日時点で、BA.2.12.1系統は検疫及び国内で検出されており、検疫での検出の多くは、米国からの入国者である。また、国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない。
  • BA.2.12.1系統に関する知見は限られており、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

 

BA.4/BA.5系統について 

  • BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカで検出された。BA.4系統、BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統は69/70欠失、L452R、F486V変異を有していることである。
  • 2022年5月26日までに、BA.4系統は30カ国から2,081件、BA.5系統は31カ国から1,580件が報告されている。共に欧米での検出報告が増加しているが、いまだ南アフリカからの報告が世界で最も多く、BA.4で約55%、BA.5で約23％を占めている(Outbreak.info, 2022)。
  • 米国疾病対策センター(CDC)、欧州疾病予防管理センター(ECDC)はBA.4、BA.5系統を他のオミクロン株と同様にVOCに含めている(CDC. 2022, ECDC. 2022b)。WHOはVOCの中で、伝播性の増加の兆候や他のVOCと比較して優位性を疑うアミノ酸変異を有するものとして、VOC-LUMに分類している(WHO, 2022b）。英保健安全保障庁(UKHSA)は5月20日にBA.4、BA.5をともにvariantsからVOCへ区分変更している(UKHSA. 2022a)。
  • 南アフリカ国内の検出報告ではBA.4系統、BA.5系統が占める割合が増加し、5月26日時点でBA.4系統、BA.5系統合わせて直近30日における検体の82%を占め（outbreak.info)、BA.2系統からの置き換わりが進むと共に、2022年4月から5月にかけて感染者数の増加が見られたことから、BA.2系統に比べて感染者増加の優位性が指摘されている（ECDC, 2022b)。また、ポルトガルでもBA.5の検出割合が上昇し、国内の感染者は増加している。南アフリカ、ポルトガルのデータからは、BA.5系統はBA.2系統に比較して12～13%の成長率の上昇が報告されている(ECDC, 2022a)。また、BA.4系統、BA.5系統はL452R変異を有しており、BA.2.12.1系統同様、L452の変異により免疫逃避の可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。
  • 新型コロナウイルスワクチン接種者及びオミクロン株感染者の血清を用いた抗原性評価では、BA.4系統、BA.5系統に対する抗体価はBA.1と比較して2.9倍から3.3倍、BA.2と比較して1.6倍から4.3倍の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al.. 2022、Wang, Q. at al.. 2022）。
  • 重症度についても評価のために必要な情報は十分でない。南アフリカでの入院者数は増加に転じているが、BA.4系統、BA.5系統が増加していることとの関連は不明である。また、死者数も微増傾向が見られるが、症例数の増加に伴うものか、BA.4系統、BA.5系統の形質によるものかは不明である（NICD South Africa 2022)。欧州においても、重症度の上昇につながる徴候は見られない(ECDC, 2022a)。
  • BA.2系統ウイルス株にオミクロン亜系統のスパイク遺伝子を置換した遺伝子組換えキメラウイルスを用いたハムスター感染実験の結果、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも高くなったことを示した報告がある (Kimura I et al, 2022)。ただし、デルタ株等のオミクロン株以外の従来株との比較はなく、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がオミクロン株出現前のSARS-CoV-2に比べて高くなっているのかについては不明である。
  • BA.4系統、BA.5系統の持つF486V変異は中和抗体の結合に影響を与える可能性が示唆されており、スパイクタンパク質の構造上casirivimab/imdevimabのcasirivimab、tixagevimab/cilgavimabのtixagevimabの効果に影響を与える可能性が示唆されている(UKHSA, 2022c)
  • 5月26日時点で、BA.4系統及びBA.5系統は検疫で検出されており、そのうちBA.5系統は、国内でも検出されている。
  • 現時点で、BA.4系統、BA.5系統は共に既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性がある可能性がある。引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。重症度に関しても、現時点で明らかな上昇につながる証拠はみられず、監視を継続していく必要がある。

