新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連情報ページ
(このページでは、新型コロナウイルス感染症(COVID-19) 関連の記事を、掲載日が新しい順に表示しています)
- 詳細
国立感染症研究所
2021年10月28日12:00時点
変異株に関する新たな分類の導入について
変異株の分類についてはWHOの暫定定義を準用し、国内の流行状況を加味して「懸念される変異株（VOC）」と「注目すべき変異株（VOI）」に分類してきた。WHOでは9月より新たに、「監視下の変異株（VUM: Variants Under Monitoring）」の分類を設け、ウイルスの特性に影響を与えると思われる遺伝子変異を持つものの、表現型や疫学的な影響の証拠は現時点では不明である変異株を分類している。また、VOC/VOIにかつて分類されていたが、その後検出されなくなった、或いは公衆衛生的意義が薄れた変異株についてVUMとして一定期間監視を行うとしている。今般、国内外の変異株の疫学的状況が変化しつつあり、また、監視体制を強化し、早期の対応につなげる観点から、「監視下の変異株（VUM）」の分類を国立感染症研究所でも設定する（表１、表３）。
表1 国立感染症研究所による国内における変異株の分類（2021年10月28日時点）
|
分類 |
定義 |
主な対応 |
該当 変異株 |
|
懸念される変異株 (VOC; Variants of Concern) |
公衆衛生への影響が大きい感染・伝播性、毒力*、及び治療・ワクチン効果の変化が明らかになった変異株 |
対応 週単位で検出数を公表（IDWR) ゲノムサーベイランス（国内・検疫） 必要に応じて変異株PCR検査で監視 積極的疫学調査 |
ベータ株 ガンマ株 デルタ株 |
|
注目すべき変異株 (VOI; Variants of Interest) |
公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び治療・ワクチン効果や診断に影響がある可能性がある、又は確実な変異株で、国内侵入・増加の兆候やリスクを認めるもの（以下、例） ・検疫での一定数の検知 ・渡航例等と無関係な国内での検出 ・国内でのクラスター連鎖 ・日本との往来が多い国での急速な増加 |
警戒 週単位で検出数を公表（IDWR) ゲノムサーベイランス（国内・検疫）で監視 積極的疫学調査 必要に応じて変異株PCR検査の準備
|
該当なし |
|
監視下の変異株 (VUM; Variants Under Monitoring) |
公衆衛生への影響が見込まれる感染・伝播性、毒力、及び診断・治療・ワクチン効果に影響がある可能性がある変異を有する変異株 また、VOCやVOIに分類された変異株であっても、以下のような状況では、本分類に一定期間位置付ける ・世界的に検出数が著しく減少 ・追加的な疫学的な影響なし ・国内・検疫等での検出が継続的に僅か ・特に懸念される形質変化なし |
監視 発生状況や基本的性状の情報収集 ゲノムサーベイランス（国内・検疫）で監視 (VOC/VOIからVUMに移行後国内発生が継続するものは）週単位で検出数を公表 (IDWR)
|
アルファ株 （旧）カッパ株 ラムダ株 ミュー株 AY.4.2
|
* 毒力virulence: 病原体が引き起こす感染症の重症度の強さ
IDWR: 感染症発生動向調査週報
変異株の再分類
- これまでVOCに指定されていた変異株の中では、B.1.1.7系統の変異株（アルファ株）は、検出数が世界的に継続して減少しており、国内でも9月上旬以降、国際ゲノムデータベースであるGISAID（Global Initiative on Sharing All Influenza Data, https://www.gisaid.org）への登録がない。感染・伝播性は現在流行の中心であるデルタ株より低く、抗原性への影響がみられない。WHOと英国健康安全保障庁（HSA）はVOCの分類を維持しているが、欧州CDC、米国CDCは、それぞれ警戒解除した変異株(De-escalated variant)、監視中の変異株（VBM：Variant being monitored）に分類を変更している。以上の状況を鑑みて、我が国における分類をVUMに変更する。
