国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ

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国立感染症研究所

2022 年 7月27日 9:00 時点

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変異株の概況

  •   新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株は、第18報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株(オミクロン株)が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルス株のほぼ全てをオミクロン株が占め、その他の変異株はほとんど検出されていない。オミクロン株の中では、BA.2系統、BA.2.12.1系統、BA.4系統、BA.5系統がそれぞれ2.61%、4.51%、10.57%、53.59%を占め、BA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進んでいる(WHO, 2022a)。国内では、2022年2月頃に全国的にデルタ株からオミクロン株のBA.1系統、その後BA.2系統へと置き換わりがみられ、現在はBA.5系統とその亜系統へ置き換わったと推定される。また、国内外でオミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関(WHO)はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称する一方、いくつかの亜系統(BA.4、BA.5、BA.2.12.1、BA.2.9.1、BA.2.11、BA.2.13、BA.2.75)を「懸念される変異株(VOC)における監視下の系統(VOC-LUM; Variants of Concern linages under monitoring)」としている。
  •   BA.4系統、BA.5系統はBA.2系統と比較して感染者増加の優位性や免疫逃避が指摘されており、世界的にBA.2系統からの置き換わりが進んでいる。BA2.12.1系統は米国でBA.2系統からの置き換わりがみられたが、その後さらにBA.5系統への置き換わりが進んでいる。BA.4系統、BA.5系統、BA2.12.1系統いずれも既存のオミクロン株と比較して重症度の上昇につながる証拠はみられない。
  •   BA.2.75系統は2022年6月にインドで初めて報告されたBA.2系統の亜系統である。スパイクタンパク質の変異からワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆されているが、世界的に検出数が少なく、今後の国内外での動向を注視する必要がある。
  •   オミクロン株の組換え体は、ほとんどの形質がまだ明らかでは無く、分類法も含めて今後の国内外の動向を注視する。

 

オミクロン株の亜系統について

 

BA.2系統について

  •   BA.2系統はさらに亜系統のBA.2.1系統からBA.2.81系統まで分類されている(Cov-lineages.org, 2022)が、これらの亜系統間での形質の差異は、BA.2.12.1を除き、明らかではない。なお、2022年6月から7月にかけてBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進行し、7月4週時点で90%を超えたと推定される。
  •   BA.2系統の亜系統であるBA.2.12.1系統が2022年3月中旬に米国東海岸で検出され、以降米国内での検出割合が上昇し、6月上旬に米国全体で検出された株の約60%を占める状態となったが、BA.5系統の割合の増加とともに、BA.2.12.1系統の占める割合は低下している (CDC, 2022)。BA.2系統に比較して25%程度の感染者増加の優位性が示唆されているが(New York State, 2022)、既存のオミクロン株と比較した重症度の上昇の証拠はみられない(WHO, 2022a)。
  •   BA.2系統の亜系統であるBA.2.75系統が2022年6月にインドから報告され、7月26日時点で、17か国からGISAIDに470件が登録された。このうち337件はインドからの登録である(covSPECTRUM, 2022)。WHOはBA.2.75系統を、VOCの中で伝播性の増加の兆候や他の懸念される変異株(VOC)と比較して優位性を疑うアミノ酸変異を有するものとして、VOC-LUMに分類しており(WHO, 2022b)、欧州疾病予防管理センター(ECDC)は注目すべき変異株(VOI)に分類している(ECDC, 2022b)。なお、GISAIDの登録情報では、BA.2.75系統は、日本では7月26日時点で検疫で2検体および国内12検体が検出されている。国内検体で採取された日付が最も早いものは7月1日だった。国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない。
  •   BA.2.75系統は、BA.2系統と比較して、スパイクタンパク質にK147E、W152R、F157L、I210V、G257S、G339H、G446S、N460Kの各変異を有しており、BA.1系統、BA.2系統などで見られたQ493R変異は有さない (GitHub, 2022)。これらスパイクタンパク質の変異は抗体結合部位の構造に影響している可能性が高く、例えばG446S変異はBA.1系統と共通する変異で、ワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆される。ヒト血清を用いた抗原性の評価では、BA.2.75系統の中和抗体からの逃避は、BA.2.12.1系統より強く、BA.4/BA.5系統に比べて弱いことが示唆されている(Cao Y. et al., 2022a)。
  •   インドではBA.2系統とその亜系統が主流であったが、2022年5月以降BA.5系統の割合が上昇しつつあった。そのような傾向の中で、6月以降BA.2.75系統の割合の上昇が検出されたことから、BA.5系統に対するBA.2.75系統の感染者増加の優位性の有無を注視している。このようなBA.2.75系統の割合の上昇はインドで観察されているのみである。5月には低水準で推移していた感染者数や死亡者数が6月以降増加傾向に転じているが、BA.2.75系統の報告数の多いマハーラーシュトラ州では7月以降感染者数は減少に転じており、BA.2.75系統の増加が感染者数や死亡者数の増加と関係があるかは現時点では不明であり、他の系統と比較した感染伝播性、重症度に関する明らかな知見はない。疫学的な評価については、今後の各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。また、BA.2.75系統は既に複数国で検出されていることから、現在の検出状況は過小評価である可能性があることに留意が必要である。