 

組換え体について

  • 　　SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え（ 2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること）が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
  • 　　これまで、アルファ株(B.1.1.7系統）とB.1.177系統の組換え体(XA系統）、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統）、アルファ株(B.1.1.7系統）とデルタ株(AY.29系統）の組換え体（XC系統）、デルタ株とオミクロン株の組換え体（XD、XF、XS系統）にPANGO系統が付与されてきた。
  • 　　最近では、世界的なオミクロン株感染者の急増、そしてBA.1系統からBA.2系統への置き換わりが進行する中で、世界各地からこれらの組換え体が報告されており、PANGO系統が付与されてきている（XE、XG、XH、XJ、XK、XL、XM、XN、XP、XQ、XR、XT、XU、XV、XW)。また、PANGO系統がまだ付与されていない組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体も世界各地から報告されている。
  • 　　2022年5月26日現在、検疫及び国内で組換え体が検出されているが、現在もなお、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、組換え体の分類の在り方が確立しているとは言い難く、検疫で検出された3例がXE系統である以外はいずれも系統の分類は決定していない。
  • 　　組換え体については、現在XE系統がBA.2系統と比較して12.6%の成長率の上昇が示唆されている(UKHSA. 2022b)。ただし、これ以外に感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。
  • 　　組換え体は、世界全体で検出数が少ないため、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する。

    •  

    参考 主な変異株の各国における位置付け(2022年5月26日時点）

    系統名

    感染研

    WHO*

    ECDC

    英国 HSA

    CDC

    B.1.617.2
    系統

    (デルタ株)

    VOC

    currently circulating VOC

    VOC

    VOC

    VOC

    →VBM

    B.1.1.529
    系統

    (オミクロン株)

    VOC

    currently circulating VOC

    ※BA.4, BA.5, BA.2.12.1, BA2.9.1, BA2.11, BA.2.13:VOC-LUM

    VOC

    ※BA.1,　BA.2, BA.4, BA.5: VOC

    BA.3, BA.2+L452X: VUM

    VOC

    ※BA.1,　BA.2, BA.4, BA.5: VOC

    BA.3: signals in monitoring

    VOC

    B.1.1.7 系統

    (アルファ株)

    VUM

    previously circulating VOC

    De-escalated variant

    Variants

    VBM

    VOC: Variant of Concern（懸念される変異株）、VOC-LUM：VOC lineages under monitoring（VOCにおける監視下の系統）、VUM: Variant under Monitoring（監視下の変異株）、VBM: Variant being Monitored（監視中の変異株）、De-escalated variant（警戒解除した変異株）、currently circulating(現在流行中）、previously circulating（かつて流行していた）、Signals in monitoring (監視中のシグナル）

     

 

引用文献

 

注意事項

  • 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

 

更新履歴

    第 17報 2022/06/03 9:00時点
    第 16報 2022/04/26 9:00時点
    第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更
    「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
    第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
    第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
    第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
    第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
    第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
    第 ９報 2021/06/11 10:00 時点
    第 ８報 2021/04/06 17:00 時点
    第 ７報 2021/03/03 14:00 時点
    第 ６報 2021/02/12 18:00 時点
    第 ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更
    「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
    第 ４報 2021/01/02 15:00 時点
    第 ３報 2020/12/28 14:00 時点
    第 ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更
    「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
    第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」

     

詳細

掲載日：2022年6月2日

第86回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年6月1日、厚生労働省）の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします（第86回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1）。

英語版

感染状況について

全国の新規感染者数（報告日別）は、直近の１週間では10万人あたり約138人となり、今週先週比は0.73と減少が続いている。また、年代別の新規感染者数は全ての年代において減少している。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数及び重症者数は減少が続いている一方、死亡者数は横ばいとなっている。

実効再生産数：
全国的には、直近（5/15）で0.98と１を下回る水準となっており、首都圏、関西圏ともに0.98となっている。

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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