国立感染症研究所

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2022年4月28日9:00時点

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変異株の概況

• 　　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2)変異株は、第15報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）が支配的な状況が継続している。世界でも過去 30 日間にゲノム解析され GISAID 登録されたウイルス株の 99.5%をオミクロン株が占め、B.1.617.2系統の変異株（デルタ株）が 0.1%以下という状況が継続している（WHO 2022）。国内でも全てオミクロン株に置き換わった状況にある。
• 　　B.1.1.529系統については、各国での流行拡大に伴い変異が進み、亜系統の分類が進められている。また、2022年4月11日に報告した通り（オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp)）、オミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関（WHO）はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称している。
• 　　BA.1系統やBA.2系統を除き、亜系統や組換え体のほとんどは形質がまだ明らかではない。

オミクロン株の亜系統について
　（BA.1系統について）

• 　　BA.1系統はさらに亜系統に分類され、BA.1.1系統からBA.1.21.1系統まで分類されている。国内では、割合が多い順にBA.1.1.2、BA.1.1、BA.1.1.1、BA.1.15、BA.1、BA.1.17.2、BA.1.18、BA.1.1.7、BA.1.17、BA.1.1.13、BA.1.1.15、BA.1.16、BA.1.19、BA.1.13.1、BA.1.1.14、BA.1.1.10 系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は明らかではない。

　（BA.2系統について）

• BA.2系統はさらに亜系統に分類され、BA.2.1系統からBA.2.16系統まで分類されている。国内では、割合が多い順にBA.2、BA.2.3、BA.2.3.1、BA.2.10、BA.2.10.1、BA.2.3.2、BA.2.5、BA.2.4、BA.2.9系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は明らかではない。
• 　　国外では、BA.2系統の下位分類の中では、BA.2.12.1系統が3月中旬以降ニューヨーク州など東海岸を中心に米国内での検出割合の増加が報告されており（CDC 2022)、感染者増加の優位性が示唆されている。ニューヨーク州においては、症例数の増加に伴い入院者数の増加がみられているが、既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない（New York State 2022）　　　　　
• 　　BA.2.12.1系統は、GISAIDに14カ国から3,760件が登録されており（2022年4月25日時点）、その大半が米国からである。
• BA.2.12.1系統はL452Q変異を有している。L452はベータ株やデルタ株が有していたスパイクタンパク質の変異箇所であるが、この点変異による影響は現時点では明らかではない。ECDCは、BA.2系統にL452に変異が入ったもの（L452X)を「監視下の変異株（VUM）」に位置付けている。今後の米国など諸外国の状況、知見の収集、ゲノムサーベイランスでの監視を継続する必要がある。

（BA.4/BA.5系統について） 

• BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカから検出された。BA.4系統、BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統は69/70欠失、L452R, F486V変異を有していることである。
• 2022年4月25日までに、BA.4系統は9カ国から204件、BA.5系統は7カ国から79件が報告されている。共に、南アフリカからの報告が最多である。
• WHOは4月12日にBA.4、BA.5系統を他のオミクロン株と同様に「懸念される変異株（VOC）」に含めている(WHO 2022)。英・健康保護庁（HSA）はオミクロン株を系統ごとに分類しており、BA.4系統、BA.5系統はvariantに分類している（UK HSA 2022）。ECDCも2022年4月7日よりオミクロン株を系統別に監視しており、BA.4系統、BA.5系統は共に「注目すべき変異株（VOI）」としている（ECDC 2022）。
• 感染性についての評価は十分把握されている状況ではない。しかし南アフリカではBA.4系統は ハウテン州、BA.5系統はクワズール・ナタール州で初検出以降、全体に占める割合が増加している（outbreak.info)。それまで優勢であったBA.2系統からの置き換わりが進んでおり、BA.2系統に比べて感染者増加の優位性が指摘されている。2022年17週には感染者数が増加に転じているが、置き換わりとの関連は不明である（NICD South Africa 2022)。
• 重症度についても十分な情報は無いが、南アフリカの一部の週では入院者数が前週より増加しているが、BA.4系統、BA.5系統が増加していることとの関連は不明である（NICD South Africa 2022)。
• 現時点で、BA.4系統、BA.5系統は共に既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性がある可能性がある。しかし限られた地域での所見であり、世界全体で検出数が少ないため引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。重症度に関しても、現時点で明らかな上昇に繋がる証拠はみられず、監視を継続していく必要がある。
• BA.4、BA.5系統共に4月25日時点で日本国内、検疫での検出は確認されていない。

