新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ

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新型コロナウイルスSARS-CoV-2 Spikeタンパク質 E484K変異を有するB.1.1.316系統の国内流入(2021年2月2日現在)

(速報掲載日 2021/2/19)(IASR Vol. 42 p79-81: 2021年4月号)
 
(PANGO lineages での ID が B.1.1.316→ R.1 に変更となった)
 
新型コロナウイルス変異株が有するSpikeタンパク質E484K変異

 自治体の積極的疫学調査を支援すべく、SARS-CoV-2(一本鎖プラス鎖RNAウイルス、全長29.9 kb)のゲノム配列を確定してGISAID*1へ配列登録し、感染クラスターに特有な遺伝子情報およびクラスター間の共通性を解析中である。これまでに4回にわたって中間報告として国内伝播の状況を概説してきた(2020年4月27日1)、2020年8月6日2)、2020年12月11日3)、2021年1月14日4))。2020年3~4月に欧州系統(Pangolin*2系統B.1.1.114)の流入が認められたものの、第2、3波の主流はこの欧州系統から派生したB.1.1.284とB.1.1.214による国内の感染拡大であることが判明した(2021年1月14日報告4))。さらに、英国で発生した新規変異株VOC-202012/01 の流入が懸念されており、空港検疫検査のみならず、市中感染の疑いを示す事例が公表されている。

2021年2月18日
国立感染症研究所感染症疫学センター

 

令和2年3月6日の結核感染症課事務連絡「『新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の陰性が確認され退院される患者の方々へ』の配布について」では、退院後の経過観察期間を4週間設け、再陽性化等に備えた症状の経過観察や感染管理などを求めていたが、現行の退院基準のうち、退院時に検査を実施しない場合の基準(発症日から10日間かつ症状軽快後72時間経過)との齟齬が生じているとの指摘もあり、発症からの感染可能期間についてのエビデンスや再陽性症例における感染性や二次感染リスクに関するエビデンスをまとめた。

なお、本文書においては、発症初日を発症0日目として、発症翌日を発症1日目と定義している。

 

国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に対するワクチンは、国内での製造販売承認を 経て、2021 年 2 月中旬から接種が始まろうとしています。国内での接種開始にあたり、現在 得られている知見を概要として下記にまとめました。今後の情報をもとに、随時更新していく予定です。

 新型コロナワクチンについて 第 1 版 (2021 年 2 月 12 日現在)

国立感染症研究所
2021年2月12日18:00時点

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要約

ウイルスのヒトへの感染性・伝播のしやすさや、すでに感染した者・ワクチン接種者が獲得した免疫の効果に影響を与える可能性のある遺伝子変異を有する複数の新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の新規変異株として、特にVOC-202012/01, 501Y.V2, 501Y.V3の流行が懸念されている。いずれも感染性・伝播のしやすさに影響があるとされるN501Y遺伝子を有するが、特にVOC-202012/01については、2次感染率の増加や、死亡リスクの増加の可能性が疫学データから示唆されている。501Y.V2と501Y.V3については、さらに抗原性に影響を与える可能性があるE484K変異も有する。特に501Y.V2については、過去の感染によって得られた免疫や承認されているワクチンによって得られた免疫を回避する可能性が指摘されており、暫定結果ではあるが数社のワクチンでは有効性の低下を認めている。さらには、VOC-202012/01にE484K変異が加わった株も報告されている。これらの変異株の感染者が世界各地から報告され、いくつかの国では変異株がかなりの割合を占めつつある。

国内においても、渡航歴のない者や渡航歴のある者との疫学的関連のないVOC-202012/01の感染者が各地で報告されつつある。流行国ではこれから変異株の占める割合が上昇することが見込まれている。これらの変異株はウイルスの感染・伝播性が増加している可能性があることから、まん延した場合には、従来と同様の対策では、これまで以上の患者数や重症者数の増加につながり、医療・公衆衛生体制を急速に圧迫するおそれがある。国内でのまん延拡大防止のためには、入国者数の制限や検疫により、渡航者による変異株の国内持ち込みを極力抑制する必要がある。加えて、国内対策を強化し、変異株感染者の早期検知と、特に変異株クラスターの迅速な封じ込め及び社会での接触機会の抑制を推奨する。

