国立感染症研究所

新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ

(このページでは、新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連の記事を、掲載日が新しい順に表示しています)

掲載日:2022年4月28日

第82回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年4月27日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第82回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、今週先週比が0.91となり、直近の1週間では10万人あたり約226人と減少が継続している。大都市圏を中心に減少が続く一方、北海道や沖縄県など増加が続く地域もある。年代別の新規感染者数は全ての年代で減少傾向が続いており、20代の減少が顕著である一方、10代以下では減少幅が小さい。

全国の新規感染者数の減少に伴い、療養者数、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

実効再生産数:
全国的には、直近(4/10)で0.97と1を下回る水準となっており、首都圏では0.94、関西圏では0.97となっている。

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SARS-CoV-2 B.1.1.529系統(オミクロン株)による院内クラスター対策と事例解析における発症日とCt値および抗原定量値との関連―山口県―

(速報掲載日 2022/4/27) (IASR Vol. 43 p1139-141: 2022年6月号)
 
背 景

 わが国で新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の初発例が報告されたのは2020年1月であり、その後約2年間にわたって、それぞれ異なる変異株を主流とする計6回の流行がみられた。2021年末に沖縄県や山口県など複数県から始まった第6波は、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2) B.1.1.529系統(オミクロン株)が主流であり、ゲノム解析の結果、当時米国で多数検出されていた系統に近縁もしくは同一配列であるとされている1)。また、同時期の山口県内のSARS-CoV-2新規感染者全体に占めるオミクロン株の割合は急速に増加し、2022年1月に実施された山口県内の516検体のゲノム解析の結果、1月4日発症の患者の検体以降に検査を実施した497検体すべてがオミクロン株であり2)、そのほとんどが米軍岩国基地関連のクラスターのオミクロン株と同一ゲノムもしくは1-2塩基置換であった。

掲載日:2022年4月21日

第81回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年4月21日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第81回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

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感染状況について

大都市圏を中心に減少傾向となっていることに伴い、全国の新規感染者数(報告日別)は、今週先週比が0.91となり、直近の1週間では10万人あたり約249と減少の動きが見られる。一方、沖縄県など増加が継続している地域もある。年代別の新規感染者数は全ての年代で減少傾向にあるが、明確な減少が見られる20代以外の年代では横ばい又は微減。

全国の新規感染者数の増加傾向に伴い、療養者数も増加傾向が続いていたが、足下で減少に転じている。また、これまでの新規感染者数減少の動きに伴い、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

実効再生産数:
全国的には、直近(4/3)で1.01と1を上回る水準となっており、首都圏では1.00、関西圏では1.01となっている。

掲載日:2022年4月14日

第80回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年4月13日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第80回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約274で、今週先週比が1.06と増加傾向が続いている。年代別の新規感染者数は10代以下で減少傾向に転じる一方、50代以上で増加傾向が見られる。

全国の新規感染者数の増加傾向に伴い、療養者数も増加傾向が続いている。一方、これまでの新規感染者数減少の動きに伴い、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

実効再生産数:
全国的には、直近(3/27)で1.03と1を上回る水準となっており、首都圏、関西圏ともに1.02となっている。

 