 

BA.4/BA.5系統について

  •   BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカで検出された。BA.4/BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統はスパイクタンパク質に69/70欠失、L452R、F486V変異を有していることである。また、BA.4系統の亜系統としてBA.4.1~4.7系統があり、BA.5系統の亜系統としてBA.5.1~5.6系統およびBA.5.2系統の亜系統であるBF.x系統、BA.5.3系統の亜系統であるBE.x系統があるが(Cov-lineages.org, 2022)、それぞれBA.4系統、BA.5系統との形質的な差については知見が得られていない。
  •   BA.5系統は世界的に検出数が増加し、2022年27週(7月4日から10日)時点でBA.5系統とその亜系統が全世界で検出された株の53.59%を占め(WHO, 2022a)、BA.2系統からの置き換わりが進んでいる。
  •   米国疾病管理予防センター(CDC)、ECDCはBA.4/BA.5系統を他のオミクロン株と同様にVOCに含めている(CDC. 2022, ECDC. 2022b)。WHOはVOC-LUMに分類している(WHO, 2022b)。英健康安全保障庁(UKHSA)は2022年5月20日にBA.4/BA.5系統をともにvariantsからVOCへ区分変更している(UKHSA, 2022a)。
  •   南アフリカでは2022年4月から5月にかけてBA.4系統、BA.5系統が占める割合がそれぞれ上昇し、BA.2系統からの置き換わりが進むと共に同時期の感染者数の増加が見られ、ポルトガルにおいても5月にBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進み、感染者数の増加が見られたことから、BA.5系統はBA.2系統に比較して12~13%の成長率の上昇が指摘されている(ECDC, 2022a)。また、英国でも5月以降BA.4/BA.5系統の検出割合が上昇しており7月にはBA.5系統が英国内での主流となった (UKHSA, 2022a)。米国ではBA.2.12.1系統が優位であったが、6月以降BA.5系統の占める割合が上昇し、置き換わりが進んでいる (CDC, 2022)。そのほか欧州各国においてBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進んでいるが、感染者数の増加については国によって差がみられる。
  •   デンマークにおける分析では、BA.2系統感染に比したBA.5系統感染の入院のオッズ比(調整後)が1.65 (95%CI:1.16-2.34)と、BA.5系統感染による入院リスクの増加を示唆する報告があるが、調査期間中の入院数は少なく、BA.5系統流行以前と比較して大きな変動は見られていない(Hansen CH. Et al., 2022)。一方、南アフリカからの報告では、入院、死亡のいずれもBA.1系統流行時とBA.4/BA.5系統流行時に統計学的な差はなかった(Davis MA. et al., 2022)。ただし、いずれも査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である。BA.4/BA.5系統の流行における現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない(WHO, 2022a、UKHSA, 2022a)
  •   BA.4系統、BA.5系統はL452R変異をはじめとするスパイクタンパク質の変異を有しており、中和抗体の結合に影響を与える可能性が示唆されている。BA.2.12.1系統同様、L452の変異により免疫逃避の可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022b)ほか、ワクチン接種者およびオミクロン株感染者の血清を用いた抗原性評価では、BA.4/BA.5系統に対する抗体価はBA.1と比較して2.9倍から3.3倍、BA.2と比較して1.6倍から4.3倍の中和活性の低下が指摘されているが、査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である(Hachmann NP. et al., 2022)。また、抗体医薬のうちsotrovimab、bamlanivimab、casirivimab、etesevimab、imdevimab、tixagevimabの中和活性の低下、cilgavimabへの抵抗性の上昇が示唆されている (WHO, 2022a)。
  •   BA.2系統ウイルス株にオミクロン亜系統のスパイク遺伝子を置換した遺伝子組換えキメラウイルスを用いたハムスター感染実験の結果、BA.4/BA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも高くなったこと、および培養細胞を用いた実験で、BA.4/BA.5系統のスパイクを持つウイルスがBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも効率的にヒト肺胞上皮細胞で示した報告があるが、実験室内での動物、培養細胞を用いた実験であり臨床的に観察されたものではないこと、査読を受けていないプレプリント論文の報告であることに注意が必要である (Kimura I et al., 2022)。ただし、デルタ株等のオミクロン株以外の従来株との比較はなく、BA.4/BA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がオミクロン株出現前のSARS-CoV-2に比べて高くなっているのかについては不明である。
  •   国内では2022年6月から7月にかけてBA.2系統BA.5系統への置き換わりが進行し、7月4週時点で90%を超えたと推定される。既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性が指摘されており、各地で感染者数の増加がみられている。重症度の増加は指摘されていないが、感染者数の増加を反映する形での重症者数、死亡者数の増加がみられる可能性があるため、引き続き知見の収集、国内の感染者数、重症者数の推移の注視とともに、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