掲載日:2021年2月9日

第22回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和3年2月1日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第22回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

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直近の感染状況等

全国の新規感染者数は、報告日ベースでは、1月11日には、直近一週間では10万人あたり約36人に達したが、1月中旬以降減少傾向となっており、直近の1週間では10万人あたり約19人となっている。(発症日ベースでは、1月上旬以降減少傾向)

実効再生産数:
全国的には1を上回る水準が続いている (12月27日時点)。東京等首都圏、大阪、福岡などで1週間平均で1を超える水準となっている(12月27日時点)。

入院者数は減少がみられるが、重症者数、死亡者数は引き続き過去最多の水準。新規感染者数の減少が入院者数、重症者数の減少につながるには一定の期間が見込まれ、対応を続けている保健所や医療機関の職員はすでに相当疲弊し、業務への影響が懸念される。多数の感染者数の発生が続く中、新型コロナの診療と通常の医療との両立が困難な状況が続いており、救急対応への影響が見られる事例などが生じているほか、病床の逼迫により入院・療養等調整中となる事例も依然として多数見られている。また、高齢者施設でのクラスター発生事例も増加。

IDWRchumoku 注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。

◆直近の新型コロナウイルス感染症およびインフルエンザの状況(2021年1月29日現在)

 

新型コロナウイルス感染症:

 2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認され、2020年1月30日、世界保健機関(WHO)により「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)」を宣言され、3月11日にはパンデミック(世界的な大流行)の状態にあると表明された新型コロナウイルス感染症(COVID-19)は、2021年1月29日15時現在、感染者数(死亡者数)は、世界で101,452,470例(2,191,027例)、194カ国・地域(集計方法変更:海外領土を本国分に計上)に広がった(https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_16444.html)。

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新型コロナウイルスSARS-CoV-2ゲノム情報による分子疫学調査(2021年1月14日現在)

(速報掲載日 2021/1/29) (IASR Vol. 42 p61-64: 2021年3月号)
 
新型コロナウイルス・ゲノム疫学解析によるクラスター対策

 2019年末の中国・武漢市で初めて確認された新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は、2020年1月に国内で初めて感染者が確認された。その後、現在まで地域的な感染クラスター(集団)とその集合体による複数回の感染ピークを生じている。自治体の積極的疫学調査を支援すべく、SARS-CoV-2(一本鎖プラス鎖RNAウイルス、全長29.9 kb)のゲノム配列を確定し、感染クラスターに特有な遺伝子情報およびクラスター間の共通性を解析している。これまでに3回にわたってゲノム情報が示す国内伝播の状況を概説してきた(2020年4月27日1)、2020年8月6日2)、2020年12月11日3))。また、日本国内4,5)、ダイヤモンド・プリセンス号の乗員乗客6)、空港検疫所の陽性検体7)より確定されたSARS-CoV-2ゲノム配列の解析については学術誌にて参照可能である。

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検体中のSARS-CoV-2ウイルスコピー数とウイルス力価に係る考察

(IASR Vol.42 p22-24: 2021年1月号)

 
はじめに

 仙台市における最初の新型コロナウイルス感染症(COVID-19)感染者は2020年2月29日に確認され, それ以降9月30日までに261名の新規患者が確認されている。そこで, 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の遺伝子が検出された検体について, ウイルス分離を試み, ウイルスコピー数との相関性を考察した。