BA.2系統に関する分子疫学調査について

ゲノム解析による分子疫学は、十分に流行が抑制され、積極的疫学調査が詳細に行われていた状況にあっては、クラスター調査などの疫学調査の情報と組み合わせることにより、クラスターの追跡を含め感染拡大の背景を推測するのに役立ってきた（オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp)）。一方、流行が大幅に拡大した状況では、ゲノム解析される検体が全体に占める割合は少数（１％程度）となり、また、積極的疫学調査の実施も限定的となっている。こうした状況下では、クラスターの追跡はもとより、詳細な背景情報を伴う事例も限定的となり、ゲノム解析による情報と疫学調査の情報とを十分に組み合わせることが出来なくなっている。このような状況下では、ゲノムネットワーク図による分析で感染拡大の背景を説明することは一層困難となってきている。よって、分析のもととなるデータが限定的であり解釈には慎重さが必要であるとの前提のうえで、現時点でわかることを以下に記述する。

• 　　国立感染症研究所および地方衛生研究所等において、2022年4月11日までに登録されたゲノム情報を分析した。全ゲノム解析により確認されたB.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）のうちBA.2系統は国内2,698例（検疫を含まない）であった。なお、ネットワーク分析に用いるウイルスゲノムは、全配列を完全に解読できたもの（complete事例）に限られるが、全配列を解読できたゲノムの割合は少ない。また、ウイルスの全ゲノム確定数・ゲノム解析の実施割合等が地域によって異なるため、必ずしも地域での真の流行状況を反映していないことに留意が必要である。
• 　　国内で流行するオミクロン株（BA.2系統）の系譜について国立感染症研究所で分子疫学調査を行った。2022年2月中旬から国内で顕在化したオミクロン株は複数の系譜の存在が示唆され、海外から流入した系譜から、各地へ波及したことが示唆された（図：2022年4月11日までに登録されたオミクロン株（BA.2系統）2,698件のゲノム情報に基づく分析）。
• 　　BA.2系統について、2022年1月上旬から関東・関西地方を中心に検出された系譜（図中の①）から全国へ波及し、それぞれの地域に特徴的な分布に発展している様子が示唆された。主に欧州で検出され大流行となった上流の系譜に近縁であり、BA.2系統が出現した初期のゲノム配列との相同性がある。
•            BA.2.3系統（図中の②）について、①からさらに2塩基の変異があり、主に関東地方で広く検出され、感染伝播している様子が示唆された。主に欧米で検出された系譜と相同性が高い。
•            BA.2.3系統（図中の③）について、②の感染伝播から変異が派生し、関西・九州地方で大きく拡大し、当該地域を中心に感染伝播している様子も示唆された。主に欧米で検出された系譜と相同性が高いが、③は②から５塩基変異（およそ２ヶ月半の時間差）を示す離れた系譜であることから、国内で②から③へ発展した以外にも、個別の流入事例から発展した可能性も考えられる。
•            以上のように、由来がそれぞれ異なる可能性があるBA.2系統の系譜がいくつか存在し、それらは複数の系譜から拡散した可能性がある。海外で発生し流行した複数のBA.2系統の流入が起点となっていたと考えられる。そして、それぞれの系譜ごとに、地域に特徴的な分布に発展し、必ずしも全国均一に拡大していないことが示唆された。
• 　　  なお、欧州などで検出されているものと相同性が高いものも認められるが、その流入の由来について、相同性が高いことのみを理由に結論付けることはできない。それぞれの起点となる系統が、ある国で多く検出される系統と近縁ということは言えても、それが実際にその国から流入したかどうかは、流行拡大期は疫学調査が十分に実施されておらず、疫学調査の情報との突合が十分に実施できておらず判別できない。その国の渡航者から得られた検体であること、また、その国の渡航者との濃厚接触のあった者の検体であること等がわかっていれば、その系統についてはその国から持ち込まれた蓋然性が高いと言えるが、そうした疫学調査の情報の突合が十分ではない。

組換え体について

• 　　新型コロナウイルスBA.1系統・BA.2系統の組換え体について、前回の記事（オミクロン株の組換え体について (niid.go.jp)）に記載のとおり検疫でXEを含む3件の組換え体を把握している。
• 　       組換え体についてはオミクロン株以外でも2021年10月に検出を報告（アルファ株とデルタ株の組換え体とみられるウイルスの検出について(niid.go.jp)）しているが、特に最近オミクロン株を中心に検出され報告されており、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、組換え体の分類の在り方が確立しているとは言い難い。よってこれまで把握されている3件の組換え体についても、XEのほかは、組換え体であることは判断できても系統の分類については決定していない。
•       　これまでの検疫検体から、BA.1系統とBA.2系統の組換え体である可能性のあるものを探索したところ、2022年4月21日現在、上記3件のほか6件が把握されたが、上記のとおり、系統の分類についてはいずれも決定していない。また、国内でも、組換え体を1件把握しているが、系統の分類はできていない。これまでのところ当該者の接触者等、周囲からのさらなる検出はない。
•            組換え体については現在までのところ、感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。

参考 主な変異株の各国における位置付け（2022年4月25日時点）

  VOC: Variant of Concern（懸念される変異株）、VOI: Variant of Interest（注目すべき変異株）、VUI：Variant under Investigation（調査中の変異株）、VUM: Variant under Monitoring（監視下の変異株）、VBM: Variant being Monitored（監視中の変異株）、De-escalated variant（警戒解除した変異株）、currently circulating(現在流行中）、previously circulating（かつて流行していた）、Signals in monitoring (監視中のシグナル）

引用文献

• 　　CDC. COVID Data Tracker as of 22 April 2022. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions
• 　　European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 7 April 2022. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.
•  　　 National Institute for Communicable Diseases COVID-19 Surveillance Reports　https://www.nicd.ac.za/diseases-a-z-index/disease-index-covid-19/surveillance-reports/
•           New York State. COVID-19 Data in New York. https://coronavirus.health.ny.gov/covid-19-data-new-york.
•           Outbreak. info. https://outbreak.info/
•           UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variant data update, England. Version 25. 25 March 2022.　https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1063301/routine-variant-data-update-25-data-england-25-march-2022.pdf
•           UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 40. 8 April 2022.　https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1067672/Technical-Briefing-40-8April2022.pdf
• 　   WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 88, published 20 April 2022.
  https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---20-april-2022

注意事項

• 　　迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

更新履歴

第 16 報 2022/4/26 9:00時点
第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
第 ９報 2021/06/11 10:00 時点
第 ８報 2021/04/06 17:00 時点
第 ７報 2021/03/03 14:00 時点
第 ６報 2021/02/12 18:00 時点
第 ５報 2021/01/25 18:00 時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
第 ４報 2021/01/02 15:00 時点
第 ３報 2020/12/28 14:00 時点
第 ２報 2020/12/25 20:00 時点 注）第１報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
第 １報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」

国立感染症研究所

2022年4月11日

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•        SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え（2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること）が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
•        これまで、アルファ株(B.1.1.7系統）とB.1.177系統の組換え体(XA系統）、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統）、アルファ株(B.1.1.7系統）とデルタ株(AY.29系統）の組換え体（XC系統）、デルタ株とオミクロン株の組換え体（XD、XF、XS系統）にPANGO系統が付与されてきた。
•        最近では、世界的なオミクロン株感染者の急増、そしてBA.1系統からBA.2系統への置き換わりが進行する中で、世界各地からこれらの組換え体が報告されており、PANGO系統が付与されてきている（XE, XG, XH, XJ, XK, XL, XM, XN, XP, XQ, XR)。また、PANGO系統がまだ付与されていない組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体も世界各地から報告されている。
•       これらの組換え体の多くは、形質の変化は明らかになっていないが、唯一、XE系統については、イングランドではコミュニティ伝播が認められており、感染者の増加する速度がBA.2より12.6％高いことを報告している。なお、直近３週間に限れば20.9%高いとの解析結果もあるが、検査政策の変更の影響等含めて精査中であり、XE系統の増加優位性を示す数値として解釈すべきではないとしている。イングランドでは4月5日時点で1,125件が報告されているが、全体に占める割合は1％未満である。その他GISAIDには、米国（３件）、デンマーク(1件）、アイルランド（１件）よりGISAIDに登録があり、さらに他の国からも検出されたことを報告する報道がある。重症度等の形質の変化に関する報告はない。英国は、現在流行中の変異株に比べて生物学的に性質が異なると考えられる"Variants"の一つに位置付け、ECDCはVUM（監視下の変異株）に位置付けている。
•        このXE系統について、国立感染症研究所は、検疫で2022年3月26日に採取された検体から１件を確認した。PANGO系統判定プログラムで判定不能であったため、遺伝子配列の解読データを確認し、遺伝子配列の詳細な解析を行った結果、XE系統と判定した。なお、このXE系統が英国で流行しているものに由来するか、それとは異なる場所で生じた組換え体であるかはゲノム情報だけから判定することはできない。
•        XE系統は、ウイルスの抗原性を規定し標的細胞への侵入に関与するスパイクタンパク質はBA.2系統と同一であり、ウイルス粒子の基本的な性状はBA.2系統の形質を有すると考えられる。ウイルスのスパイクタンパク質を標的とする中和抗体医薬やワクチンの効果も、BA.2系統に対する効果と同等と考えられるが、組換え箇所にコードされるウイルス遺伝子の機能変化等のゲノム組換え現象がウイルス感染に与える影響については不明であり、感染伝播性や病原性などのウイルスの形質の変化の有無や感染拡大状況を注視していく必要がある。国立感染症研究所の病原体検出マニュアルに記載のPCR検査法のプライマー部分に変異は無く、検出感度の低下はないと考えられる。
•       また、遺伝子配列上はオミクロン株間の組換え体と考えられる検体が検疫でほかに2検体検出されているが、これまで分類されている系統には該当せず、PANGO系統は判定できなかった。
•        国内では、過去にXC系統（AY.29系統とB.1.1.7系統）の組換え体を国内で検知した例がある。XC系統は計24検体を検出したものの、2021年10月16日を最後にその後検出されていない。デルタ株とオミクロン株、オミクロン株間の組換え体は国内では検出されていない。
•       XE系統に限らず、また、組換え体に限らず、感染拡大状況を注視し、感染・伝播性や免疫回避等の生物学的性質が大幅に変化し社会に大きなインパクトをもたらす変異株の発生を監視していく必要がある。引き続き、諸外国の状況や知見等も収集しつつ、ゲノムサーベイランスによる監視を行っていく。

参考文献

•       国立感染症研究所. 感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異株について （第15報）. 2022年3月28日時点.
•       Sekizuka T, et al. Genome Recombination between Delta and Alpha Variants of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Jpn J Infect Dis. 2022 Feb 28. doi: 10.7883/yoken.JJID.2021.844.
•       UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: Technical briefing 40. 8 April 2022.