組換え体について

  •   SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え( 2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること)が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
  •   これまで、アルファ株(B.1.1.7系統)とB.1.177系統の組換え体(XA系統)、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統)、アルファ株(B.1.1.7系統)とデルタ株(AY.29系統)の組換え体(XC系統)、デルタ株とオミクロン株の組換え体(XD、XF、XS系統)、オミクロン株BA.1系統とBA.2系統の組換え体(XE、XG、XH、XJ、XK、XL、XM、XN、XP、XQ、XR、XT、XU、XV、XW、XY、XZ、XAA~XAH系統)、BA2.12.1系統とBA.4系統の組み替え体(XAJ系統)にPANGO系統が付与されてきている(cov-lineages org, 2022)。ただし、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、PANGO系統がまだ付与されていない、組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体が、日本を含め世界各地から報告されている。
  •   組換え体のうち、XE系統はBA.2系統と比較して12.6%の成長率の上昇が示唆されており、UKHSAはXE系統をvariantsに指定している(UKHSA, 2022b)が、2022年4月以降世界的にXE系統のGISAIDへの登録数は減少している(outbreak. info, 2022)。また、これ以外に感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。世界全体で組換え体の検出数が少ないため、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する。

参考 主な変異株の各国における位置付け(2022 年 7月 29日時点)

系統名

感染研

WHO*

ECDC

英国 HSA

CDC

B.1.617.2 系統

(デルタ株)

VUM

Previously circulating VOC

De-escalated variant

Variants

VBM

B.1.1.529 系統

(オミクロン株)

VOC

currently circulating VOC

※BA.4, BA.5, BA.2.12.1, BA2.9.1, BA2.11, BA.2.13, BA.2.75:VOC-LUM

VOC

※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2+L452X, BA.2.75: VOI

BA.3: VOM

VOC

※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA2.12.1, BA.2.75: Variants
BA.3: signals in monitoring

VOC

B.1.1.7 系統

(アルファ株)

VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

Variants

VBM

VOC: Variant of Concern(懸念される変異株)、VOC-LUM:VOC lineages under monitoring(VOCにおける監視下の系統)、VUM: Variant under Monitoring(監視下の変異株)、VOI: Variant of interest (注目すべき変異株)、VBM: Variant being Monitored(監視中の変異株)、De-escalated variant(警戒解除した変異株)、currently circulating(現在流行中)、previously circulating(かつて流行していた)、Signals in monitoring (監視中のシグナル)


引用文献

注意事項

  •   迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

更新履歴

第19報 2022/07/27  9:00時点

第18報 2022/07/01  9:00時点

第17報 2022/06/03  9:00時点

第16報 2022/04/26  9:00時点

第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注)タイトル変更

          「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」

第 14 報 2021/10/28  12:00 時点

第 13 報 2021/08/28  12:00 時点

第 12 報 2021/07/31  12:00 時点

第 11 報 2021/07/17  12:00 時点

第 10 報 2021/07/06  18:00 時点

第  9報 2021/06/11 10:00 時点

第  8報 2021/04/06 17:00 時点

第  7報 2021/03/03 14:00 時点

第  6報 2021/02/12 18:00 時点

第  5報 2021/01/25 18:00 時点 注)タイトル変更

「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」

第  4報 2021/01/02 15:00 時点

第  3報 2020/12/28 14:00 時点

第  2報 2020/12/25 20:00 時点 注)第1報からタイトル変更

「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」

第  1報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株(VUI-202012/01)の検出について」

IASR-logo

埼玉県衛生研究所でのCOVID-19疑い例における病原体検出状況

(IASR Vol. 43 p168-170: 2022年7月号)

 

 臨床的に新型コロナウイルス感染症(COVID-19)が疑われた症例について, real-time RT-PCR検査で新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)を含め, 病原体検索を行ったので結果を報告する。

IASR-logo

SARS-CoV-2オミクロン株BA.2系統に特徴的なS371F変異を検出するための工夫―秋田県

(IASR Vol. 43 p170-171: 2022年7月号)

 

 目下のところ, 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)オミクロン株を検出する方法として, BA.1系統とBA.2系統の両方にみられるG339D変異と, BA.1系統のみにみられるT547K変異を検出する2波長TaqMan assayを基本原理としたPCR検査プロトコール1)が報告されている。一方, 3月以降にゲノム解析によりBA.1系統よりも感染力が高いとされるBA.2系統の検出例が増えてきたことから, 両者を効率的に鑑別できるスクリーニング手法があればモニタリングに寄与するものと考えられた。我々は先にN501Y変異検出PCRプロトコールに最小限度の改変を加えることで, R.1系統にみられるE484K変異の検出能を付加する工夫を行った2)。今回, その手法を応用してG339D変異検出PCRプロトコールにBA.2系統特異的な変異の検出能を付加することができたので報告する。

掲載日:2022年7月28日

第92回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年7月27日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第92回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約978人となり、今週先週比は1.89と急速な増加が継続している(今週先週比は3連休の影響にも注意が必要)。全国的にこれまでで最も高い感染レベルを更新し続けるとともに、全ての年代で増加している。

新規感染者数の増加に伴い、療養者数も増加が継続し、病床使用率は、地域差が見られるものの総じて上昇傾向が続き、医療提供体制に大きな負荷が生じている地域もある。
また、重症者数や死亡者数も増加傾向が続き、今後の動向に注意が必要。

実効再生産数:
全国的には、直近(7/10)で1.24と1を上回る水準となっており、首都圏、関西圏ともに1.26となっている。

掲載日:2022年7月25日

第91回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年7月21日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第91回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約565人となり、今週先週比は1.72と急速な増加が継続している。 また、全国的にこれまでで最も高い感染レベルとなるなど、全ての都道府県や年代で増加している。

新規感染者数の増加に伴い、療養者数は増加し、病床使用率は、地域差が見られるものの総じて上昇傾向にある。
大都市部を始め多くの地域において3割を超え、一部で5割を超える地域も見られる。
また、重症者数や死亡者数は、低水準にあるものの増加傾向にある。

実効再生産数:
全国的には、直近(7/3)で1.23と1を上回る水準となっており、首都圏、関西圏ともに1.25となっている。

掲載日:2022年7月14日

第90回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年7月13日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第90回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約290人となり、今週先週比は2.14と急速に増加している。また、全ての都道府県や年代で増加している。

新規感染者数の増加に伴い、療養者数は増加し、病床使用率は総じて低水準にあるものの上昇傾向にある。

現時点では、重症者数や死亡者数は低水準で推移している。

実効再生産数:
全国的には、直近(6/26)で1.14と1を上回る水準となっており、首都圏では1.19、関西圏では1.16となっている。

 

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株BA.2.75系統について

 