国立感染症研究所
2021年1月25日18:00時点

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要約

ウイルスのヒトへの感染性・伝播のしやすさや、すでに感染した者・ワクチン接種者が獲得した免疫の効果に影響を与える可能性のある遺伝子変異を有する複数の新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の新規変異株が世界各地から報告されている。特に、VOC-202012/01と501Y.V2については、最初に報告された英国、南アフリカのみならず、日本を含む世界各地で検出されている。また、日本は検疫において、ブラジルからの渡航者から新たな変異株501Y.V3を検出した。この変異株は、VOC-202012/01と501Y.V2と共通の遺伝子変異を一部で認める。ブラジル・アマゾナス州で検出されているほか、いくつかの国でブラジルからの渡航者から検出されている。VOC-202012/01と501Y.V2は、ウイルスの感染性が増加している可能性があることから、まん延した場合には、従来と同様の対策では、これまで以上の患者数や重症者数の増加につながり、医療・公衆衛生体制を急速に圧迫するおそれがある。501Y.V2と501Y.V3は、感染・伝播性が増加している可能性と抗原性が変化している可能性が遺伝子配列情報から示唆されている。なお、感染・伝播性や抗原性との関連が懸念されるスパイクタンパクのいくつかの部位の変異は、世界各地で別々に生じており、海外で発生した変異株が国内に持ち込まれることのみならず、国内の流行株においてもこのような部位に変異を生じた株が発生する可能性もある。感染性の増加や抗原性の変化が懸念される変異株の国内での感染拡大との関連性が認められる国・地域へ渡航歴のある者等の管理体制を強化するとともに、変異株の監視と情報収集を強化・継続することを推奨する。

第21回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和3年1月13日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第21回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード資料5)。

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直近の感染状況等

感染状況について

  • 全国の新規感染者数は、首都圏(1都3県)、特に東京での急速な増加に伴い、年末から増加傾向が強まり、過去最多の水準の更新が続いている。また、年明けから、中京圏、関西圏、さらに、北関東、九州でも同様に新規感染者が急増した。    

    実効再生産数:全国的には1を上回る水準が続いている (12月27日時点)。東京等首都圏、大阪、福岡などで1週間平均で1を超える水準となっている(12月27日時点)。

  • 入院者数、重症者数、死亡者数の増加傾向も継続。急増している新規感染者数の増加は若年層(30代以下)が多い。
  • 対応を続けている保健所や医療機関の職員はすでに相当に疲弊している。急速に感染者数が増加している自治体では、入院調整が困難となったり、高齢者施設等の中で入院を待機せざるを得ない例も増えてきている。新型コロナの診療と通常の医療との両立が困難な状況が拡大しつつあり、新規感染者数の増加に伴い、通常であれば受診できる医療を受けることができない事態も生じ始めている。また、自治体におけるデータ入力等への負荷も増している。
  • 英国、南アフリカで増加がみられる新規変異株は、世界各地で検出されている。国内では、海外渡航歴のある症例又はその接触者からのみ検出されている。従来株と比較して感染性が高い可能性を鑑みると、国内で持続的に感染した場合には、現状より急速に拡大するリスクがある。これらの変異株と共通する変異を一部に有する新たな変異株が、ブラジルからの帰国者から検出。感染性、病原性等について現時点では判断は困難。
【感染拡大地域の動向】
  1. ①北海道 新規感染者数は減少傾向が続いていたが、足下では増加に転じている。病院・施設内の感染が継続して発生。旭川市の医療機関および福祉施設内の集団感染はほぼ収束。 
  2. ②首都圏 東京都では、新規感染者数の増加が継続し、直近の一週間では10万人あたり90人弱となっている。医療提供体制も非常に厳しい状況が継続。救急対応にも影響が出ている。保健所での入院等の調整はさらに厳しさが増している。感染経路は不明者が多いが飲食の場を中心とした感染の拡大が推定される。首都圏全体でも、埼玉、神奈川、千葉でも新規感染者数の増加が継続しており、医療提供体制が厳しい状況。1都3県の増加に伴い、隣接する栃木においても新規陽性者が急増し、直近の一週間では10万人あたり40人を超え、医療提供体制も厳しい状況となっている。
  3. ③関西圏 大阪では、新規感染者数が漸減していたが、年明けから急速な増加に転じ、直近の一週間では10万人あたり40人を超えている。年初では、30代までの若年層の感染が目立っている。医療提供体制の厳しい状況が継続。保健所での入院調整も厳しさが増している。兵庫、京都でも感染が急速に拡大し、人口10万にあたり30人を超え、医療提供体制が厳しい状況。滋賀、奈良でも新規感染者数の増加傾向が継続。
  4. ④中京圏 愛知では、新規感染者数が高止まりであったが、年明けから急速な増加に転じ、直近の一週間では、10万人あたり30人を弱となっている。医療提供体制の厳しい状況が継続。保健所での入院調整も厳しさが増している。岐阜でも新規感染者数が急増。医療提供体制が厳しい状況。
  5. ⑤九州  福岡では、新規感染者数が急速に増加。直近の一週間では、10万人あたり40人を超えている。医療提供体制の厳しさが増している。佐賀、長崎、熊本、宮崎でも新規感染者数が増加。
  6. ⑥上記以外の地域 宮城、茨城、群馬、山梨、長野、静岡、岡山、広島、沖縄でも、新たな感染拡大や再拡大、多数の新規感染者数の発生の継続の動きが見られ、直近一週間で10万人あたり15人を超えている。

