国内における新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）N501Y変異株置き換わりに関する分析

(IASR Vol. 42 p174-175: 2021年8月号)

背　景

　N501Y変異を有する新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株（以下N501Y変異株）は感染性や伝播のしやすさに影響を与える可能性があるとされている。Pango系統B.1.1.7（アルファ株）, B.1.351（ベータ株）, P.1（ガンマ株）はいずれもN501Yを有しており, 懸念される変異株（variants of concern: VOC）に国内で位置付けられている。国内では2020年12月に英国帰国者からアルファ株が, 同月に南アフリカ共和国からの帰国者からベータ株が, 2021年1月にはブラジルからの渡航者からガンマ株が検出された。特にアルファ株を中心としたN501Y変異株は世界で急速な拡大を認め, 国内では, 2021年2月頃から国内感染の急速な拡大が懸念されていた^1）。国内ではゲノム解析に加え, N501Y変異をスクリーニングするPCR法（変異株スクリーニング検査）が開発され, 2月16日に厚生労働省から自治体に対してN501Y変異株スクリーニングの検査数の報告が求められるようになった^2）。また, 国立感染症研究所の委託を受けた民間検査会社等においてN501Y変異株スクリーニング検査が開始された^3）。我々は委託を受けた民間検査会社の協力を得て, 国内におけるN501Y変異の検出割合についての検討を行った。

SARS-CoV-2のN501Y変異とE484K変異の同時スクリーニングのための工夫―秋田県

(IASR Vol. 42 p152-153: 2021年7月号)

　目下のところ, 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のVOC（懸念される変異株）への対応として, 2021年1月22日に国立感染症研究所（感染研）から送付されたTaqMan assayを基本原理とするPCR検査プロトコール*が用いられ, N501Y変異の検出をターゲットとしたスクリーニングが実施されている。N501Y変異は英国型変異株（アルファ株）の特徴であるが, さらにE484K変異を併せ持つ南アフリカ型（ベータ株）とブラジル型変異株（ガンマ株）もスクリーニングで検出される。一方で, 現時点での報告対象とはなっていないが, N501Y変異がなくE484K変異のみを有するウイルス（R.1系統）が関東から東北にかけて広がりつつある。R.1系統は, 現行のスクリーニングでは検出できず, 感染研のゲノム解析で判明することが多い。今回, 我々は現行プロトコールに最小限度の改変を加えることでE484K変異の検出能を付加する工夫（秋田の変法）を行ったので報告する。

SARS-CoV-2検出検査のRT-qPCR法と抗原定量法の比較

(IASR Vol. 42 p126-128: 2021年6月号)

はじめに

　新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の検出について, 神戸市健康科学研究所も含め全国の地方衛生研究所ではRT-qPCR法で行っている。RT-qPCR法は, RNA抽出を伴い, 核酸の扱いなどの技術習得が必要で, 検体搬入から結果判定までに約4～5時間を要する。一方で, 抗原定量検査は化学発光酵素免疫測定法（CLEIA）を用いた検査法で, RT-qPCR法と比較して技術習得が容易であり, 測定時間が35分～1時間程度と短い。また, 抗原定性検査であるイムノクロマト法と比較して, 検体の抗原量を特定できること, および相対的に感度が高いことが利点として挙げられる。しかしながら, 検出感度に関するデータが蓄積されていないため, 低い値が出た際の判定に苦慮することがあった。そこで, 当研究所に搬入された唾液および鼻咽頭ぬぐい液の各検体について, RT-qPCR法と抗原定量法の方法の比較を行った。

COVID-19感染報告者数に基づく簡易実効再生産数推定方法

(IASR Vol. 42 p128-129: 2021年6月号)

はじめに

　実効再生産数（effective reproduction number: Rt）は「（ある時刻tにおける, 一定の対策下での）1人の感染者による二次感染者数」と定義され^1）, 現在流行が拡大期にあるのか収束に向かっているのかを評価する疫学指標の1つとして重要である。2019年末からの新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行に際しては, 世界各国・地域で流行状況を評価する指標として活用されている。しかし厳密なRtの計算には数学に関する知識やプログラミングの技術を必要とすることから, 必ずしもそうした技能を有する人材がいるとは限らない現場での活用は進んでいない。本稿では, 高度な専門知識を要さずに日ごとのCOVID-19陽性者数を使って簡便にRtの近似値を算出する方法を紹介し, その精度を検討した。