- B.1.351系統の変異株（ベータ株）、P.１系統の変異株（ガンマ株）については、世界的に検出数は継続して減少しているものの、一部の地域で発生が継続しており、抗原性の変化への影響を考慮して引き続きVOCに分類する。なお、米国CDCは共にVBMに分類している。
- B.1.617.２系統の変異株（デルタ株）は、世界で検出されるウイルスの99%以上を占めており、国内でもほぼ100％置き換わっている。しかし、ワクチンの一部の効果の減弱が指摘されていること、また追加の変異やその亜型（AY.x系統）の動向が必要とされていることから、引き続きVOCに分類する。
- VOIに位置付けてきたB.1.617.1系統の変異株（旧カッパ株）は、インドで4月に増加が見られたが、現在は終息している。国内では8例、検疫で19例が検出されているが、最終検出日は国内では2021年5月7日、検疫では 2021年5月1日である。国外からの流入が複数回あったことが確認できるが、国内では終息していると考えられる。WHOはVUMに分類を変更し「カッパ株」の呼称は取りやめ、欧州CDC、英国HSA、米国CDCがそれぞれ警戒解除した変異株(De-escalated variant)、調査中の変異株（VUI：Variant under investigation）、VBMに分類を変更している。世界的にも報告が著しく減少していることから、我が国における分類をVUMに変更する。
E484Qを含むデルタ株の事例について
- デルタ株の中で、これまでVOC/VOIに見られたスパイクタンパクの特徴的な変異が加わった変異株について注視する動きがある。欧州CDCはデルタ株への追加変異として、スパイクタンパクにK417N、E484Q、Q613Hの各アミノ酸置換（以下便宜的に「変異」という。）が加わったものをVUMとして監視対象としている。
- これらの追加変異の入ったウイルスの検出事例は検疫・国内で散見しているが、E484Qを含むデルタ株については、10月に入ってからも国内でいくつか検出がある。国内感染が示唆されるが、共に感染源不明の事例であり、国内で複数のE484Qを含むデルタ株が一定数存在する可能性がある。E484Q変異は感染・伝播性の増加や中和抗体の感受性が低下する可能性があるが、現在のところ国内で公衆衛生的に追加的な影響があることを示唆する所見はない。
- VOCに位置付けるデルタ株の一部として、ゲノムサーベイランスや分子疫学調査で、顕著な疫学的変化（ブレークスルー感染、巨大クラスター化、二次感染率の増加、顕著な検出率の増加等）と関連するか引き続き注意する。
新たにVUMに位置付けられた変異株について
これまでVOCs/VOIsに位置付けていなかった変異株の中では、新たにC.37系統の変異株（ラムダ株）、B.1.621系統 (ミュー株)、AY.4.2系統の各変異株をVUMに分類する。
C.37系統の変異株 （ラムダ株）について
- ラムダ株は、ペルーで2020年8月に初めて報告された。ラムダ株のスパイクタンパクの特徴的な変異としては、L452Q, F490S, D614G変異があり、感染・伝播性の増加と中和抗体への抵抗性と関連している可能性がある（1,2）。
- ラムダ株は、第13報でも報告していたが、主に南米地域で比較的多くの割合を占めていたが、いずれの国においても減少傾向にある。
- 検疫ではこれまで4例認めており、2021年9月6日の例が最後である。国内での検出流はない。
- WHO、欧州CDCは引き続きVOIに位置付けているが、英国はVUIから“Monitoring（監視対象）”に位置付けを変更している。
- 国立感染症研究所では、現状、ラムダ株が国内で拡大するリスクは非常に低いと考えるが、流行地域における動向を把握する必要性からVUMとして監視対象に位置付ける。
B.1.621系統の変異株 （ミュー株）について
- ミュー株は、コロンビアで2021年1月に初めて検出された。ＷＨＯのVOCが有するE484K, N501Y, P681H等の変異を有することから、感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されている。また、既存株の回復期血清やワクチン接種後の血清に対し中和抗体価が低下していることを示す実験的な報告もある（3,4）。
- 地域的には、コロンビアとチリで検出数が多い。GISAIDの登録情報によれば、世界的には5月から検出割合が増加したが8月から減少傾向にある。
- 検疫では、2例（最終検出日：2021年7月5日）が検出されているが、国内での検出は無い。
- ミュー株について、WHO、欧州CDCはVOIに位置付け、英国HSA、米国CDCはそれぞれVUI、VBMに位置付けている。
- 国立感染症研究所としては、ミュー株が国内で拡大するリスクは現状において低いと考えるが、流行地域における動向を把握する必要性からVUMとして監視対象に位置付ける。
AY.4.2系統の変異株 について
- デルタ株は、PANGO系統のB.1.617.2系統及びその亜系統にあたるAY系統を含んでいるが、AY系統の中のAY.4.2系統が英国で増加している。
- AY.4.2系統は、AY.4系統（B.1.617.2.4系統に相当）の亜系統として、PANGO系統分類の系統判別プログラム定義ファイルの更新（2021年10月4日、ｖ.1.2.8）により新たに定義がなされた。
- AY.4.2系統は、デルタ株やAY.4系統の変異に加え、スパイクタンパクにY145H、A222Vの各変異が入っていることが特徴とされる。これらの変異箇所は、スパイクタンパクのN末端側の変異であり、抗体医薬やワクチンにより誘導される抗体が標的とするエピトープ領域とは異なるため、免疫逃避などの影響は少ないと考えられるが、感染・伝播性や抗原性への影響に関して、疫学的・ウイルス学的な性質の評価に関する情報は現時点では十分に得られていない。
- GISAID上、AY.4.2系統は25,222件登録されており、その93.8％は英国からの登録であったが、日本の検疫を含む多くの地域からも検出されている。（10月25日時点）
- 英国は10月15日にAY.4.2系統を"Monitoring（監視対象）"に位置づけ（5)、10月20日にVUI（調査中の変異株）に位置づけた(6)。英国内では、デルタ株が約99.8％を占めており、そのデルタ株の中でもAY.4系統の割合が多かったが、さらにそのサブ系統であるAY.4.2系統の変異株が、当地で流行するその他の変異株に比較して速く増加しており、9月27日の週で英国で解析された検体の6％程度に検出されていることを指摘していた（5)。英国健康安全保障庁は、AY.4.2の増加率は、各地域で流行しているAY.4.2以外と比べて17%高い*と試算している（*この増加率は本系統の生物学的な感染・伝播性の増加の可能性だけでは無く、流行地の疫学的状況等にも左右されるものであり、解釈に注意を要する）。英国では、英国外の多数の国からの旅行者からも本系統が検出されており、その発生時期や起源は不明としている（6）。また、家庭における２次感染率が、AY.4.2系統で12.4% (95%CI: 11.9%-13.0%)とその他のデルタ株（11.1% (95%CI: 11.0%-11.2%)）に比べて有意に高かった。家庭以外でもAY.4.2で２次感染率が高かったがその差は有意ではなかった。地域ごとの２次感染率の差異は観察されていない（6)。
- 欧州CDCは10月21日にVUMに位置付けた。なお、欧州CDCは域内での「検出」という位置づけであり、コミュニティでの流行とは判断していない(7)。
- 我が国では、検疫で2021年8月28日に英国滞在歴のある入国者から検出されたデルタ株の1例について、これまでのPANGO系統判定プログラムではAY.4系統と判定されていたが、AY.4.2系統を含む定義ファイルに更新された系統判定プログラムでは、AY.4.2系統と判定された。なお、ウイルス分離を試みたがウイルスを分離することはできなかった。なお、10月28日時点で、国内ではAY.4.2系統と判定されたウイルスの検出はない。
- 国立感染症研究所では、本系統は感染性が高まっている可能性を踏まえ、VUMに位置付け、諸外国の情報収集を継続するほか、ゲノムサーベイランスで国内の状況を監視する。
引用文献 （1－4 は査読前のプレプリント論文である）
- Acevedo ML, et al. Infectivity and immune escape of the new SARS-CoV-2 variant of interest Lambda. medRxiv. 2021.