国立感染症研究所

20224月11

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  •        SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え(2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること)が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-CoV-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例がある。
  •        これまで、アルファ株(B.1.1.7系統)とB.1.177系統の組換え体(XA系統)、B.1.634系統とB.1.631系統の組換え体(XB系統)、アルファ株(B.1.1.7系統)とデルタ株(AY.29系統)の組換え体(XC系統)、デルタ株とオミクロン株の組換え体(XD、XF、XS系統)にPANGO系統が付与されてきた。
  •        最近では、世界的なオミクロン株感染者の急増、そしてBA.1系統からBA.2系統への置き換わりが進行する中で、世界各地からこれらの組換え体が報告されており、PANGO系統が付与されてきている(XE, XG, XH, XJ, XK, XL, XM, XN, XP, XQ, XR)。また、PANGO系統がまだ付与されていない組換え箇所等が異なるオミクロン株の組換え体も世界各地から報告されている。
  •       これらの組換え体の多くは、形質の変化は明らかになっていないが、唯一、XE系統については、イングランドではコミュニティ伝播が認められており、感染者の増加する速度がBA.2より12.6%高いことを報告している。なお、直近3週間に限れば20.9%高いとの解析結果もあるが、検査政策の変更の影響等含めて精査中であり、XE系統の増加優位性を示す数値として解釈すべきではないとしている。イングランドでは4月5日時点で1,125件が報告されているが、全体に占める割合は1%未満である。その他GISAIDには、米国(3件)、デンマーク(1件)、アイルランド(1件)よりGISAIDに登録があり、さらに他の国からも検出されたことを報告する報道がある。重症度等の形質の変化に関する報告はない。英国は、現在流行中の変異株に比べて生物学的に性質が異なると考えられる"Variants"の一つに位置付け、ECDCはVUM(監視下の変異株)に位置付けている。
  •        このXE系統について、国立感染症研究所は、検疫で2022年3月26日に採取された検体から1件を確認した。PANGO系統判定プログラムで判定不能であったため、遺伝子配列の解読データを確認し、遺伝子配列の詳細な解析を行った結果、XE系統と判定した。なお、このXE系統が英国で流行しているものに由来するか、それとは異なる場所で生じた組換え体であるかはゲノム情報だけから判定することはできない。
  •        XE系統は、ウイルスの抗原性を規定し標的細胞への侵入に関与するスパイクタンパク質はBA.2系統と同一であり、ウイルス粒子の基本的な性状はBA.2系統の形質を有すると考えられる。ウイルスのスパイクタンパク質を標的とする中和抗体医薬やワクチンの効果も、BA.2系統に対する効果と同等と考えられるが、組換え箇所にコードされるウイルス遺伝子の機能変化等のゲノム組換え現象がウイルス感染に与える影響については不明であり、感染伝播性や病原性などのウイルスの形質の変化の有無や感染拡大状況を注視していく必要がある。国立感染症研究所の病原体検出マニュアルに記載のPCR検査法のプライマー部分に変異は無く、検出感度の低下はないと考えられる。
  •       また、遺伝子配列上はオミクロン株間の組換え体と考えられる検体が検疫でほかに2検体検出されているが、これまで分類されている系統には該当せず、PANGO系統は判定できなかった。
  •        国内では、過去にXC系統(AY.29系統とB.1.1.7系統)の組換え体を国内で検知した例がある。XC系統は計24検体を検出したものの、2021年10月16日を最後にその後検出されていない。デルタ株とオミクロン株、オミクロン株間の組換え体は国内では検出されていない。
  •       XE系統に限らず、また、組換え体に限らず、感染拡大状況を注視し、感染・伝播性や免疫回避等の生物学的性質が大幅に変化し社会に大きなインパクトをもたらす変異株の発生を監視していく必要がある。引き続き、諸外国の状況や知見等も収集しつつ、ゲノムサーベイランスによる監視を行っていく。

参考文献

  •       国立感染症研究所. 感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株について (第15報). 2022年3月28日時点.
  •       Sekizuka T, et al. Genome Recombination between Delta and Alpha Variants of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Jpn J Infect Dis. 2022 Feb 28. doi: 10.7883/yoken.JJID.2021.844.
  •       UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: Technical briefing 40. 8 April 2022.

 

掲載日:2022年4月7日

第79回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年4月6日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第79回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約259で、今週先週比が1.08と増加傾向となっており、今後の動向に注意が必要。また、年代別の新規感染者数は全ての年代で増加傾向に転じており、特に10-20代の増加が顕著。

全国の新規感染者数の増加傾向に伴い、療養者数も増加傾向に転じている。一方、これまでの新規感染者数減少の動きに伴い、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

実効再生産数:
全国的には、直近(3/20)で0.97と1を下回る水準となっており、首都圏では0.97、関西圏では0.93となっている。

掲載日:2022年3月31日

第78回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード(令和4年3月23日、厚生労働省)の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします(第78回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1)。

英語版

感染状況について

全国の新規感染者数(報告日別)は、直近の1週間では10万人あたり約240で、今週先週比が1.04となり、足下で増加傾向となっているが、先週の連休の影響もあるため今後の動向に注意が必要。

全国のこれまでの新規感染者数減少の動きに伴い、療養者数、重症者数及び死亡者数は減少が継続している。

 

実効再生産数:
全国的には、直近(3/13)で0.95と1を下回る水準となっており、首都圏では0.95、関西圏では0.90となっている。

 

国立感染症研究所

2022年3月28日9:00時点

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変異株の再分類

  •   2021年11月28日にB.1.1.529系統を懸念される変異株(VOC)と位置付けて以来、オミクロン株は国外でも、国内でも割合が増加しデルタ株からの置き換わりが進行し、世界でも過去30日間にゲノム解析されGISAID登録されたウイルス株の99.8%を占め、デルタ株が0.1%を占めるのみとなった(WHO, 2022)。国内でも全てオミクロン株に置き換わった状況にある。変異株の流行状況が大きく変化したことから、変異株の分類を見直すこととした。
  •   B.1.351系統の変異株(ベータ株)、P.1系統の変異株(ガンマ株)については、世界的に検出数は継続して減少し、GISAIDデータベース上では最終検出日は、それぞれ、2021年12月30日、2022年1月10日と2カ月以上にわたって検出されていない。そのため、監視下の変異株(VUM)に位置付けを変更する。
  •   B.1.617.1系統の変異株(旧カッパ株)、C.37系統の変異株 (ラムダ株)、B.1.621系統の変異株 (ミュー株)についても、世界的に検出数は減少し、GISAIDデータベース上での最終検出日は、それぞれ、2022年2月14日、2022年1月29日、2022年2月11日である。国内では、旧カッパ株は2021年5月7日、ミュー株は2021年8月4日が最後の検出日であり、ラムダ株は国内では検出されていない。そのため、VUMの位置付けから除外する。
  •   AY.4.2系統の変異株については、GISAIDデータベース上での最終検出日は2022年2月17日で、国内では検出されたことがない。デルタ株全体として大幅に検出が減少しており、デルタ株の中でAY.4.2について現状で特段増加の優位性を認めるものではないことから、VUMの位置付けから除外する。
  •   以前よりVUMに位置付けていたB.1.1.7系統の変異株(アルファ株)については、国内では2021年10月1日以降登録がないが、GISAIDデータベース上では現在も散発的に登録がある。そのため、VUMの位置付けを維持する。

デルタ株とオミクロン株の組換え体について

  •   SARS-CoV-2を含めRNAウイルスにおいて遺伝子組換え(2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったゲノムを有するウイルスが生成すること)が起こりうることはよく知られている。異なる系統のウイルスが宿主に同時感染することで生じると考えられるが、SARS-Co-V-2についても異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出された事例があり、PANGO系統(XA/XB/XC系統)に分類されているものもある。
  •   デルタ株とオミクロン株の組換え体は、おそらくは、デルタ株からオミクロン株への置き代わりの時期に、ヒトなどでの共感染によって出現し、感染が維持されたものが検出されていると考えられる。いくつかの組換え体については、PANGO系統の付与、あるいはモニタリング対象として指定されているほか、英国は、デルタ株とオミクロン株の組換え体を包括的にVariants in monitoring(監視中の変異株)として扱っている(UK Health Security Agency, 2022a)
  •   そのほかにも、組換えを起こした系統や組換わった部分が異なる複数種類のデルタ株とオミクロン株の組換え体が報告されている。これらの組換え体のウイルス学的な性質や感染者における症状等はまだ明らかではなく、特段これまでの変異株と形質が異なるという所見はない(WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 84, published 22 March 2022)。また、検出数も多くはなく、引き続きゲノムサーベイランスの中で動向を監視していく。

表1 国立感染症研究所による国内における変異株の分類(2022年3月28日時点)

分類

定義

主な対応

該当

変異株

懸念される変異株

(VOC; Variants of Concern)

公衆衛生への影響が大きい感染・伝播性、毒力*、及び治療・ワクチン効果の変化が明らかになった変異株

対応

 ・週単位で検出数を公表(IDWR)

 ・ゲノムサーベイランス(国内・検疫)で監視

 ・必要に応じて変異株PCR検査で監視

 ・積極的疫学調査

デルタ株

オミクロン株

注目すべき変異株

(VOI; Variant of Interest)

公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び治療・ワクチン効果や診断に影響がある可能性がある、又は確実な変異株で、国内侵入・増加の兆候やリスクを認めるもの(以下、例)

・検疫での一定数の検知

・渡航例等と無関係な国内での検出

・国内でのクラスター連鎖

・日本との往来が多い国での急速な増加

警戒

 ・週単位で検出数を公表(IDWR)

 ・ゲノムサーベイランス(国内・検疫)で監視

 ・積極的疫学調査

 ・必要に応じて変異株PCR検査の準備

該当なし

監視下の変異株

(VUM; Variants Under Monitoring)

公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び診断・治療・ワクチン効果に影響がある可能性がある変異を有する変異株

また、VOCやVOIに分類された変異株であっても、以下のような状況では、本分類に一定期間位置付ける

・世界的に検出数が著しく減少

・追加的な疫学的な影響なし

・国内・検疫等での検出が継続的に僅か

・特に懸念される形質変化なし

監視

 ・発生状況や基本的性状の情  報収集

 ・ゲノムサーベイランス(国内・検疫)で監視

 ・(VOC/VOIからVUMに移行後国内発生が継続するものは)週単位で検出数を公表 (IDWR)

アルファ株

ベータ株

ガンマ株

* 毒力virulence: 病原体が引き起こす感染症の重症度の強さ

IDWR: 感染症発生動向調査週報

 

