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国立感染症研究所病原体ゲノム解析研究センター
新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム上にランダムに発生する変異箇所の足跡をトレースすることにより、感染リンクの過去を遡り積極的疫学調査を支援している。この調査により、これまでの経過は以下の様に説明できると考えている。中国発から地域固有の感染クラスターが発生し、“中国、湖北省、武漢” をキーワードに蓋然性の高い感染者・濃厚接触者をいち早く探知して抑え込むことができた。しかしながら、３月中旬から全国各地で欧州系統の同時多発流入により“感染リンク不明” の孤発例が検出されはじめた。数週間のうちに全国各地へ拡散して地域固有のクラスターが国内を侵食し、３−４月の感染拡大へ繋がったと考えられる。現場対策の尽力により一旦は収束の兆しを見せたが、６月の経済再開を契機に “若者を中心にした軽症（もしくは無症候）患者” が密かにつないだ感染リンクがここにきて一気に顕在化したものと推察される。隠れた感染リンクをいち早く探知するためにも、聞き取りによる実地疫学調査に加え、ゲノム分子疫学調査による拡散範囲を特定し、そのクラスター要因の特徴を示すことは今後の新型コロナ対策にとって必須だと考えている。
一方、本調査におけるゲノム情報は “鑑識” としての役割を担っているに過ぎず、聞き取り調査等の疫学情報無しでは成立しない。あくまで疫学調査を支援するひとつの支援材料であることを予めご留意いただきたい。塩基変異を足取りに “ゲノム情報を基礎にしたクラスター認定” を実施しているが、これは地域名や業種を特定して名指しするものではなく、あくまで患者としての成り立ちを “ウイルス分子疫学” として束ねてその共通因子を探る調査法である。現状、収束の見込みはあっても終息までにはさらなる時間を要すると思われる。今後、将来発生するクラスターを最小限に抑え込むためにも、ゲノム情報にてクラスター発生に至る要因を特定し、地方自治体への迅速な情報還元と効果的な感染症対策の構築を図っていく。
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Should a viral genome stay in the host cell or leave? A quantitative dynamics study of how hepatitis C virus deals with this dilemma.
Iwanami S, Kitagawa K, Ohashi H, Asai Y, Shionoya K, Saso W, Nishioka K, Inaba H, Nakaoka S, Wakita T, Diekmann O, Iwami S*, Watashi K
PLoS Biology 18(7): e3000562 (2020) doi: 10.1371/journal.pbio.3000562
一本鎖+鎖RNAウイルスのゲノムRNAは、複製の鋳型であると同時にウイルス粒子構成分子としても機能する。この両者の分配バランスのtrade-offは最終的なウイルスの感染伝播効率を決定するが、その解析はほとんどなされていない。
本研究ではC型肝炎ウイルスの臨床分離株JFH-1と、実験室型キメラウイルスJc1-nの２つのウイルス株をモデルに用いて、培養細胞での感染実験データに数理モデルを利用しウイルス動態を解析した。
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Characterization of a new anti-enterovirus 68 compound purified from avocado.
Minetaro Arita, Hiroyuki Fuchino, Hitomi Kawakami, Masami Ezaki and Nobuo Kawahara
ACS Infectious Diseases DOI: 10.1021/acsinfecdis.0c00404
エンテロウイルスD68は、秋に流行する小児の呼吸器疾患および急性弛緩性脊髄炎発症との関連が注目されているウイルスです。エンテロウイルス感染に対する薬で実用化されているものはありません。実用化に向けた大きな課題として、小児における薬の安全性が挙げられます。
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N-terminal PreS1 Sequence Regulates Efficient Infection of Cell Culture-generated Hepatitis B Virus.
Asako Murayama, Norie Yamada, Yoshiki Osaki, Masaaki Shiina, Hussein Hassan Aly, Masashi Iwamoto, Senko Tsukuda, Koichi Watashi, Mami Matsuda, Ryosuke Suzuki, Tomohisa Tanaka, Kohji Moriishi, Tetsuro Suzuki, Hironori Nishitsuji, Masaya Sugiyama, Masashi Mizokami, Kunitada Shimotohno, Takaji Wakita, Masamichi Muramatsu, T Jake Liang, Takanobu Kato.
Hepatology published online May.23.2020 (doi:10.1002/hep.31308).
B型肝炎ウイルス（HBV）の効率的な細胞培養系は、ウイルスの特性や抗ウイルス薬の研究に必須である。現在、培養細胞でHBV感染を観察するには、HepG2.2.15またはHepAD-38といったHBVゲノムが組み込まれた細胞株から産生されたウイルスが一般的に使用されているが、いずれも遺伝子型Dのウイルス株由来であり、遺伝子型によるウイルスの特性の違いや抗ウイルス薬に対する耐性変異の評価には適していない。一方で、HBV発現プラスミドの一過性導入によって得られたHBVは、培養細胞での感染効率が低い。