- Tada T, et al. SARS-CoV-2 Lambda Variant Remains Susceptible to Neutralization by mRNA Vaccine-elicited Antibodies and Convalescent Serum. bioRxiv. 2021.
- Uriu K, et al. Ineffective neutralization of the SARS-CoV-2 Mu variant by convalescent and vaccine sera. bioRxiv 2021.09.06.459005; doi: https://doi.org/10.1101/2021.09.06.459005.
- Miyakawa, K., et al. Neutralizing efficacy of vaccines against the SARS-CoV-2 Mu variant. medRxiv 2021.09.23.21264014; doi: https://doi.org/10.1101/2021.09.23.21264014.
- UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: Technical briefing 25. 15 October 2021.
- UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: Technical briefing 26. 22 October 2021.
- European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 21 October 2021: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.
注意事項
迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。
更新履歴
第14報 2021/10/28 12:00時点
第13報 2021/08/28 12:00 時点
第12報 2021/07/31 12:00 時点
第11報 2021/07/17 12:00 時点
第10報 2021/07/06 18:00時点
第 ９報 2021/06/11 10:00時点
第 ８報 2021/04/07 17:00 時点
第 ７報 2021/03/03 14:00時点
第 ６報 2021/02/12 18:00時点
第 ５報 2021/01/25 18:00時点 注）タイトル変更
「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されるSARS-CoV-2の新規変異株について」
第 ４報 2021/01/02 15:00時点
第 ３報 2020/12/28 14:00時点
第 ２報 2020/12/25 20:00時点 注）第１報からタイトル変更
「感染性の増加が懸念されるSARS-CoV-2新規変異株について」
第 １報 2020/12/22 16:00時点 「英国における新規変異株（VUI-202012/01）の検出について」
- 詳細
新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)変異株の分類方法の変更について
2024年11月8日更新
国立感染症研究所
国立感染症研究所では、これまで新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株について、世界保健機関(WHO)による分類方法に基づき、「懸念される変異株（VOC）」、「注目すべき変異株（VOI）」、「監視下の変異株（VUM）」に分類してきた。
2020年12月にアルファが出現して以降、様々な変異株が出現し、置き換わりを見せたが、2022年11月以降はオミクロンが主流であり、亜系統の中で置き換わりが続いている。この間、その免疫逃避に関する変異は続いている一方で、重症化や感染性の増大といった、公衆衛生上のリスクを引き起こす亜系統は出現していない。
ＷＨＯはその変異株の分類において、感染者数増加の優位性及び遺伝子変異をもとにＶＵＭ、ＶＯＩへの指定を行い、公衆衛生上のリスクが明らかとなった場合にＶＯＣに指定する体制をとっており、今後はオミクロンと比較して公衆衛生上のリスクがある場合のみＶＯＣに指定し、新規の名称を提起する方針としている。
一方、日本国内においては、新型コロナウイルス感染症が「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律(感染症法)」の5類感染症に位置付けられて以降も、厚生労働省における感染症発生動向調査（ゲノムサーベイランス）と入国時感染症ゲノムサーベイランスの実施に基づき、国立感染症研究所では、新規に出現した亜系統やその割合、感染者数増加の優位性及び遺伝子変異を常に監視・評価している。さらに、評価の結果、公衆衛生上のリスクが上昇する懸念がある、またはワクチン選定に影響を及ぼす可能性があるとされる亜系統については、厚生労働省へ迅速に情報提供をする体制が整えられているところである。
これらを背景に、今後国内における変異株の分類および監視方法については、以下のとおりとする。
- 厚生労働省における感染症発生動向調査（ゲノムサーベイランス）および入国時感染症ゲノムサーベイランスを通じて、国立感染症研究所では、国内外における感染者数増加の優位性や公衆衛生上のリスクが想定される亜系統に対する監視体制及び評価と、厚生労働省への迅速な報告体制を、引き続き維持する。
- 国立感染症研究所における監視・評価の結果、オミクロンと比較して公衆衛生上のリスクが上昇する懸念がある、またはワクチン選定に影響を及ぼす可能性がある亜系統については、科学的知見をとりまとめ、厚生労働省と連携し、引き続き、必要に応じてその内容を公表する。
- ＷＨＯの分類に基づくVOC、VOI、VUMの国立感染症研究所による国内での分類については、当面の間、実施しないものとする。
※参考：WHOにおけるSARS-CoV-2変異株の分類定義と対応
https://www.who.int/publications/m/item/updated-working-definitions-and-primary-actions-for--sars-cov-2-variants
※ VariantのPango系統やNextstrainクレードといった分類が複雑で覚えにくく、初めて報告された地名などが呼称として使用されていることが、差別や偏見につながることも懸念して、2021年5月より、WHOは代表的なvariantに対してギリシャ文字の呼称を定めている。これまで”variant”の訳語として「変異株」、WHOが呼称を定めたvariantについてそれを用いて「〇〇株」と称してきた(例：B.1.1.7系統＝アルファ株、B.1.1.529系統＝オミクロン株)。しかし、B.1.1.529系統が主流となって以降、亜系統が広く分岐し、さらにWHOが用いる呼称で総称される系統・亜系統の抗原性等の性質が多様化しており、遺伝的に同一、又はほぼ均一なウイルスの集合体を示す「株」を、WHOが用いる呼称に対応して用いることが適さなくなってきている。そのため、WHOが呼称を定めた各variantについて「アルファ」「オミクロン」のように表現することとした。
なお、「〇〇株」は一般に広く使用されている用語となっており、通称として引き続き用いることを妨げるものではない。
● 国立感染症研究所が公表している新規変異株に関する報告
● 変異株に関する疫学調査
● 国立感染症研究所のゲノム解析の実施状況及びPANGO系統別検出状況
- 詳細
新型コロナウイルスN501Y変異株感染入院患者が従来の退院基準を満たした日におけるCt値および抗原量に関する検討
(IASR Vol. 42 p233-234: 2021年10月号)
はじめに
新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の入院患者は2020（令和2）年6月25日付の事務連絡1）に基づいて発症日から10日間経過し, かつ, 症状軽快後72時間経過した場合に退院が認められてきた。しかし, 世界的に流行しているN501Y変異株は科学的データが乏しいことから, 2020年12月25日付の事務連絡により退院基準として2回連続の核酸検出検査による陰性確認が必要となった2）。北海道でも2021（令和3）年2月頃から市中でN501Y変異株感染者が増加し, 入院病床がひっ迫する状況となった。2021年4月8日に国立感染症研究所より, 空港検疫所における軽症例および無症状例のウイルス量の経時的変化に関する調査が報告された3）。変異株症例と非変異株症例のウイルスRNAコピー数を比較すると, 診断後7日には明らかな違いはなく, 診断後10日には103copies／反応以下と少なくなっており, ウイルス分離試験でも陰性であった。この知見によりN501Y変異株感染者においても従来の退院基準に基づいて退院が可能となった4）。しかし, 中等症以上を含む入院患者における知見は乏しい。今回, N501Y変異株感染入院患者が従来の退院基準を満たした日におけるCt値および新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の抗原量について検討した。
続きを読む: 新型コロナウイルスN501Y変異株感染入院患者が従来の退院基準を満たした日におけるCt値および抗原量に関する検討
- 詳細
コールセンターにおけるCOVID-19クラスター事例:気流調査に基づく予防策の検討
(IASR Vol. 42 p234-236: 2021年10月号)
はじめに
2021年5～6月, 東京都内のオフィスビルの1つのフロア（Aフロア）に所在する複数のコールセンター（事業所）で, 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の症例が報告された。これら症例の集積を確認した管轄である池袋保健所が, 国立感染症研究所（厚生労働省クラスター対策班）に本事例の感染源・感染経路の検討を要請した。また, 気流・換気の調査に関しては北海道大学および熊本大学の協力を得た。本稿では, 調査結果と提言を簡潔に報告する。
- 詳細
新型コロナウイルスN501Y変異株による接触場所別SARS-CoV-2 PCR検査陽性率の変化
(IASR Vol. 42 p236-237: 2021年10月号)
はじめに
全国自治体が新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の患者発生に際して実施する積極的疫学調査では, 患者および濃厚接触者に対して詳細な聞き取り調査が行われる。本解析の目的は, これまで収集された積極的疫学調査情報を集約し, 感染者と濃厚接触者の基本情報と接触場所から感染リスクの高い属性や感染場所の特徴を明らかにするとともに, 感染伝播性が高いといわれるN501Y変異を有する新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株（N501Y変異株）の二次感染率を従来株と比較検討することである。
- 詳細
掲載日：2021年10月22日
第56回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和3年10月20日、厚生労働省）の報告による、我が国における新型コロナウイルス感染症の状況等についてお知らせいたします（第56回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード 資料1）。
感染状況について
全国の新規感染者数（報告日別）は、今週先週比が0.65と減少が継続し、直近の１週間では10万人あたり約３となっている。引き続き、今回及び今春の感染拡大前の水準以下が続いている。
新規感染者数の減少に伴い、療養者数、重症者数や死亡者数も減少が続いており、重症者数は今回及び今春の感染拡大前の水準以下となった。一方、死亡者数は今回の感染拡大前の水準を超えている。
また、緊急事態措置やまん延防止等重点措置の解除後、多くの地域で夜間滞留人口の増加が続いており、新規感染者数の今後の動向には注意が必要。
- 実効再生産数：
- 全国的には、直近（10/3時点）で0.68と１を下回る水準が続き、首都圏では0.66、関西圏では0.67となっている。
（注）死亡者数は、各自治体が公表している数を集計したもの。公表日ベース。
- 詳細
掲載日：2021年10月21日
新型コロナウイルスに対するワクチン接種が進む中、その効果によって、感染者数（検査陽性者数）が多くとも必ずしも直ちに医療提供体制の逼迫につながるわけではなくなってきている。われわれは、今後の感染拡大の際に必要となる病床数（酸素投与を必要とする患者や重症者の数にもとづく）といった医療需要について、短期的（1から4週間後）あるいは中期的（1から2ヶ月後）に予測するためのツールを開発した。本ツールでは、任意の状況を想定して「新規陽性者数、ワクチン接種率、感染拡大スピード」を使用者が入力する。ワクチンの効果・年代別の重症化率・入院期間といったパラメータはあらかじめ入力されている。これらの初期値は、科学論文や複数の自治体からのデータをもとに設定したが、使用者が任意の値に変更することも可能である。
本ツールによって、2021年の冬期の流行をそれぞれの自治体で想定しながら、必要とする病床の確保ならびに、どういう段階で地域での感染対策の強化などを呼びかける必要があるかの検討に用いることができる。また、今後リバウンドが起こった際には、その後に起こりうる状況の見える化にも用いることができる。
・短期的な予測
短期的な予測において2週間～4週間後の状況が現在の確保病床数を越えるか否かを検討することで、警戒や感染対策の強化を行うべきか判断の参考として用いることができる。（なお、4週間にわたって同じ感染拡大スピードであり続けると仮定している。一方で、市民の行動の変化などがあった場合にはその想定は過大になる可能性があることに注意が必要である。）
・中期的な予測
今後の流行で想定される感染の広がりとして、たとえば、ある時点での新規陽性者数・ワクチン接種率を入力し、「拡大シナリオ：横ばい（1.0→横ばい）」とすることで、現在の状態が続いた場合に医療需要がどの程度になるのかを検討することができる。また、今後、リバウンドが見られ始めたとき、「そのときの新規陽性者数」と「そのときのワクチン接種率」を入力し、「拡大シナリオ：増加（1.3～1.5→先月と同様）」と設定することで、第６波で起きうるその後２か月間の悲観的な予測を検討できる。さらに、「さまざまな新規陽性者数」と「今冬に想定されるワクチン接種率」を入力し、予測ツールによって算出される「酸素投与を要する人の数、重症者数、必要な確保病床数」を参照することで、【現在の確保病床ではどの程度の規模の感染状況に耐えられるのか】や【想定される感染規模に対して、どの程度の確保病床数が必要になるのか】を検討するためのデータを得ることができる。
本ツールはインターネット上で公開されており、行政・医療機関・一般市民が自由に利用することができる。あくまでモデルであり絶対的なものではないことには留意されたい。１つの参考資料として、本ツールが今後の流行に対する備えや、更なる議論の発展に役立つことを期するものである。
本ツール、およびモデルの詳細や説明資料を入手できるURL：
https://github.com/yukifuruse1217/COVIDhealthBurden
予測ツール開発・検証チーム：
古瀬 祐気（京都大学）
和田 耕治（国際医療福祉大学）
押谷 仁（東北大学）
髙 勇羅（国立感染症研究所）
鈴木 基（国立感染症研究所）
脇田 隆字（国立感染症研究所）
- 詳細
国立感染症研究所
2021年10月18日
国立感染症研究所は、SARS-CoV-2ウイルスのアルファ株とデルタ株の組換え体とみられるSARS-CoV-2ウイルスを国内で６検体検出した。
- 当該検体は8月12日から9月1日の間に採取された検体で、Pango系統ではB.1.1に分類されたが、Nextcladeでは21A(デルタ)に分類された。遺伝子配列のアライメント解析を行ったところ、21A(デルタ)系統であるものの、ORF6遺伝子からN遺伝子にかけて、20I(アルファ, V1)系統と同一の変異プロファイルを有する配列が存在した。また、ORF6遺伝子とORF7a遺伝子の間に組換えが起きた箇所と考えられる部位が存在した（図）。
- 遺伝子解読において、当該検体に2種類のウイルスが混入していた可能性を示す所見はなく、両変異株の同時感染や他検体の混入によるものではないと考えられる。
- 6検体の遺伝子配列はほぼ同一で、共通起源を有するウイルスと考えられる。
- デルタ株の部分は国内で流行するデルタ株由来と考えられ、組換えが生じた箇所はORF6遺伝子以降で、感染性・免疫逃避に影響が生じる箇所ではなく、デルタ株と比較して感染・伝播性や免疫等への影響が強くなる可能性はないと考えられる。よって、現時点では、本組換え体による追加的な公衆衛生リスクは無いと考えられるが、今後の動向に注意する。
- 異なる系統間のSARS-CoV-2ウイルスの組換え事例については、英国から報告があるが(1)、アルファ株とデルタ株の組換え事例はこれまで報告がなかった。
- これらの遺伝子配列はすべてGISAIDに登録済みである。また、本報告は学術誌に投稿中であり、medRxivに掲載済みである。なお、当該ウイルスの分離に成功しており、現在配列の確認作業を行っている。
- 引き続きゲノムサーベイランスによる発生動向の監視を行っていく。
- Jackson B., et al. Generation and transmission of interlineage recombinants in the SARS-CoV-2 pandemic. Cell. 184(20). 2021. pp. 5179-5188.e8.
図 国内で検出されたアルファ株とデルタ株の組換え体とみられるSARS-CoV-２ウイルスの遺伝子配列アライメント
上2行（PG-58832：アルファ株、PG-48062：デルタ株）は参照配列。
赤字の6検体はNextcladeで21A（デルタ）と判定されたものの、ORF7a遺伝子配列部分の変異はアルファ株のプロファイルと同一だった。赤字点線部分がアルファ株との組換えが起こったと考えられる箇所である。
- 詳細
国立感染症研究所
（掲載日：2021年10月15日）
2021年10月8日現在、国内ではファイザー製、武田/モデルナ製、アストラゼネカ製の新型コロナワクチン（ 以下、ワクチン ）が使用されています。ファイザー製と武田/モデルナ製の接種対象は12歳以上で、アストラゼネカ製の接種対象は原則40歳以上です。
10月7日現在の総接種回数は1億7,212万7,058回で、このうち高齢者（ 65歳以上 ）は6,455万3,077回、職域接種は1,752万3,553回でした。10月7日時点の1回以上接種率は全人口（1億2,664万5,025人）の72.8％、2回接種完了率は63.1％で、高齢者の1回以上接種率は、65歳以上人口（3,548万6,339 人）の90.8％、2回接種完了率89.6％でした。10月4日公表時点の年代別1回以上接種者数と接種率（ 図1 ）、および2回接種完了者数と完了率（ 図2 ）を示します。また、新規感染者数と累積接種割合についてまとめています（ 図3 ）。
 |
 |
| 図1 年代別1回以上接種者数・1回以上接種率（ 首相官邸ホームページ公表数値より作図 ）： 2021年10月4日公表時点 | 図2 年代別2回接種完了者数・2回接種完了率（ 首相官邸ホームページ公表数値より作図 ）： 2021年10月4日公表時点 |
注）接種率は、VRSへ報告された、一般接種（高齢者を含む）と先行接種対象者（接種券付き予診票で接種を行った優先接種者）の合計回数が使用されており、使用回数には、首相官邸HPで公表している総接種回数のうち、職域接種及び先行接種対象者のVRS未入力分である約1000万回分程度が含まれておらず、年齢が不明なものは計上されていません。また、年齢階級別人口は、総務省が公表している「令和3年住民基本台帳年齢階級別人口（市区町村別）」のうち、各市区町村の性別及び年代階級の数字を集計したものが利用されており、その際、12歳～14歳人口は10歳～14歳人口を5分の3したものが使用されています。
図3 日本＿新規感染者数と累積接種割合の推移 ［データ範囲：2020年1月22日～2021年10月3日］下記データより作図.Roser M, Ritchie H, Ortiz-Ospina E and Hasell J. (2020) - "Coronavirus Pandemic (COVID-19)". Published online at OurWorldInData.org. Retrieved from: 'https://ourworldindata.org/coronavirus' [Online Resource]（閲覧日2021年10月5日）今回は、下記の内容について、最近のトピックスをまとめました。
【本項の内容】
- 海外のワクチン接種の進捗と感染状況の推移・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・3
- 懸念される変異株（VOCs）に対するワクチン有効性について・・・・・・・・・・・・・ 10
- デルタ株に対するワクチン効果について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 14
- 既感染者への接種について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 16
- 妊婦への接種について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 17
- ワクチンと授乳について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 19
- 詳細
注目すべき感染症 ※PDF版よりピックアップして掲載しています。
◆直近の新型コロナウイルス感染症の状況
2019年12月、中華人民共和国湖北省武漢市において確認され、2020年1月30日、世界保健機関（WHO）により「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態（PHEIC）」を宣言され、3月11日にはパンデミック（世界的な大流行）の状態にあると表明された新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は、2021年10月8日15時現在、感染者数（死亡者数）は、世界で236,747,683例（4,834,252例）、196カ国・地域（集計方法変更：海外領土を本国分に計上）に広がった（https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_21555.html）。