感染状況の分析

  • 東京など大都市圏を中心とする昨年末の感染拡大については、職場の宴会や、若者の飲食をする場面、が主な感染拡大の要因となり、これが、職場や家庭内の感染に繋がったと考えられる。今後さらに高齢者への感染拡大が懸念される。一方、年明けからの全国的な急速な感染者数の増加は、帰省による親戚との会食などが要因の一つと考えられるが、引き続き検討の必要がある。
  • こうした東京での感染拡大は、周辺自治体にも波及し、埼玉、千葉、神奈川とともに首都圏では、年明け以降も新規感染者の増加が継続し、過去最高水準となっている。直近1週間の新規感染者数は、東京都だけで全国の3割弱を占め、1都3県で1/2強を占めている。こうした動きは、京都、大阪、兵庫の関西圏、愛知、岐阜の中京圏、福岡の九州でも同様となっており、これらの都道府県で新規感染者数の8割弱を占めている。大都市圏の感染拡大は、最近の地方における感染の発生にも影響していると考えられ、大都市における感染を早急に抑制しなければ、地方での感染を抑えることも困難になる。

必要な対策

  • 東京をはじめとする首都圏では1月7日に緊急事態宣言が発出された。首都圏だけでなく関西圏、中京圏でも感染が急速に拡大。医療提供体制や公衆衛生体制の厳しい状況が続いていることに加え、地方での感染拡大の波及をおさえるために、こうした大都市圏において、早急に感染を減少させるための効果的な対策の実施が求められる。また、首都圏に隣接する栃木、及び福岡において感染が急速に拡大しており、適切に対策を実施することが必要と考えられる。
  • 感染拡大が続き、医療提供体制、公衆衛生体制は非常に厳しい状況となっており、速やかに新規感染者数を減少させることが必要。併せて、現下の医療提供体制が非常に厳しく、こうした状況が続くことも想定される中で、昨年末にとりまとめられ、支援内容も拡充された「医療提供体制パッケージ」も活用し、必要な体制を確保することが必要。
  • 感染拡大の抑制には、飲食店の営業時短やイベントの制限に加え、市民の皆様の協力が不可欠である。不要不急の外出の自粛や感染につながりやすい形での飲食の自粛は、感染防止のためには20時以前であっても重要である。また、テレワークの実施など接触機会の削減が重要である。そのためのメッセージを国・自治体等が一体感を持って発信することが必要。
  • 緊急事態措置による効果を、新規感染者数、実効再生産数、医療体制への負荷などで分析・評価し、それに基づき継続的に対策の在り方を検討するとともに、解除後も直ちに急速な再増加につなげないことが重要。
  • さらに、国内の厳しい感染状況の中で、検疫全体の強化を行うとともに、英国等で見られる変異株の流入による感染拡大を防ぐことが必要である。引き続き、変異株の監視を行うとともに、感染者が見つかった場合の積極的疫学調査の実施が求められる。また、ブラジルからの入国者から発見された変異株も含め、個人の基本的な感染予防策は、従来と同様に、3密の回避、マスクの着用、手洗いなどが推奨される。

 感染状況分析・評価グラフ等 

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan