国立感染症研究所

SARS、MERS、COVID-19を含むコロナウイルス感染症に関する記事がWebサイト全体から集められて表示されます。

 

 

一般的にウイルスは増殖や感染を繰り返す中で徐々に変異をしてくことが知られており、新型コロナウイルスについても少しずつ変異をしています。大半の変異はウイルスの特性にほとんど影響を及ぼしませんが、一部の変異では、感染・伝播性、重症化リスク、ワクチン・治療薬の効果、診断法などに影響を及ぼすことがあります。 国立感染症研究所では新型コロナウイルスの変異株について迅速リスク評価を行い、「懸念される変異株(VOC)」、「注目すべき変異株(VOI)」、「監視下の変異株(VUM)」に分類しています。

 

  国立感染症研究所による国内における変異株の分類(2023年4月21日時点)

分類

定義

主な対応

該当

変異株

懸念される変異株

(VOC; Variants of Concern)

公衆衛生への影響が大きい感染・伝播性、毒力*、及び治療・ワクチン効果の変化が明らかになった変異株

対応

Ÿ 週単位で検出数を公表

Ÿ ゲノムサーベイランス(国内・検疫)

Ÿ 必要に応じて変異株PCR検査で監視

Ÿ 積極的疫学調査

オミクロン

注目すべき変異株

(VOI; Variants of Interest)

公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び治療・ワクチン効果や診断に影響がある可能性がある、又は確実な変異株で、国内侵入・増加の兆候やリスクを認めるもの(以下、例)

・検疫での一定数の検知

・渡航例等と無関係な国内での検出

・国内でのクラスター連鎖

・日本との往来が多い国での急速な増加

警戒

Ÿ週単位で検出数を公表

Ÿゲノムサーベイランス(国内・検疫)で監視

Ÿ積極的疫学調査

Ÿ必要に応じて変異株PCR検査の準備

 

 該当なし

監視下の変異株

(VUM; Variants Under Monitoring)

公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び診断・治療・ワクチン効果に影響がある可能性がある変異を有する変異株

また、VOCやVOIに分類された変異株であっても、以下のような状況では、本分類に一定期間位置付ける

・世界的に検出数が著しく減少

・追加的な疫学的な影響なし

・国内・検疫等での検出が継続的に僅か

・特に懸念される形質変化なし

監視

Ÿ発生状況や基本的性状の情報収集

Ÿゲノムサーベイランス(国内・検疫)で監視

Ÿ週単位で検出数を公表 

 

該当なし

* 毒力virulence: 病原体が引き起こす感染症の重症度の強さ

※ VariantのPango系統やNextstrainクレードといった分類が複雑で覚えにくく、初めて報告された地名などが呼称として使用されていることが、差別や偏見につながることも懸念して、2021年5月より、WHOは代表的なvariantに対してギリシャ文字の呼称を定めている。これまで”variant”の訳語として「変異株」、WHOが呼称を定めたvariantについてそれを用いて「〇〇株」と称してきた(例:B.1.1.7系統=アルファ株、B.1.1.529系統=オミクロン株)。しかし、B.1.1.529系統が主流となって以降、亜系統が広く分岐し、さらにWHOが用いる呼称で総称される系統・亜系統の抗原性等の性質が多様化しており、遺伝的に同一、又はほぼ均一なウイルスの集合体を示す「株」を、WHOが用いる呼称に対応して用いることが適さなくなってきている。そのため、WHOが呼称を定めた各variantについて「アルファ」「オミクロン」のように表現することとした。

なお、「〇〇株」は一般に広く使用されている用語となっており、通称として引き続き用いることを妨げるものではない。

 

⚫︎国立感染症研究所が公表している新規変異株に関する報告

 

⚫︎変異株に関する疫学調査

 

⚫︎国立感染症研究所のゲノム解析の実施状況及びPANGO系統別検出状況

新型コロナウイルス ゲノムサーベイランスによる全国の系統別検出状況(.pdf)

2024年第5週(2024年2月14日時点)