参考 主な変異株の各国における位置付け(2022年3月28日時点)

系統名

感染研

WHO*

ECDC

英国HSA

CDC

B.1.617.2系統

(デルタ株)

VOC

currently circulating VOC

VOC

VOC

VOC

B.1.1.529系統

(オミクロン株)

VOC

currently circulating VOC

VOC

VOC

VOC

B.1.1.7系統

(アルファ株)

VUM

previously circulating VOC

De-escalated variant

VOC

VBM

B.1.351系統

(ベータ株)

VOC

→VUM

previously circulating VOC

VOC

International VOC

VBM

P.1系統

(ガンマ株)

VOC

→VUM

previously circulating VOC

VOC

VOC

VBM

B.1.617.1系統

(旧カッパ株)

VUM

→なし

previously circulating VOI

De-escalated variant

なし

VBM

C.37系統

(ラムダ株)

VUM

→なし

previously circulating VOI

De-escalated variant

なし

なし

B.1.621系統

(ミュー株)

VUM

→なし

previously circulating VOI

De-escalated variant

International VUI

VBM

AY.4.2系統

(デルタ株の
 一亜系統)

VUM

→なし

なし

De-escalated variant

VUI

なし

VOC: Variant of Concern(懸念される変異株)、VOI: Variant of Interest(注目すべき変異株)、VUI:Variant under Investigation(調査中の変異株)、VUM: Variant under Monitoring(監視下の変異株)、VBM: Variant being Monitored(監視中の変異株)、De-escalated variant(警戒解除した変異株)

* WHOは2022年3月22日よりVOCとVOIについて、previously circulating(かつて流行していた)とcurrently circulating(現在流行中)の2種類に分けている。

 

引用文献

  •   European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 17 March 2022. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.
  •   UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variant data update, England. Version 24. 11 March 2022a. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1060192/routine-variant-data-update-24-data-england-11-March-2022.pdf.
  •   UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 39. 25 March 2022b.
  •   WHO. COVID-19 Weekly Epidemiological Update, Edition 84, published 22 March 2022. https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---22-march-2022.

 

 

注意事項

  •   迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。

更新履歴

第15報   2022/03/28 9:00 時点       注)タイトル変更

             「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されるSARS-CoV-2の変異株について」

第14報   2021/10/28  12:00時点

13   2021/08/28  12:00 時点

12   2021/07/31  12:00 時点

11   2021/07/17  12:00 時点

10報 2021/07/06  18:00時点

  報 2021/06/11 10:00時点

      2021/04/06 17:00 時点

     2021/03/03 14:00時点 

      2021/02/12 18:00時点

5報 2021/01/25 18:00時点 注)タイトル変更

  「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されるSARS-CoV-2の新規変異株について」

  報 2021/01/02 15:00時点

  報 2020/12/28 14:00時点 

  2報 2020/12/25 20:00時点 注)第1報からタイトル変更

         「感染性の増加が懸念されるSARS-CoV-2新規変異株について」

  1報 2020/12/22 16:00時点

     「英国における新規変異株(VUI-202012/01)の検出について」

 

 

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単科精神科病院の療養病棟で発生した新型コロナウイルス感染症(COVID-19)集団感染事例の血清疫学調査(第三報:臨床的背景)

(IASR Vol. 43 p74-76: 2022年3月号)

 
はじめに

 我々はこれまでに2020年9月に県内の単科精神科病院において発生した新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の集団感染事例とその対応, および血清疫学調査の結果を報告した1,2)。本稿では本調査の対象となった患者の精神科診断や治療の状況, COVID-19の重症化因子や重症度等の臨床情報をまとめた。併せてワクチン接種後にみられた発熱の状況について報告する。

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新型コロナウイルスオミクロン株のスクリーニングPCR法の検出感度の違いについて

(IASR Vol. 43 p76-77: 2022年3月号)

 
はじめに

 現在, 国内では新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)オミクロン株スクリーニングの目的で, デルタ株に認められるL452R変異がオミクロン株では陰性となることを利用したPCR検査が実施されている1)。しかしながら, 当所におけるL452R変異検出PCR検査では, L452R変異判定不能となる検体の割合が多かった。一方, 2022年1月に, オミクロン株を検出できるPrimer/Probe G339D(SARS-CoV-2)が市販され, G339D変異検出PCR法を用いてオミクロン株のスクリーニングが可能になった。このため, 我々はSARS-CoV-2陽性検体を用いて, L452R変異PCR法とG339D変異PCR法によるオミクロン株のスクリーニングPCR法の検出感度を比較検討した。

Copyright 1998 National Institute of Infectious Diseases, Japan

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