積極的疫学調査の情報に基づく新型コロナウイルス感染症の2次感染時期の分布

(IASR Vol. 42 p129-130: 2021年6月号)

はじめに

　感染者（一次感染者）の発症日を起点として, 感染者が被感染者（二次感染者）と接触し感染させた時点までの日数の分布から, 感染性を有する期間を推定することができ, 濃厚接触者を定義するうえで有用な情報となる。本稿では, 感染者－被感染者のペアごとに算出した日数の分布を2次感染時期（infectiousness profile）と呼ぶこととする（図1）。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の2次感染時期を数理モデルで推定した海外の報告では, 感染者の潜伏期間中（つまり発症日以前）に接触した場合でも感染しうるとされており, 発症2日前までの接触者を濃厚接触者とすることが多い。しかし, 国内外の実測データを用いた報告はほとんどない。そこで今回, 福岡市で実施された積極的疫学調査の情報を用いて2次感染時期を推定したので報告する。

積極的疫学調査の情報に基づく新型コロナウイルス感染症の潜伏期間の推定

(IASR Vol. 42 p131-132: 2021年6月号)

はじめに

　新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の潜伏期間（incubation period）は感染した日から症状出現するまでの期間を指し, 検査陽性者の隔離期間や濃厚接触者の追跡期間を決定するうえで重要な情報である。COVID-19の潜伏期間に関する報告は海外からの主に数理モデルを用いた解析^1）であり, 国内の実測データを用いた報告はほとんどない。今回, 福岡市で実施された積極的疫学調査の情報を用いて潜伏期間の分布を推定したので報告する。

国際線航空機内にて新型コロナウイルス感染症伝播が疑われた事例, 2020年8月

　2020年8月, 成田空港検疫所において新型コロナウイルス感染症（COVID-19）症例1例が確認された。当該症例（探知症例）と同じ国際線航空機（搭乗時間:約15時間）に搭乗した者のうち, 3人が入国数日後にCOVID-19と診断された。今回, 明らかな推定感染経路は特定できなかったものの, 航空機内での伝播の可能性が疑われるCOVID-19事例について, 聞き取り調査の重要性, および航空機内での濃厚接触者の範囲等についての知見が得られたので報告する。

新型コロナウイルス感染症症例（2020年2月17日～5月31日報告）における感染経路判明の有無とその後の感染伝播に関する考察

(IASR Vol. 42 p82-84: 2021年4月号)

　新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は3密（密閉, 密集, 密接）条件により, 感染伝播が助長され, 特定の感染者との接触が確認できない場合でも, 行動歴の中で3密のいずれか, または複数の条件に該当するような状況下にあった場合にはそこで感染を受けた可能性がある。曝露状況（時, 人, 場所）の情報に基づき, さらなる感染者が想定される際には, 早期探知をすることで感染伝播を抑制することが期待される。

富山県内新型コロナウイルス感染症患者からのウイルス分離解析―富山県衛生研究所

(IASR Vol. 42 p84-86: 2021年4月号)

はじめに

　富山県では2020年3月30日～5月18日の期間に, 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）227例が報告された。当所では, そのうち193例について遺伝子検査を実施し, 再検査分を含め406検体（鼻腔ぬぐい液:405検体, 喀痰:1検体）で陽性と判定した。また, ゲノム確定できた145検体については国立感染症研究所病原体ゲノム解析研究センターとの共同研究で塩基変異を基にしたゲノムネットワーク解析を行い, 遺伝子配列からみた富山県内の同時期の感染拡大状況について報告している^1）。ただ, 遺伝子検査で陽性であっても, 検体中の新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の感染性の有無は判断できない。そこで, 当所の遺伝子検査で陽性となった検体を用いて, 培養細胞におけるウイルス分離検査を行い, 分離培養成績と陽性確定からの検体採取日数およびリアルタイムPCR法におけるCt値との相関について解析を行い, 感染性の有無について評価した。

検体中のSARS-CoV-2ウイルスコピー数とウイルス力価に係る考察

(IASR Vol.42 p22-24: 2021年1月号)

はじめに

　仙台市における最初の新型コロナウイルス感染症（COVID-19）感染者は2020年2月29日に確認され, それ以降9月30日までに261名の新規患者が確認されている。そこで, 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の遺伝子が検出された検体について, ウイルス分離を試み, ウイルスコピー数との相関性を考察した。