 

新型コロナウイルス ゲノムサーベイランスによる都道府県別検出状況(.xls)

2024年第5週(2024年2月14日時点)

 

民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスによる系統別検出状況(.pdf)

2024年第4週(2024年2月14日時点

 

民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランスによる各株・系統検出割合の推定(.pdf)

(注)新たな変異株が検出されるなどして各株・系統の置き換わりが認められる期間のみ掲載

2024年第4週(2024年2月14日時点)

 

過去のデータ

 

⚫︎新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)に対する治療薬の効果に影響を及ぼす可能性があるウイルスゲノム変異によるアミノ酸置換について

第4版(2023年6月23日)

第3版(2023年3月29日)

第2版(2023年2月3日)

第1版(2022年12月20日(2023年2月3日一部修正))

 

2023年5月29日
厚生労働省
国立感染症研究所

【背景・目的】

 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)感染による新型コロナウイルス感染症(COVID-19)においては、無症状病原体保有者の存在などから全ての感染者の診断は困難であるため、これまでに診断された症例の累積報告数よりも実際の累積感染者数が多い可能性が指摘されている。これまでに厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部と国立感染症研究所では、我が国における新型コロナウイルス感染症の疾病負荷の把握と新型コロナワクチン接種で誘導された抗体の保有状況を検討することを目的として、5都府県をおいて住民調査をベースにした大規模な血清疫学調査を計6回(2020年6月、2020年12月、2021年12月、2022年2月-3月、2023年11月-12月、2023年2月-3月)[1]、および献血検体を用いて全国47都道府県において1回(2022年11月)[2]、抗体保有状況の把握を行ってきた。2022年11月における全国を対象とした血清疫学調査では感染によって誘導されるSARS-CoV-2抗ヌクレオカプシド抗体(抗N抗体)保有割合は概ね29%程度であったが、その後も2022年から2023年にかけての冬の流行(いわゆる第八波)が生じたことから、血清疫学調査により市中感染状況の推移を把握する必要があった。そこで、本調査では日本赤十字社による協力のもと、再度、全都道府県を対象に、献血時の検査用検体の残余血液を用いて、2023年2月19日〜27日における献血者における抗N抗体保有割合を調査した。本報告書ではその結果を示す。

【方法】

調査対象者

本調査は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律(平成10年法律第114号)第15条第2項に基づき実施した。調査対象者は2023年2月19日〜27日に日本赤十字社の献血ルーム等を訪れ、全血献血又は成分献血の基準を満たし(対象年齢は16〜69歳)、以下のいずれにも該当しない者とした。

  • 新型コロナウイルス感染症と診断された又は新型コロナウイルス検査で陽性になったことがあり、症状消失後(無症状の場合は陽性となった検査の検体採取日から)4週間以内の者 
  • 発熱及び咳・呼吸困難などの急性の呼吸器症状を含む新型コロナウイルス感染症が疑われる症状や、味覚・嗅覚の違和感を自覚する方で、症状出現日から2週間以内及び症状消失から3日以内の者
  • 新型コロナウイルス感染者の濃厚接触者に該当し、最終接触日から2週間以内の者

上記の対象者から献血時に採血された検査用検体の残余血清のなかから、血清学的検査の対象となる検体を以下の方法で抽出した。抽出数を定めるために、全都道府県を対象として、人口動態調査に基づく令和3年10月1日時点の推計人口、令和5年1月17日時点の累積罹患割合を想定される有病率として、有意水準0.05、許容誤差範囲5%、無作為抽出を前提とし、抽出する検体数(以下「検査検体数」という。)を設定した。都道府県毎に決められた検査検体数に従い、系統的抽出法又は無作為抽出法により、統計学的に偏りが生じないよう収集した。抽出にあたっては、各都道府県内で地理的な差異が出ないように各都道府県の実情に応じて適切な方法が選択された。