国立感染症研究所
2022年7月8日時点

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BA.2系統の亜系統であるBA.2.75系統が定義された(cov-lineages.org, 2022)。該当する最初の検体は、6月2日にインドから報告されたものである(GitHub, 2022)。7月7日時点で、GISAIDに登録された64件が該当すると考えられ注)、うち48件はインドからの登録であり、マハーラーシュトラ州から最も多くの報告がある。そのほか、英国、ドイツ、米国、カナダ、オーストラリア、ニュージーランドから報告がある(covSPECTRUM, 2022)。日本ではインドに渡航歴がある者から検疫で検出された1件が該当するとみられるが(6月13日検体採取分)、国内では検出されてない。

BA.2.75系統は、BA.2系統と比較して、スパイクタンパク質にK147E、W152R、F157L、I210V、G257S、G339H、G446S、N460Kの各変異を有しており、BA.1系統、BA.2系統などで見られたQ493R変異は有さない (GitHub, 2022)。これらスパイクタンパク質の変異は抗体結合部位の構造に影響している可能性が高く、例えばG446S変異はBA.1系統と共通する変異で、ワクチン接種による中和抗体からの逃避への影響が示唆される。

インドではBA.2系統とその亜系統が主流であったが、BA.5系統の割合が上昇しつつあった。そのような傾向の中で、6月以降BA.2.75系統の割合の上昇が検出されたことから、BA.5系統に対するBA.2.75系統の感染者増加の優位性を注視している。このようなBA.2.75系統の割合の増加はインドで観察されているのみである。インドでは5月には低水準で推移していた感染者数や死亡者数が6月以降増加傾向に転じているが、BA.2.75系統の相対的増加と関係があるかは現時点では不明である。疫学的な評価については、今後の各国での検出状況、感染者数や重症者数の推移を注視する必要がある。また、BA.2.75系統は既に複数国で検出されていることから、現在の検出状況は過小評価である可能性があることに留意が必要である。

 

注)BA.2.75はPangolinの判別データベースに反映されていないため、データベースの検索式の入力方法によって数が異なる場合がある。

 

引用文献

 

 

 

 

感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株について (第18報)

 

国立感染症研究所
2022年7月1日9:00時点

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変異株の概況

  •   新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株は、第17報時点と同様に、B.1.1.529系統の変異株(オミクロン株)が支配的な状況が世界的に継続している。世界でゲノム解析され GISAID データベースに登録されたウイルス株のほぼ全てをオミクロン株が占め、その他の変異株はほとんど検出されていない。オミクロン株の中では、BA.2系統、BA.2.12.1系統、それ以外のBA.2系統の亜系統(BA.2.x)、BA.4系統、BA.5系統がそれぞれ36%、17%、12%、9%、25%を占めた(WHO, 2022a)。国内では、令和4年2月頃に全国的にデルタ株からオミクロン株のBA.1系統に置き換わり、その後、さらにオミクロン株のBA.2系統に置き換わり、現在の感染の主流系統となっている。B.1.1.529系統については、各国での流行拡大に伴い変異が進み、亜系統の分類が進められている。また、国内外でオミクロン株間のさまざまな組換え体が報告されている。世界保健機関(WHO)はこれらのB.1.1.529系統の亜系統であるBA.x系統および組換え体を全て含めて「オミクロン株」と総称する一方、いくつかの亜系統(BA.4、BA.5、BA.2.12.1、BA.2.9.1、BA.2.11、BA.2.13)を「懸念される変異株(VOC)における監視下の系統(VOC-LUM; Variants of Concern linages under monitoring)」としている。
  •   BA.4系統、BA.5系統、BA.2.12.1系統は一部の国でBA.2系統から置き換わると共に、BA.2系統と比較して感染者増加の優位性や免疫逃避が指摘されており、今後の国内外の動向を注視する必要がある。一方で、BA.4系統、BA.5系統、BA2.12.1系統いずれも既存のオミクロン株と比較して重症度の上昇につながる証拠はみられない。ヒト血清等を用いた抗原性評価により、BA.2に比べてこれらの系統に対しては軽度の中和活性の低下が指摘されているが、武漢株とオミクロン株との抗原性の乖離に比べると、その差は小さいと考えられ、既存のオミクロン株に比べてヒト免疫逃避能が向上しているかどうかについては、ワクチン効果等の疫学的評価も重要である。 また、現在、ワクチン接種率の向上や感染者の増加により、SARS-CoV-2に対する免疫を持つ人口が飛躍的に増加しており、免疫学的背景が多様化している。このような状況において現在のヒト集団での病原性がこれらの有する変異だけで決定される可能性は低いと考える。しかし、動物実験で従来のオミクロン株と比べて病原性が上昇している可能性を示唆する結果もあることから、特に、免疫不全者や重症者のウイルス系統については注意深く監視を継続する必要がある。
  •   オミクロン株の組換え体は、ほとんどの形質がまだ明らかでは無く、分類法も含めて今後の国内外の動向を注視する。
  •   B.1.617.2系統の変異株(デルタ株)については、2020年12月にインドで初めて検出され、2021年7月頃から世界的に支配的な状況が続いていたが、オミクロン株の流行が起きた2022年1月以降世界での検出数は限りなく少なくなっている。また、国内でも2022年3月14日以降約3ヶ月間検出が途絶えていることから、監視下の変異株(VUM)に位置付けを変更する。

