ウイルス第一部第三室（神経系ウイルス室）では狂犬病ウイルス、JCウイルス(JCV)、その他の神経系ウイルスについて研究しています。また乾燥組織培養不活化狂犬病ワクチンの国家検定を主に担当し、ヒトの狂犬病についてご相談を受け付けております。

　狂犬病に関する研究では、狂犬病ワクチンの国家検定の改良をめざす研究や狂犬病を含むラブドウイルスベクターの開発、狂犬病の病原性の解明等について研究を行っています。

　また、AIDSや血液系悪性腫瘍、臓器移植患者等の免疫が低下したヒトにおいて日和見的に発症することのあるJCVによる中枢神経脱髄疾患（進行性多巣性白質脳症）のJCV検査によるPMLの診断を支援し、その活動を通じて日本における臨床・疫学的な研究も行っています（進行性多巣性白質脳症検査マニュアル）。

　さらにその他のウイルスの研究として、海外からの侵入の危険性があるカリフォルニア脳炎ウイルス群およびChandipuraウイルス等の脳炎ウイルスについて、診断系開発および病原性に関する研究を行っています。また、重症熱性血小板減少症候群（SFTS）ウイルスに対する抗ウイルス薬に関する研究も行っています。