血清学的検査

抽出された残余血清(1.0mL程度)を用いて本業務委託先の民間検査機関において抗N抗体を測定した。抗体の測定はロシュ・ダイアグノスティックス社Elecsys® Anti-SARS-CoV-2を用いて実施した。陽性判定については、メーカーの規定したカットオフ値(抗N抗体カットオフインデックス(COI)≥1.0)に従った。なお、現在、国内で使用されているワクチン(mRNAワクチンおよびウイルスベクターワクチン、組換えタンパク質ワクチン)は、いずれもスパイク(S)抗原をコードする配列以外のウイルスゲノム配列またはS抗原以外の抗原を有していないことから、抗N抗体はウイルス感染のみで誘導される。よって、抗N抗体陽性であることは、既感染であることを意味する。残余検体については、委託業者において適切に廃棄された。当該残余血液に係る付帯情報(検体と突合可能な検体ID、年齢、性別、採取した血液センターID及び当該血液センターの所在都道府県及び市町村名)が厚生労働省に提供された。

統計解析

血清疫学調査から得られたデータに対して、都道府県ごとの年齢分布や性別の人口構成比を反映するために都道府県、性別、年齢階級ごとにウェイトを計算し集計した。ベースラインの人口は2021年10月1日現在の人口推計(都道府県、年齢(5歳階級)、男女別人口)データを利用した。本調査結果の数値や比率(%)は全てウェイトバック後の数値を四捨五入したものであるため、単純な合計とは異なる。割合の95%信頼区間(CI: Confidence Interval)に関しては、binomial exact法を用いて算出した。なお、比較のために、2022年11月に行われた血清疫学調査から得られた抗N抗体陽性割合も掲載している。

【結果】

研究対象期間(2023年2月19日〜27日)において、13,121検体を収集した。本調査では日本全体の人口の42.0% (95%CI: 41.2-42.9%)が抗N抗体陽性であることが判明した(表1)。以下に、

  • 表1:全国の抗N抗体保有割合
  • 表2:都道府県別の抗N抗体保有割合
  • 図1:都道府県別の抗N抗体保有割合
  • 図2:都道府県別の抗N抗体保有割合(日本地図)
  • 図3:都道府県別の抗N抗体保有割合について2022年11月調査と2023年2月調査比較
  • 図4 ABCDEF:都道府県別の抗N抗体保有割合について2022年11月調査と2023年2月調査比較(地域別)
  • 表3:性別の抗N抗体保有割合 • 表4:年齢階級別の抗N抗体保有割合
  • 表5:性・年齢階級別の抗N抗体保有割合 • 図5:性・年齢階級別の抗N抗体保有割合
  • 図6ABC:性、年齢階級、性・年齢階級別の抗N抗体保有割合について2022年11月調査と2023年2月調査比較

のウェイトバック後の推定された抗N抗体陽性割合とその95%CIを示す。

【結果の考察】

本調査では、我が国における新型コロナウイルス感染症の抗体保有状況を検討することを目的として、2023年2月に47都道府県において献血時の検査用検体の残余血液を用いて抗N抗体保有割合を調査した。

調査対象期間において推定された抗N抗体保有割合を都道府県別にみると、全て都道府県で抗N抗体陽性割合の点推定値が増加しており、これは前回調査の2022年11月以降のいわゆる第八波の影響を捉えているものと考えられる。一方でその増加の程度には地域差がみられた。宮城、東京、愛知、大阪、福岡においては、39.8% (95%CI: 33.8-46.0%)、44.4% (95%CI: 38.9-50.0%)、56.5% (95%CI: 50.7-62.2%)、54.1% (95%CI: 48.4-59.7%)、57.2% (95%CI: 51.6-62.7%)であった (表2)。比較対象として、これまでに厚生労働省と国立感染症研究所により実施された、2022年11月の血清疫学調査の結果も同時に示す。この調査においては宮城、東京、愛知、大阪、福岡においてそれぞれ17.3% (95%CI: 11.3-24.8%)、34.5% (95%CI: 28.7-40.7%)、28.5% (95%CI: 22.5-35.2%)、43.0% (95%CI: 36.9-49.3%)、35.8% (95%CI: 29.8-42.3%)であった。なお、いくつかの都道府県では推定された95%CIは両調査で重なっており、増加については必ずしも統計的に有意であるとは限らない点に注意する。

同様に、性年齢階級別に抗N抗体保有割合をみると、2022年11月調査同様、同一年齢階級の中では性差はみられなかった。また、抗N抗体保有割合を年齢階級ごとにみると、(30代で多少の上昇は見られるものの)若年層で高く、年齢が高くなるにしたがって割合が減っていく傾向が観察された。この傾向も前回の2022年11月の調査の結果と合致する。

最後に、同時期の海外における献血データを用いた血清疫学調査の結果としては、以下のものが挙げられる。カナダは2023年2月1日から28日まで計31,755サンプルの血清疫学調査を行い[3]、抗N抗体保有割合を77.6% (95%CI: 77.1.-78.6%)としており、同年1月の調査の76.7% (95%CI: 76.3-77.2%)から微増としていることを報告した。また、17-24歳の年齢群が88.4% (95%CI: 87.4-89.4%)と最も高い抗N抗体保有割合を示しているとしている。同様に英国では2023年1月25日から3月17日までに収集された14,575サンプルの血清疫学調査により、抗N抗体保有割合を86.1% (95%CI: 85.4-86.7%)としている[4]。

本調査は日本における2022年11月以降の抗N抗体保有割合の推移を、47都道府県で献血検体を用いて検証した初めての大規模な血清疫学調査である。既感染の指標として使用されるワクチンでは誘導されない抗N抗体保有割合は日本全体としては42.0% (95%CI: 41.2-42.9%)であり、前回の2022年11月調査時点が28.6%(95%CI: 27.6-29.6%)であることを考えると(表1)、本調査での増分は主にいわゆる第八波での自然感染をした人口の割合を推定している可能性を示唆している。今後も継続的に既感染者割合を評価していくことにより、本感染症の流行動態の把握と評価の一助とすることが重要と考えられた。

【結果の解釈の注意点】
  • ウェイトバック集計を行うことで、都道府県ごとに性別、年齢の分布は補正されているが、そもそも献血に来る人の偏りに起因するバイアスは補正されていないことに注意を有する。
  • 献血の対象年齢が16~69歳であり、70歳以上の高齢者や15歳以下は含まれず、小児、高齢者の陽性率の分布はこのデータからは評価できていない。小児における抗体保有割合が評価できていないことは、全体の抗体保有割合を過小又は過大評価している可能性も考えられる。
  • 2022年2月の献血の検体データであるため、リアルタイムの感染状況を反映しているわけではない。また、採血時時点までの累積感染者の割合を評価するものであり、現時点の感染流行状況を評価するものではないことに注意が必要である。
  • 抗N抗体保有割合は感染によって誘導される抗体であるため、感染防御に関連しCOVID-19ワクチンによって誘導されるS抗体は捉えることができておらず、集団免疫の状態についての考察は困難である。
  • 抗N抗体は感染によって誘導されない場合や感染後に低下する場合もあり、抗N抗体陰性であることをもって必ずしも感染歴がないことを意味しないこと、そのため抗N抗体の保有割合が既感染の累積割合と同一であるとはいえないことに留意が必要である。
【参考文献】
  1. 2021 年度新型コロナウイルス感染症に対する血清疫学調査報告 https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2484-idsc/11118-covid19-79.html
  2. 2022年11月における献血検体を用いた既感染割合に関する分析 https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2484-idsc/11729-covid19-82.html
  3. COVID-19 vaccine surveillance report, Week 14, UK health security agency https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1067158/vaccine-surveillance-report-week-14.pdf
  4. COVID-19 Seroprevalence Report, April 5, 2023, Canadian Blood Services https://www.covid19immunitytaskforce.ca/wp-content/uploads/2023/04/covid-19-full-report-february-2023-april-5-2023.pdf

 

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