 

オミクロン株の亜系統について

BA.2系統について

  • 国内ではBA.2系統が大半を占めている。BA.2系統はさらに亜系統のBA.2.1系統からBA.2.75系統まで分類されている(Cov-lineages.org, 2022)。国内では、割合が多い順にBA.2、BA.2.3、BA.2.3.1、BA.2.10、BA.2.24、BA.2.29、BA.2.10.1、BA.2.10.2、BA.2.18、BA.2.12.1、BA.2.3.2、BA.2.5、BA.2.9、BA.2.1、BA.2.17、BA.2.7、BA.2.12、BA.2.4、BA.2.6、BA.2.38系統といった亜系統が検出されている。これらの亜系統間での形質の差異は、BA.2.12.1を除き、明らかではない。
  •   BA.2系統の亜系統であるBA.2.12.1系統が3月中旬にニューヨーク州など米国東海岸で検出された。以降米国内での検出割合が上昇し、5月下旬以降は米国全体で検出された株の約60%を占める状態が続いている(CDC, 2022)。また、6月24日時点でGISAIDデータベースに69カ国から139,215件が登録されているが、その約86% が米国からである(Outbreak.info, 2022)。米国でBA.2系統からの置き換わりが進んだことから、BA.2系統に比較して25%程度の感染者増加の優位性が示唆されている(New York State, 2022)。一方で、現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない(WHO, 2022a)。     
  •   BA.2.12.1系統は、ベータ株やデルタ株が有していたスパイクタンパク質の変異箇所であるL452Qを有している。L452Q変異は中和抗体の結合に影響し、免疫逃避につながる可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。また、いくつかの研究によると、ヒト血清等を用いた抗原性評価により、軽度の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al., 2022、Wang, Q. at al., 2022)。
  • 6月24日時点で、BA.2.12.1系統は検疫及び国内で検出されているが、国内症例において特筆すべき地域特性はなく、ゲノム情報においても感染リンクを示す情報/証拠はない。
  • 引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

 

BA.4/BA.5系統について 

  • BA.1系統、BA.2系統、BA.3系統に加え、2022年1月にBA.4系統が、2月にBA.5系統がいずれも南アフリカで検出された。BA.4系統、BA.5系統が有する遺伝子変異はその多くがBA.2系統と共通しており、BA.2系統との違いは、BA.4/BA.5系統はスパイクタンパク質に69/70欠失、L452R、F486V変異を有していることである。また、BA.4系統の亜系統としてBA.4.1系統、BA.4.1.1~4系統があり、BA.5系統の亜系統としてBA.5.1~5.6系統があるが(Cov-lineages.org, 2022)、それぞれBA.4系統、BA.5系統との形質的な差については知見が得られていない。
  • 2022年6月24日までに、BA.4系統は60カ国から13,827件、BA.5系統は63カ国から17,361件が報告されている。 いずれも当初は南アフリカからの検出が多くを占めたが、検出国は欧州を中心に変化している(Outbreak.info, 2022)。
  • 米国疾病対策センター(CDC)、欧州疾病予防管理センター(ECDC)はBA.4、BA.5系統を他のオミクロン株と同様にVOCに含めている(CDC. 2022, ECDC. 2022b)。WHOはVOCの中で、伝播性の増加の兆候や他のVOCと比較して優位性を疑うアミノ酸変異を有するものとして、VOC-LUMに分類している(WHO, 2022b)。英保健安全保障庁(UKHSA)は5月20日にBA.4、BA.5をともにvariantsからVOCへ区分変更している(UKHSA, 2022a)。
  • 南アフリカ国内では2022年4月から5月にかけてBA.4系統、BA.5系統が占める割合が上昇し、BA.2系統からの置き換わりが進むと共に同時期の感染者数の増加が見られ、ポルトガルにおいても5月にBA.2系統からBA.5系統への置き換わりが進み、感染者数の増加が見られたことから、BA.5系統はBA.2系統に比較して12~13%の成長率の上昇が指摘されている(ECDC, 2022a)。また、英国でも5月以降BA.4系統、BA.5系統の検出割合が上昇しており、BA.4系統、BA2.12.1系統に比較して、BA.5系統が優位となる可能性が示唆されている(UKHSA, 2022a)。米国ではBA.2.12.1系統が優位であったが、6月以降BA.4系統、BA.5系統の占める割合が上昇しており、引き続きゲノムサーベイランスによる監視が行われている(CDC, 2022)。また、BA.4系統、BA.5系統はL452R変異を有しており、BA.2.12.1系統同様、L452の変異により免疫逃避の可能性が示唆されている(Cao Y. et al., 2022)。一方で、現時点で既存のオミクロン株と比較した重症度の増大の証拠はみられない(WHO, 2022a、UKHSA, 2022a)
  • 新型コロナウイルスワクチン接種者及びオミクロン株感染者の血清を用いた抗原性評価では、BA.4系統、BA.5系統に対する抗体価はBA.1と比較して2.9倍から3.3倍、BA.2と比較して1.6倍から4.3倍の中和活性の低下が指摘されている(Hachmann NP. et al.. 2022、Wang, Q. at al.. 2022)。
  • BA.2系統ウイルス株にオミクロン亜系統のスパイク遺伝子を置換した遺伝子組換えキメラウイルスを用いたハムスター感染実験の結果、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がBA.2系統のスパイクだけを持つウイルスよりも高くなったことを示した報告がある (Kimura I et al, 2022)。ただし、デルタ株等のオミクロン株以外の従来株との比較はなく、BA.4系統及びBA.5系統のスパイクを持つウイルスの病原性がオミクロン株出現前のSARS-CoV-2に比べて高くなっているのかについては不明である。
  • BA.4系統、BA.5系統の持つF486V変異は中和抗体の結合に影響を与える可能性が示唆されており、スパイクタンパク質の構造上casirivimab/imdevimabのcasirivimab、tixagevimab/cilgavimabのtixagevimabの効果に影響を与える可能性が示唆されている(UKHSA, 2022c)
  • 6月24日時点で、BA.4系統及びBA.5系統は検疫及び国内で検出されており、国内の一部の地域ではBA.5の検出割合が上昇しているとの報告がある。既存のオミクロン株と比較して感染者増加の優位性が指摘されているため、今後国内でBA.5の占める割合が上昇する可能性があり、感染者数、重症者数の推移を注視すると共に、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、国内外のゲノムサーベイランスによる監視を継続する必要がある。

 

組換え体について

  • SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え( 2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること)が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
  •   これまで、アルファ株(B.1.1.7系統)とB.1.177系統の組換え体(XA系統)、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統)、アルファ株(B.1.1.7系統)とデルタ株(AY.29系統)の組換え体(XC系統)、デルタ株とオミクロン株の組換え体(XD、XF、XS系統)にPANGO系統が付与されてきた。
  •   最近では、世界的なオミクロン株感染者の急増、そしてBA.1系統からBA.2系統への置き換わりが進行する中で、世界各地からこれらの組換え体が報告されており、PANGO系統が付与されてきている(XE、XG、XH、XJ、XK、XL、XM、XN、XP、XQ、XR、XT、XU、XV、XW、XY、XZ、XAA~XAH)(cov-lineages org, 2022)。また、PANGO系統がまだ付与されていない組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体も世界各地から報告されている。
  •   2022年6月24日現在、検疫及び国内で組換え体が検出されているが、現在もなお、国際的なデータベースではこれまでの変異に基づく分類の在り方が検討されているところであり、組換え体の分類の在り方が確立しているとは言い難く、検疫で検出された3例がXE系統である以外はいずれも系統の分類は決定していない。
  •   組換え体については、現在XE系統がBA.2系統と比較して12.6%の成長率の上昇が示唆されており、UKHSAはXE系統をvariantsに指定している(UKHSA, 2022b)。ただし、これ以外に感染の広がりを強く示唆するデータや、重症化やワクチンの効果が減衰するなどの懸念すべき影響を示唆するデータは報告されていない。また、世界的には2022年4月をピークとしてXE系統のGISAIDへの登録数は減少している(outbreak. info, 2022)。
  •   組換え体は、世界全体で検出数が少ないため、引き続き諸外国の状況や知見等の収集、ゲノムサーベイランスによる監視を継続する。

 

参考 主な変異株の各国における位置付け(2022年6月28日時点)

系統名

感染研

WHO*

ECDC

英国 HSA

CDC

B.1.617.2
系統

(デルタ株)

VOC

→VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

variants

VBM

B.1.1.529
系統

(オミクロン株)

VOC

currently circulating VOC

※BA.4, BA.5, BA.2.12.1, BA2.9.1, BA2.11, BA.2.13:VOC-LUM

VOC

※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2+L452X: VOI

BA.3: VUM

VOC

※BA.1, BA.2, BA.4, BA.5: VOC

BA.2.12.1, BA.3: signals in monitoring

VOC

B.1.1.7 系統

(アルファ株)

VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

Variants

VBM

VOC: Variant of Concern(懸念される変異株)、VOC-LUM:VOC lineages under monitoring(VOCにおける監視下の系統)、VUM: Variant under Monitoring(監視下の変異株)、VOI: Variant of interest (注目すべき変異株)、VBM: Variant being Monitored(監視中の変異株)、De-escalated variant(警戒解除した変異株)、currently circulating(現在流行中)、previously circulating(かつて流行していた)、Signals in monitoring (監視中のシグナル)

     

 

引用文献

 

注意事項

  • 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

 

更新履歴

第 18報 2022/07/01 9:00時点
第 17報 2022/06/03 9:00時点
第 16報 2022/04/26 9:00時点
第 15 報 2022/03/28 9:00 時点 注)タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の変異株について」
第 14 報 2021/10/28 12:00 時点
第 13 報 2021/08/28 12:00 時点
第 12 報 2021/07/31 12:00 時点
第 11 報 2021/07/17 12:00 時点
第 10 報 2021/07/06 18:00 時点
第 9報 2021/06/11 10:00 時点
第 8報 2021/04/06 17:00 時点
第 7報 2021/03/03 14:00 時点
第 6報 2021/02/12 18:00 時点
第 5報 2021/01/25 18:00 時点 注)タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される SARS-CoV-2 の新規変異株について」
第 4報 2021/01/02 15:00 時点
第 3報 2020/12/28 14:00 時点
第 2報 2020/12/25 20:00 時点 注)第1報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念される SARS-CoV-2 新規変異株について」
第 1報 2020/12/22 16:00 時点 「英国における新規変異株(VUI-202012/01)の検出について」

 

掲載日:2022年7月1日

第89回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年6月30日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第89回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約92人となり、今週先週比は1.17と増加に転じている。
また、年代別の新規感染者数は、概ね全ての年代で微増となっている。

新規感染者数の増加に伴い、療養者数及び重症者数は緩やかな増加に転じている。病床使用率は総じて低水準にあり、死亡者数は減少傾向にある。

実効再生産数:
全国的には、直近(6/12)で0.98と1を下回る水準となっており、首都圏では1.02、関西圏では0.97となっている。

掲載日:2022年6月24日

第88回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年6月23日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第88回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版(準備中)

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約78人となり、今週先週比は0.98と減少が続いているが、その減少幅は鈍化しつつある。また、年代別の新規感染者数は全ての年代において減少が続いている。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数、重症者数及び死亡者数は減少が続いている。

実効再生産数:
全国的には、直近(6/5)で0.94と1を下回る水準となっており、首都圏では0.93、関西圏では0.95となっている。

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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